| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,896,135 | C→T | 7.7% | Q218Q (CAG→CAA) | PP_3439 ← | AraC family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,896,135 | 0 | C | T | 7.7% | 339.5 / 12.6 | 116 | Q218Q (CAG→CAA) | PP_3439 | AraC family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (53/54); new base T (4/5); total (57/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
TCCTGCAGGAGCGCCCAGGCTAGCGACGGCATTTCTGTAATGCCCCGGTGTCGCCGCCAGGTGCTGTTTGAATGCCCGCTGCAGGTGTGCCTGATCAGCGAACCCGGCCTCCTGTGCAACTTCAGCAATTGAGCGGCCCTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAGGTAGGACCGAGACAGGCCGCAAGCCCCGCAGATGTCCTCGAGGCTGAGCGGGTCACTGCGATGGGC > NC_002947/3895988‑3896284 | tCCTGCAGGAGCGCCCAGGCTAGCGACGGCATTTCTGTAATGCCCCGGTGTCGCCGCCAGGTGCTGTTTGAATGCCCGCTGCAGGTGTGCCTGATCAGCGAACCCGGCCTCCTGTGCAACTTCAGCAATTGAGCGGCCCTGGCGCAACTg > 1:2244133/1‑150 (MQ=255) cTGCAGGAGCGCCCAGGCTAGCGACGGCATTTCTGTAATGCCCCGGTGTCGCCGCCAGGTGCTGTTTGAATTCCCGCTGCAGGTGTGCCTGATCAGCGAACCCGGCCTCCTGTGCAACTTCAGCCATTCTGCGGCCCTGGCGCAACTgcg > 1:1931907/1‑150 (MQ=255) cTGCAGGAGCGCCCAGGCTAGCGACGGCATTTCTGTAATGCCCCGGTGTCGCCGCCAGGTGCTGTTTGAATGCCCGCTGCAGGTGTGCCTGATCAGCGAACCCGGCCTCCTGTGCAACTTCAGCAATTGAGCGGCCCTGGCGCAACTgcg > 1:226897/1‑150 (MQ=255) tGCAGGAGCGCCCAGGCTAGCGACGGCATTTCTGTAATGCCCCGGTGTCGCCGCCAGGTGCTGTTTGAATGCCCGCTGCAGGTGTGCCTGATCAGCGAACCCGGCCTCCTGTGCAACTTCAGCAATTGAGCGGCCCTGGCGCAACTgcgc < 1:443879/150‑1 (MQ=255) aGGAGCGCCCAGGCTAGCGACGGCATTTCTGTAATGCCCCGGTGTCGCCGCCAGGTGCTGTTTGAATGCCCGCTGCAGGTGTGCCTGATCAGCGAACCCGGCCTCCTGTGCAACTTCAGCAATTGAGCGGCCCTGGCGCAACTGCGCCCg < 1:697682/150‑1 (MQ=255) ggAGCGCCCAGGCTAGCGACGGCATTTCTGTAATGCCCCGGTGTCGCCGCCAGGTGCTGTTTGAATGCCCGCTGCAGGTGTGCCTGATCAGCGAACCCGGCCTCCTGTGCAACTTCAGCAATTGAGTGGCCCGGGCGCAGTTGCGCCAgg < 2:2061982/150‑1 (MQ=255) ggAGCGCCCAGGCTAGCGACGGCATTTCTGTAATGCCCCGGTGTCGCCGCCAGGTGCTGTTTGAATGCCCGCTGCAGGTGTGCCTGATCAGCGAACCCGGCCTCCTGTGCAACTTCAGCAATTGAGCGGCCCGGGCGCAGTTGCGCCAgg < 1:1099561/150‑1 (MQ=255) aGCGCCCAGGCTAGCGACGGCATTTCTGTAATGCCCCGGTGTCGCCGCCAGGTGCTGTTTGAATGCCCGCTGCAGGTGTGCCTGATCAGCGAACCCGGCCTCCTGTGCAACTTCAGCAATTGAGCGGCCCTGGCGCAACTGCGCCCGGGc < 2:1940536/150‑1 (MQ=255) 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ccAGGCTAGCGACGGCATTTCTGTAATGCCCCGGTGTCGCCGCCAGGTGCTGTTTGAATGCCCGCTGCAGGTGTGCCTGATCAGCGAACCCGGCCTCCTGTGCAACTTCAGCAATTGAGCGGCCCGGGCGCAGTTGCGCCAGGGccgctc < 2:2048684/150‑5 (MQ=255) aGGCTAGCGACGGCATTTCTGTAATGCCCCGGTGTCGCCGCCAGGTGCTGTTTGAATGCCCGCTGCAGGGGTGCCTGATCAGCGAACCCGGCCTCCTGTGCAACTTCAGCAATTGAGGGCCCCTGGCGCAACTGCCCCCCCGCCAGTGGc > 2:140484/1‑150 (MQ=255) gCTAGCGACGGCATTTCTGTAATGCCCCGGTGTCGCCGCCAGGTGCTGTTTGAATGCCCGCTGCAGGTGTGCCTGATCAGCGAACCCGGCCTCCTGTGCAACTTCAGCAATTGAGCGGCCCTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCAc < 1:964069/150‑1 (MQ=255) gCTAGCGACGGCATTTCTGTAATGCCCCGGTGTCGCCGCCAGGTGCTGTTTGAATGCCCGCTGCAGGTGTGCCTGATCAGCGAACCCGGCCTCCTGTGCAACTTCAGCAATCGAGCGGCCCTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCAc < 1:140484/150‑1 (MQ=255) tAGCGACGGCATTTCTGTAATGCCCCGGTGTCGCCGCCAGGTGCTGTTTGAATGCCCGCTGCAGGTGTGCCTGATCAGCGAACCCGGCCTCCTGTGCAACTTCAGCAATTGAGCGGCCCTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCAcgc > 2:312055/1‑150 (MQ=255) 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cGAACCCGGCCTCCTGTGCAACTTCAGCAATTGAGCGGCCCTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCCGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAgg < 2:313878/134‑1 (MQ=255) cGAACCCGGCCTCCTGTGCAACTTCAGCAATTGAGCGGCCCTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCCGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAgg > 1:313878/1‑134 (MQ=255) cGAACCCGGCCTCCTGTGCAACTTCAGCAATTGAGCGGCCCTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAGGTAGGACCGAGACAGGc < 1:243576/150‑1 (MQ=255) aaCCCGGCCTCCTGTGCAACTTCAGCAATTGAGCGGCCCTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAGGTAGGACCGAGACAGGCCg > 1:1603456/1‑150 (MQ=255) cccGGCCTCCTGTGCAACTTCAGCAATTGAGCGGCCCTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCAt < 1:1305465/89‑1 (MQ=255) tcctGTGCAACTTCAGCAATTGAGCGGCCCTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAGGTAGTACCGAGACAGGCCGCAAGCCCCg < 1:1172563/150‑1 (MQ=255) ctGTGCAACTTCAGCAATTGAGCGGCCCTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAGGTAGGACCGAGACAGGCCGCAAGCCCCGCa < 1:2111258/150‑1 (MQ=255) tgCAACTTCAGCAATTGAGCGGCCCTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAGGTAGTACCGAGACAGGCCGCAAGCCCCGCAGAt < 1:1920882/150‑1 (MQ=255) tgCAACTTCAGCAATTGAGCGGCCCTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAGGTAGGACCGAGACAGGCCGCAAGCCCCGCAGAt > 2:1357012/1‑150 (MQ=255) ttCAGCAATTGAGCGGCCCTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAGGTAGGACCGAGACAGGCCGCAAGCCCCGCAGATGTCCTc > 1:2054596/1‑150 (MQ=255) tCAGCAATTGAGCGGCCCTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAGGTAGGACCGAGACAGGCCGCAAGCCCCGCAGATGTCCTCg > 1:2191529/1‑150 (MQ=255) aGCAATTGAGCGGCCCTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAGGTAGGACCGAGACAGGCCGCAAGCCCCGCAGATGTCCTCGAg < 2:1310193/150‑1 (MQ=255) cGGCCCTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAGGTAGGACCGAGACAGGCCGCAAGCCCCGCAGATGTCCTCGAGGCTGAGCggg > 2:348371/1‑150 (MQ=255) ccgggCGCAGTTGCGCCAGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAGGTAGGACCGAGACAGGCCGCAAGCCCCGCAGATGTCCTCGAGGCTGAGCGGGTCAc > 2:903817/4‑150 (MQ=255) ccTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTNCACGCGCTGGTCNAGCAGGNAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAGGTAGGACCGAGACAGGCCGCAAGCCCCGCAGATGTCCTCGAGGCTGAGCGGGTCAc > 1:1700389/1‑150 (MQ=255) ccTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGAGAAAGGCACGAATCAGGTAGGACCGAGACAGGCCGCAAGcccc > 2:2235835/1‑121 (MQ=255) ccTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGAGAAAGGCACGAATCAGGTAGGACCGAGACAGGCCGCAAGcccc < 1:2235835/121‑1 (MQ=255) cTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAGGTAGGACCGAGACAGGCCGCAAGCCCCGCAGAt < 1:1625666/126‑1 (MQ=255) cTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAGGTAGGACCGAGACAGGCCGCAAGCCCCGCAGAt > 2:1625666/1‑126 (MQ=255) cgcAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAGGTAGGACCGAGACAGGCCGCAAGCCCCGCAGATGTCCTCGAGGCTGAGCGGGTCACTGCGa < 1:481439/150‑1 (MQ=255) gcAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAGGTAGGACCGAGACAGGCCGCAAGCCCCGCAGATGTCCTCGAGGCTGAGCGGGTCACTGCGAt < 1:1357012/150‑1 (MQ=255) aaCTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAGGTAGGACCGAGACAgg < 2:1394005/102‑1 (MQ=255) aaCTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAGGTAGGACCGAGACAgg > 1:1394005/1‑102 (MQ=255) cTGCGCCCGGGCCAGTGGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAGGTAGGACCGAGACAGGCCGCAAGCCCCGCAGATGTCCTCGAGGCTGAGCGGGTCACTGCGATGGgc < 1:2036817/150‑1 (MQ=255) | TCCTGCAGGAGCGCCCAGGCTAGCGACGGCATTTCTGTAATGCCCCGGTGTCGCCGCCAGGTGCTGTTTGAATGCCCGCTGCAGGTGTGCCTGATCAGCGAACCCGGCCTCCTGTGCAACTTCAGCAATTGAGCGGCCCTGGCGCAACTGCGCCCGGGCCAGTTGCACGCGCTGGTCTAGCAGGTAGCCATGCGGCGTCAGGCCGAAGCGTTGGCGAAAGGCACGAATCAGGTAGGACCGAGACAGGCCGCAAGCCCCGCAGATGTCCTCGAGGCTGAGCGGGTCACTGCGATGGGC > NC_002947/3895988‑3896284 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |