| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,848,513 | A→T | 5.5% | P78P (CCA→CCT) | PP_3397 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,848,513 | 0 | A | T | 5.5% | 459.5 / 13.4 | 147 | P78P (CCA→CCT) | PP_3397 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (69/67); new base T (2/6); total (72/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.56e-01 | |||||||||||
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
ACCGTTACCAGCGCCGCGTTCGCCGCGCTGTCTGATGTCGATCCGGGGCCCTACACCTTCGCCACAGGTGGCTATCCGATGTGGTACAAGGACA‑GCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGTTCT‑GGTTCCTGGCCGAAACCTCGATACCACAAGTCGGTAA > NC_002947/3848364‑3848659 | ttACCAGCGCCGCGTTCGCCGCGCTGTCTGATGTCGATCCGGGGCCCTACACCTTCGCCACAGGTGGCTATCCGATGTGGTACAAGGACA‑GCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGgcg > 1:1710601/1‑150 (MQ=255) cgccgcGTTCGCCGCGCTGTCTGATGTCGATCCGGGGCCCTACACCTTCGCCACAGGTGGCTATCCGATGTGGTACAAGGACA‑GCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCTGGCGCAcgggt < 1:56325/150‑5 (MQ=255) cgccgcGTTCGCCGCGCTGTCTGATGTCGATCCGGGGCCCTACACCTTCGCCACAGGTGGCTATCCGATGTGGTACAAGGACA‑GCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCgg < 2:647987/150‑1 (MQ=255) cgccgcGTTCGCCGCGCTGTCTGATGTCGATCCGGGGCCCTACACCTTCGCCACAGGTGGCTATCCGATGTGGTACAAGGACA‑GCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGAACCCGTGCGCCTGGCGCAcgggt < 1:1782215/150‑5 (MQ=255) gccgcGTTCGCCGCGCTGTCTGATGTCGATCCGGGGCCCTACACCTTCGCCACAGGTGGCTATCCGATGTGGTACAAGGACA‑GCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCggg < 2:778772/150‑1 (MQ=255) ccgcGTTCGCCGCGCTGTCTGATGTCGATCCGGGGCCCTACACCTTCGCCACAGGTGGCTATCCGATGATGGACAAGGACATAGCGCG‑CACATCGCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCggg‑g > 1:172514/1‑150 (MQ=255) gTTCGACGCGCTGTCTGATGTCGATCCGGGGCCCTACACCTTCGCCACAGGTGGCTATCCGATGTGGTACAAGGACA‑GCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCTGGG‑acgca < 2:350607/150‑2 (MQ=255) tCGCCGCGCTGTCTGATGTCGATCCGGGGCCCTACACCTTCGCCACAGGTGGCTATCCGATGTGGTACAAGGACA‑GCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCGGGCGCCCCGGGT‑Gcgcctg < 1:1263200/150‑3 (MQ=255) tCGCCGCGCTGTCTGATGTCGATCCGGGGCCCTACACCTTCGAAACAGACGGCTATAGGTTGTGGTACAAGGATA‑GCCGTTACTAATCGTTTTAGCTGTTCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCCCCGGGC‑Gcgcctg < 2:273337/150‑3 (MQ=255) gcgcTGTCTGATGTCGATCCGGGGCCCTACACCTTCGCCACAGGTGGCTATCCGATGTGGTACAAGGACA‑GCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTAc < 2:2163070/150‑1 (MQ=255) gATCCGGGGCCCTACACCTTCGCCACAGGTGGCTATCCGATGTGGTACAAGGACA‑GCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCttgttg > 2:1939831/1‑150 (MQ=255) gATCCGGGGCCCTACACCTTCGCCACAGGTGGCTATCCGATGTGGTACAAGGACA‑GCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCttgttg < 2:1385655/150‑1 (MQ=255) aTCCGGGGCCCTACACCTTCGCCACAGGTGGCTATCCGATGTGGTACAAGGACA‑GCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGc > 2:1700948/1‑150 (MQ=255) aTCCGGGGCCCTACACCTTCGCCACAGGTGGCTATCCGATGTGGTACAAGGACA‑GCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGc > 2:1700967/1‑150 (MQ=255) ccGGGGCCCTACACCTTCGCCACAGGTGGCTATCCGATGTGGTACAAGGACA‑GCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGccc < 1:326285/150‑1 (MQ=255) ggggCCCTACACCTTCGCCACAGGTGGCTATCCGATGTGGTACAAGGACA‑GCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGa < 1:1491613/150‑1 (MQ=255) ccTACACCTTCGCCACAGGTGGCTATCCGATGTGGTACAAGGACA‑GCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCg < 2:1314272/150‑1 (MQ=255) ccTACACCTTCGCCACAGGTGGCTATCCGATGTGGTACAAGGACA‑GCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCg > 2:2130076/1‑150 (MQ=255) 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tATCCGATGTGGTACAAGGACA‑GCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCg > 1:1520127/1‑150 (MQ=255) cGATGTGGTACAAGGACA‑GCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCggg < 2:1552357/125‑1 (MQ=255) tgtgGTACAAGGACA‑GCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTAt > 2:1074314/1‑150 (MQ=255) ggTACAAGGACA‑GCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTc < 2:2033907/150‑1 (MQ=255) ggTACAAGCACA‑GCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGAG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGTGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTc < 2:1124217/150‑1 (MQ=255) 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accaGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGTTCT‑GGTTCCTGGCCGAAACCTCGATa > 1:2255001/1‑150 (MQ=255) accaGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGTTCT‑GGTTCCTGGCCGAAACCTCGATa > 1:2178318/1‑150 (MQ=255) accaGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCAACACGAGATGTTCT‑GGTTCCTGGCCGAAACCTCGATa > 2:306601/1‑150 (MQ=255) ccaGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGTTCT‑GGTTCCTGGCCGAAACCTCGATAc < 2:2101572/150‑1 (MQ=255) caGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGTTCT‑CGTTTCTGGCGTAAACCTCGATAcc > 2:1385098/1‑150 (MQ=255) aGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGTTCT‑GGTTCCTGGCCGAAACCTCGATACca < 1:2130076/150‑1 (MQ=255) aGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGTTCT‑GGTTCCTGGCCGAAACCTCGATACca > 1:824308/1‑150 (MQ=255) aCCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGACGGCCTGCCGCTGGTATTTCCAAACCTC‑CGAAAGCGGCCAAAGTCTGGGTTCCTGGCCGAAACCTCGATACCACaa > 1:540845/1‑150 (MQ=255) ccGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGAt < 1:1969765/114‑1 (MQ=255) ccGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGTTCT‑g < 2:931444/120‑1 (MQ=255) ccGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGTTCT‑GGTTCCTGGCCGAAACCTCGATACCACAAGt < 1:500711/150‑1 (MQ=255) ccGAGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGTTCT‑GGTTCCTGGCCGACACCTCGAGACCACAAGt > 2:183316/1‑150 (MQ=255) cGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGTTCT‑GGTTCCTGGCCGAAACCTCGATACCACAAGTc < 1:1939831/150‑1 (MQ=255) cGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGTTCT‑GGTTCCTGGCCGAAACCTCGATACCACAAGTc > 2:1929947/1‑150 (MQ=255) cGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGTTCT‑GGTTCCTGGCCGAAACCTCGATACCACAAGTc < 2:1235255/150‑1 (MQ=255) gTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGTTCT‑GGTTCCTGGCCGAAACCTCGATACCACAAGTCg < 2:670500/150‑1 (MQ=255) gTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGTTCT‑GGTTCCTGGCCGAAACCTCGATACCACAAGTCg < 2:1040243/150‑1 (MQ=255) gTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGTTCT‑GGTTCCTGGCCGAAACCTCGATACCACAAGTCg < 2:485293/150‑1 (MQ=255) gTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGTTCT‑GGTTCCTGGCCGAAACCTCGATACCACAAGTCg > 2:1187064/1‑150 (MQ=255) gTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGACCACCCGAGATGTTCT‑GGTTCCTGGCCGAAACCTCGATACCACAAGTCg < 2:260512/150‑1 (MQ=255) tGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGGCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGTTCT‑GGTTCCTGGCCGAAACCTCGATACCACAAGTCgg < 2:1529919/150‑1 (MQ=255) gcgcCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGTTCT‑GGTTCCTGGCCGAAACCTCGATACCACAAGTCGGt < 2:349279/150‑1 (MQ=255) cAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGGACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGTTCT‑GGTTCCTGGCCGAAACCTCGATACCACAAGTCGGt < 1:1303760/146‑1 (MQ=255) cAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGGACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGTTCT‑GGTTCCTGGCCGAAACCTCGATACCACAAGTCGGt > 2:1303760/1‑146 (MQ=255) | ACCGTTACCAGCGCCGCGTTCGCCGCGCTGTCTGATGTCGATCCGGGGCCCTACACCTTCGCCACAGGTGGCTATCCGATGTGGTACAAGGACA‑GCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGTTCT‑GGTTCCTGGCCGAAACCTCGATACCACAAGTCGGTAA > NC_002947/3848364‑3848659 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |