Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,793,940 | A→T | 11.3% | I209N (ATT→AAT) | PP_3355 ← | beta‑ketothiolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,793,940 | 0 | A | T | 11.3% | 317.7 / 25.0 | 106 | I209N (ATT→AAT) | PP_3355 | beta‑ketothiolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/49); new base T (6/6); total (51/55) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 |
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
GCCGCCGCGCCATCGACCACCGCGCAACTGTTGCCAGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGT‑CCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATGGCTGCGCAGGGCCCACGCGTCCACCGTTTCACGCGCCAGGCCATAG > NC_002947/3793793‑3794089 | gccgccGCGCCATCGACCACCGCGCAACTGTTGCCAGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGT‑CCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGcaatgcaatg < 2:1215033/150‑1 (MQ=255) gccgccGCGCCATCGACCACCGCGCAACTGTTGCCAGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGT‑CCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGcaatgcaatg < 2:1215307/150‑1 (MQ=255) gcgcCATCGACCACCGCGCAACTGTTGCCAGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGT‑CCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCATTGCATTGCCGCGt < 2:716864/150‑1 (MQ=255) gcgcCATCGACCACCGCGCAACTGTTGCCAGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGT‑CCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGt < 2:898603/150‑1 (MQ=255) gcgcCATCGACCACCGCGCAACTGTTGCCAGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGT‑CCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGt < 2:1316513/150‑1 (MQ=255) gcgcCATCGACCACCGCGCAACTGTTGCCAGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGT‑CCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGt < 1:1650085/150‑1 (MQ=255) gcgcCATCGACCACCGCGCAACTGTTGCCAGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCCGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGT‑CCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGt < 2:2030812/150‑1 (MQ=255) gcgcCATCGACCACCGCGCAACTGTTGCCAGCCGTCTGCACGACACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGT‑CCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCATTGCATTGCCGCGt < 2:1276850/150‑1 (MQ=255) cgcCATCGACCACCGCGCAACTGTTGCCAGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGT‑CCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCATTGCATTGCCGCGtg < 1:75727/150‑1 (MQ=255) gACCACCGCGCAACTGTTGCCAGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGT‑CCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCa > 1:1152638/1‑150 (MQ=255) accGCGCAACTGTTGCCAGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGT‑CCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCt > 1:1596892/1‑150 (MQ=255) cgcgCAACTGTTGCCAGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGT‑CCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTc > 1:2307865/1‑150 (MQ=255) gcgcAACTGTTGCCAGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGT‑CCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCt < 1:425887/150‑1 (MQ=255) gcAACTGTTGCCAGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGT‑CCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTAc < 2:1076225/150‑1 (MQ=255) aaCTGTTGCCAGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGT‑CCTGGCTGACCGCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCt > 1:1353049/1‑150 (MQ=255) tGTTGCCAGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCGAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGT‑CCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCa < 1:2107199/150‑1 (MQ=255) tGTTGCCAGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGT‑CCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGgcaatgcaat > 2:2060256/1‑121 (MQ=255) tGTTGCCAGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGT‑CCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGgcaatgcaat < 1:2060256/121‑1 (MQ=255) tGTTGCCAGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGT‑CCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCa < 2:1152638/150‑1 (MQ=255) tGTTGCCAGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGT‑CCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCCTCTACCTCCa > 1:1464668/1‑150 (MQ=255) ttGCCAGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGT‑CCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGt > 1:1761352/1‑150 (MQ=255) gCCAGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGT‑CCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGc < 2:1219702/150‑1 (MQ=255) ccAGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGT‑CCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGcc < 2:983112/150‑1 (MQ=255) cAGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGT‑CCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCt < 2:1924886/134‑1 (MQ=255) 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aCCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGT‑CCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGAc < 1:869315/150‑1 (MQ=255) aCCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGT‑CCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGAc > 1:667412/1‑150 (MQ=255) cGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGT‑CCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGa < 2:802368/150‑1 (MQ=255) gCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGT‑CCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGAtt < 1:437157/150‑1 (MQ=255) gCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGT‑CCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGAtt < 1:320834/150‑1 (MQ=255) aCCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGT‑CCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGtg < 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(MQ=255) gCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCtc < 2:1776875/93‑1 (MQ=255) cTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGAAGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATGGCTGCGCAGGGACCAc < 1:1088807/150‑1 (MQ=255) ctcactcaCGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAgg < 1:2229021/118‑1 (MQ=255) ctcactcaCGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAgg > 2:2229021/1‑118 (MQ=255) ctcactcaCGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATgg > 1:56112/1‑130 (MQ=255) ctcactcaCGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATGGCTGCGCAGGGCCCACGCGTc > 1:451958/1‑150 (MQ=255) 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acgccacgcGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTgg > 2:755740/1‑102 (MQ=255) acgccacgcGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATGGCTGCGCAGGGCCCACGCGTCCACCGtt < 2:118917/150‑1 (MQ=255) acgccacgcGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATGGCTGCGCAGGGCCCACGCGTCCACCGtt < 2:974246/150‑1 (MQ=255) ccacgcGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGccc < 1:987389/90‑1 (MQ=255) cacgcGGCATTGCATTGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAgg > 1:1789909/1‑107 (MQ=255) cacgcGGCATTGCATTGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAgg < 2:1789909/107‑1 (MQ=255) cacgcGGCATTGCATTGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGAt < 1:1144235/117‑1 (MQ=255) cacgcGGCATTGCATTGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGAt > 2:1144235/1‑117 (MQ=255) cacgcGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCATCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGGTTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATGGCTGCGCAGGGCCCACGCGTCCACCGTTTCAc > 1:2244953/1‑150 (MQ=255) cacgcGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGAt < 2:1675355/117‑1 (MQ=255) acgcGGCATTGCATTGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATGGCTGCGCAGGGCCCACGCGTCCACCGTTTCAcg > 2:700488/1‑150 (MQ=255) acgcGGCATTGCATTGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATGGCTGCGCAGGGCCCACGCGTCCACCGTTTCAcg > 2:2148587/1‑150 (MQ=255) acgcGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATGGCTGCGCAGGGCCCACGCGTCCACCGTTTCAcg > 2:2230049/1‑150 (MQ=255) aatgcaatgcCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATGGCTGCGCAGGGCCCACGCGTCCACCGTTTCACGCGCCAgg > 2:1965750/1‑150 (MQ=255) aatgcaatgcCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATGGCTGCGCAGGGCCCACGCGTCCACCGTTTCACGCGCCAgg > 1:1991988/1‑150 (MQ=255) tgcaatgcCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAg > 1:1202567/1‑96 (MQ=255) tgcaatgcCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAg < 2:1202567/96‑1 (MQ=255) tgcaatgcCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATGGCTGCGCAGGGCCCACGCGTCCACCGTTTCACGCGCAAGGcc > 1:1698453/1‑150 (MQ=255) gcaatgcCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATGGCTGCGCAGGGCCCACGCGTCCACCGtt < 1:839076/135‑1 (MQ=255) gcaatgcCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATGGCTGCGCAGGGCCCACGCGTCCACCGtt > 2:839076/1‑135 (MQ=255) | GCCGCCGCGCCATCGACCACCGCGCAACTGTTGCCAGCCGTCTGCACGCCACCGGCGTGCACCGGGCGCAGTCGGGCCAGTGCGGCCGCGTCGGTAGGCCGTGGGTGGCTGT‑CCTGGCTGACCTCACTCACGCCACGCGGCAATGCAATGCCGCGTGGCTGGCAGCCTTCTACCTCCAGTGCCTGCGCGGTGACGCTGACGATTTCCTCGTCGAACCAGCCCTGCACCTGGGCTTGCAGGGCCCGCTGATGGCTGCGCAGGGCCCACGCGTCCACCGTTTCACGCGCCAGGCCATAG > NC_002947/3793793‑3794089 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |