| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,896,127 | T→G | 7.7% | Q221P (CAG→CCG) | PP_3439 ← | AraC family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,896,127 | 0 | T | G | 7.7% | 336.7 / 18.0 | 117 | Q221P (CAG→CCG) | PP_3439 | AraC family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (57/51); new base G (4/5); total (61/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.02e-01 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
CTTGCACGGCTCCTGCAGGAGCGCCCAGGCTAGCGACGGCATTTCTGTAATGCCCCGGTGTCGCCGCCAGGTGCTGTTTGAATGCCCGCTGCAGGTGTGCCTGATCAGCGAACCCGGCCTCCTGTGCAACTTCAGCAATTGAGCGGCCCTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAGGTAGGACCGAGACAGGCCGCAAGCCCCGCAGATGTCCTCGAGGCTGAGCGGGTCAC > NC_002947/3895978‑3896274 | cTTGCACGGCTCCTGCAGGAGCGCCCAGGCTAGCGACGGCATTTCTGTAATGCCCCGGTGTCGCCGCCAGGTGCTGTTTGAATGCCCGCTGCAGGTGTGCCTGATCAGCGAACCCGGCCTCCTGTGCAACTTCAGCAATTGAGCGGCCCt < 2:2122396/150‑1 (MQ=255) ttGCACGGCTCCTGCAGGAGCGCCCAGGCTAGCGACGGCATTTCTGTAATGCCCCGGTGTCGCCGCCAGGTGCTGTTTGAATGCCCGCTGCAGGTGTGCCTGATCAGCGAACCCGGCCTCCTGTGCAACTTCAGCAATTGAGCGGCCCTg > 2:1219642/1‑150 (MQ=255) ctgggcgCTCCTGCAGGAGCGCCCAGGCTAGCGACGGCATTTCTGTAATGCCCCGGTGTCGCCGCCAGGTGCTGTTTGAATGCCCGCTGCAGGTGTGCCTGATCAGCGAACCCGGCCTCCTGTGCAACTTCAGCAATTGAGCGGCCCTgg > 2:1685651/7‑150 (MQ=255) 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ccTGATCAGCGAACCCGGCCTCCTGTGCAACTTCAGCAATTGAGCGGCCCTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAGGTAGGAcc > 2:557395/1‑150 (MQ=255) ccTGATCAGCGAACCCGGCCTCCTGTGCAACTTCAGCAATTGAGCGGCCCTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAGGTAGGAcc > 2:4906/1‑150 (MQ=255) tGATCAGCGAACCCGGCCTCCTGTGCAACTTCAGCAATTGAGCGGCCCTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAgg > 2:1323475/1‑141 (MQ=255) tGATCAGCGAACCCGGCCTCCTGTGCAACTTCAGCAATTGAGCGGCCCTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAGGTAGGACCga < 2:226897/150‑1 (MQ=255) ccAGCGAACCCGGCCTCCTGTGCAACTTCAGCAATTGAGCGGCCCTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGNGTCAGGCCGAAGCGTTGGCCAAAGGCACGAATCAGGTAGGACCGAGAc < 1:1644262/149‑1 (MQ=255) 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aaCCCGGCCTCCTGTGCAACTTCAGCAATTGAGCGGCCCTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAGGTAGGACCGAGACAGGCCg > 1:1603456/1‑150 (MQ=255) cccGGCCTCCTGTGCAACTTCAGCAATTGAGCGGCCCTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCAt > 2:1305465/1‑89 (MQ=255) cccGGCCTCCTGTGCAACTTCAGCAATTGAGCGGCCCTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCAt < 1:1305465/89‑1 (MQ=255) tcctGTGCAACTTCAGCAATTGAGCGGCCCTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAGGTAGTACCGAGACAGGCCGCAAGCCCCg < 1:1172563/150‑1 (MQ=255) ctGTGCAACTTCAGCAATTGAGCGGCCCTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAGGTAGGACCGAGACAGGCCGCAAGCCCCGCa < 1:2111258/150‑1 (MQ=255) tgCAACTTCAGCAATTGAGCGGCCCTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAGGTAGTACCGAGACAGGCCGCAAGCCCCGCAGAt < 1:1920882/150‑1 (MQ=255) tgCAACTTCAGCAATTGAGCGGCCCTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAGGTAGGACCGAGACAGGCCGCAAGCCCCGCAGAt > 2:1357012/1‑150 (MQ=255) tCAGCAATTGAGCGGCCCTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAGGTAGGACCGAGACAGGCCGCAAGCCCCGCAGATGTCCTCg > 1:2191529/1‑150 (MQ=255) aGCAATTGAGCGGCCCTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAGGTAGGACCGAGACAGGCCGCAAGCCCCGCAGATGTCCTCGAg < 2:1310193/150‑1 (MQ=255) cGGCCCTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAGGTAGGACCGAGACAGGCCGCAAGCCCCGCAGATGTCCTCGAGGCTGAGCggg > 2:348371/1‑150 (MQ=255) ccTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTNCACGCGCTGGTCNAGCAGGNAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAGGTAGGACCGAGACAGGCCGCAAGCCCCGCAGATGTCCTCGAGGCTGAGCGGGTCAc > 1:1700389/1‑150 (MQ=255) ccTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGAGAAAGGCACGAATCAGGTAGGACCGAGACAGGCCGCAAGcccc < 1:2235835/121‑1 (MQ=255) cTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAGGTAGGACCGAGACAGGCCGCAAGCCCCGCAGAt > 2:1625666/1‑126 (MQ=255) | CTTGCACGGCTCCTGCAGGAGCGCCCAGGCTAGCGACGGCATTTCTGTAATGCCCCGGTGTCGCCGCCAGGTGCTGTTTGAATGCCCGCTGCAGGTGTGCCTGATCAGCGAACCCGGCCTCCTGTGCAACTTCAGCAATTGAGCGGCCCTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAGGTAGGACCGAGACAGGCCGCAAGCCCCGCAGATGTCCTCGAGGCTGAGCGGGTCAC > NC_002947/3895978‑3896274 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |