| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,912,177 | C→T | 8.7% | P160L (CCC→CTC) | PP_3452 → | GGDEF domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,912,177 | 0 | C | T | 8.7% | 243.1 / 10.4 | 89 | P160L (CCC→CTC) | PP_3452 | GGDEF domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (38/43); new base T (3/5); total (41/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
GATAGCCCTGCGCCCGGTGTGGTTGGTGCTCGGGGTGTCCACCGTGCTGTATGCCATGTCGGTGCTACCGGTGCGGCGCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGTCATCACCTGGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGAGCCCGATGCGCTCGAAGGCGCCATGCTGATCAGCTATGCCGTGTTTCTAAGCGGCCTGGTCAGCTACAGCTACCTGCAGATCCGCAAGGCCAAGCTGCACAATTTCTACCTGTCCAAGGTGTTGCTGGAGCAAGCCTACGTCGATGCC > NC_002947/3912028‑3912322 | gATAGCCCTGCGCCCGGTGTGGTTGGTGCTCGGGGTGTCCACCGTGCTGTATGCCATGTCGGTGCTACCGGTGCGGCGCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGTCATCACCTGGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGAGcc > 2:1498083/1‑150 (MQ=255) cccTGCGCCCGGTGTGGTTGGTGCTCGGGGTGTCCACCGTGCTGTATGCCATGTCGGTGCTACCGGTTCGGCGCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGTCATCACCTGGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCACCGAGCCCGATg > 2:775383/1‑150 (MQ=255) ccTGCGCCCGGTGTGGTTGGTGCTCGGGGTGTCCACCGTGCTGTATGCCATGTCGGTGCTACCGGTGCGGCGCTGTTCATTTTTCTGCGCCATGGTCATCACCTGGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGACCTCGAtat < 2:1201853/150‑3 (MQ=255) tGCGGCCGGTGTGGTTGGTGCTCGGGGTGTCCACCGTGCTGTATGCCATGTCGGTGCTACCGGTGCGGCGCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGTCATCACCTGGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGGGCTCGATgcgg < 1:216097/150‑2 (MQ=255) tGCGCCCGGTGTGGTTGGTGCTCGGGGTGTCCACCGTGCTGTATGCCATGTCGGTGCTACCGGTGCGGCGCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGTCATCACCTGGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGGGCTCGATgcgg < 2:1863562/150‑2 (MQ=255) tGCGCCCGGTGTGGTTGGTGCTCGGGGTGTCCACCGTGCTGTATGCCATGTCGGTGCTACCGGTGCGGCGCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGTCATCACCTGGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGAGCCCGATgcgc < 1:496660/150‑1 (MQ=255) gcCCGGTGTGGTTGGTGCTCGGGGTGTCCACCGTGCTGTATGCCATGTCGGTGCTACCGGTGCGGCGCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGTCATCACCTGGGTGATGCTTAATCCGTTCTACAACACCCGCATCGAGCCCGATGCGCTCg > 1:219959/1‑150 (MQ=255) ccGGTGTGGTTGGTGCTCGGGGTGTCCACCGTGCTGTATGCCATGTCGGTGCTACCGGTGCGGCGCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGTCATCACCTGGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGGGCTCGATgcgg < 2:53473/145‑2 (MQ=255) ccGGTGTGGTTGGTGCTCGGGGTGTCCACCGTGCTGTATGCCATGTCGGTGCTACCGGTGCGGCGCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGTCATCACCTGGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGGGCTCGATgcgg > 1:53473/1‑144 (MQ=255) ccGGTGTGGTTGGTGCTCGGGGTGTCCACCGTGCTGTATGCCATGTCGGTGCTACCGGTGCGGCGCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGTCATCACCTGGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGAGCCCGATGCGCTCGaa > 1:2396838/1‑150 (MQ=255) ccGGTGTGGTTGGTGCTCGGGGTGTCCACCGTGCTGTATGCCATGTCGGTGCTACCGGTGCGGCGCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGTCATCACCTGGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGAGCCCGATGCGCTCGaa < 2:1366068/150‑1 (MQ=255) tggtGCTCGGGGTGTCCACCGTGCTGTATGCCATGTCGGTGCTACCGGTGCGGCGCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGTCATCACCTGGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGAGCCCGATGCGCTCGAAGGCGCCATGc < 1:211960/150‑1 (MQ=255) tggtGCTCGGGGTGTCCACCGTGCTGTATGCCATGTCGGTGCTACCGGTGCGGCGCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGTCATCACCTGGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGAGCCCGATGCGCTCGAAGGCGCCATGc < 1:180831/150‑1 (MQ=255) tggtGCTCGGGGTGTCCACCGTGCTGTATGCCATGTCGGTGCTACCGGTGCGGCGCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGTCATCACCTGGGTGATGCTTAATCCGTTCTACAACACCCGCATCGAGCCCGATGCGCTCGAAGGCGCCATGc < 2:219959/150‑1 (MQ=255) cTCGGGGTGTCCACCGTGCTGTATGCCATGTCGGTGCTACCGGTGCGGCGCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGTCATCACCTGGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGAGCCCGATGCGCTCGAAGGCGCCATGCTGATc > 2:1254411/1‑150 (MQ=255) ggggTGTCCACCGTGCTGTATGCCATGTCGGTGCTACCGGTGCGGCGCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGTCATCACCTGGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGAGCCCGATGCGCTCGAAGGCGCCATGCTGATCAGc > 1:1808138/1‑150 (MQ=255) gtCCACCGTGCTGTATGCCATGTCGGTGCTACCGGTGCGGCGCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGTCATCACCTGGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGAGCCCGATGCGCTCGAAGGCGCCATGCTGATCAGCTATGc < 2:618932/150‑1 (MQ=255) tCCACCGTGCTGTATGCCATGTCGGTGCTACCGGTGCGGCGCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGTCATCACCTGGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGAGCCCGATGCGCTCGAAGGCGCCATGCTGATCAGCTATGcc > 2:692500/1‑150 (MQ=255) cACCGTGCTGTATGCCATGTCGGTGCTACCGGTGCGGCGCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGTCATCACCTGGGTGGTTCTTAATCCGTTCTACCACAACCCAACCGCGCCCGATGCTCTCGAAGGCGCCATGCTGATCAGCTATGCCgt > 1:1738976/1‑150 (MQ=255) gTATGCCATGTCGGTGCTACCGGTGCGGCGCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGTCATCACCTGGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGAGCCCGATGCGCTCGAAGGCGCCATGCTGATCAGCTATGCCGTGTTTCTAAg > 1:15009/1‑150 (MQ=255) tATGCCATGTCGGTGCTACCGGTGCGGCGCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGTCATCACCTGGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGAGCCCGATGCGCTCGAAGGCGCCATGCTGATCAGCTATGCCGTGTTTCTAAGc < 2:992933/150‑1 (MQ=255) aTGCCATGTCGGTGCTACCGGTGCGGCGCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGTCATCACCTGGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGAGCCCGATGCGCTCGAAGGCGCCATGCTGATCAGCTATGCCGTGTTTCTAAGCg < 2:2396838/150‑1 (MQ=255) cGGTGCTACCGGTGCGGCGCTGGTCATTCATCTGCGCCATGGTCATCACCTGGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGAGCCCGATGCGATCGAAGGCGCCATGCTGATCAGCTATGCCGTGTTTCTAAGCGGCCTGGTca < 1:556806/150‑1 (MQ=255) cTACCGGTGCGGCGCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGTCATCACCTGGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGAGCCCGATGCGCTCGAAGGCGCCATGCTGATCAGCTATGCCGTGTTTCTAAGCGGCCTGGTcagctac < 2:1808138/150‑1 (MQ=255) ggTGCGGCGCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGTCATCACCTGGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGAGCCCGATGCGCTCGAAGGCGCCATGCTGATCAGCTATGCCGTGTTTCTAAGCGGCCTGGTcagctacagcta > 1:1051/1‑150 (MQ=255) gTGCGGCGCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGTCATCACCTGGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGAGCCCGATGCGCTCGAAGGCGCCATGCTGATCAGCTATGCCGTGTTTCTAAGCGGCCTGGTCagctacagctac < 2:773760/150‑1 (MQ=255) ggcgCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGTCATCACCTGGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGAGCCCGATGCGCTCGAAGGCGCCCTGCGCTGCAGCGATGCCGTGTTTCTAAGCGGCCTGGTCAGCTACAGCTACCTGc < 1:1870511/150‑1 (MQ=255) ggcgCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGTCATCACCTGGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGAGCCCGATGCGCTCGAAGGCGCCATGCTGATCAGCTATg < 1:2212094/111‑1 (MQ=255) ggcgCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGTCATCACCTGGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGAGCCCGATGCGCTCGAAGGCGCCATGCTGATCAGCTATg > 2:2212094/1‑111 (MQ=255) 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ttctGCGCCATGGTCATCACCTGGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGAGCCCGATGCGCTCGAAGGCGCCATGCTGATCAGCTATGCCGTGTTTCTAAGCGGCCTGGTCAGCTACAGCTACCTGCAGATCCGCAAGGcc > 2:1284572/1‑150 (MQ=255) gcCATGGTCATCACCTGGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGAGCCCGATGCGCTCGAAGGCGCCATGCTGATCAGCTATGCCGTGTTTCTAAGCGGCCTGGTCAGCTACAGCTACCTGCAGATCCGCAAGGCCAAGCTg > 2:2102813/1‑150 (MQ=255) attaagcatcaCCCAGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGAGCCCGATGCGCTCGAAGGCGCCATGCTGATCAGCTATGCCGTGTTTCTAAGCGGCCTGGTCAGCTACAGCTACCTGCAGGTCCGCAAGGCCAAGCTGca > 2:1543908/7‑150 (MQ=255) agcatcaCCCAGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGAGCCCGATGCGCTCGAAGGCGCCATGCTGATCAGCTATGCCGTGTTTCTAAGCGGCCTGGTCAGCTACAGCTACCTGCAGGTCCGCAAGGCCAAGCTGCACAAt < 1:1543908/148‑1 (MQ=255) tcatcaCCTGGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGAGCCCGATGCGCTCGAAGGCGCCATGCTGATCAGCTATGCCGTGTTTCt < 1:1430255/94‑1 (MQ=255) tcatcaCCTGGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGAGCCCGATGCGCTCGAAGGCGCCATGCTGATCAGCTATGCCGTGTTTCt > 2:1430255/1‑94 (MQ=255) gcatcaCCCAGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGAGCCCGATGCGCTCGAAGGCGCCATGCTGATCAGCTATGCCGTGTTTCTAAGCGGCCTGGTCAGCTACAGCTACCTGCAGATCCGCAAGGCCAAGCTGCACAAtt > 1:1797855/2‑150 (MQ=255) gcatcaCCCAGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGAGCCCGATGCGCTCGAAGGCGCCATGCTGATCAGCTATGCCGTGTTTCTAAGCGGCCTGGTCAGCTACAGCTACCTGCAGATCCGCAAGGCCAAGCTGCACAAtt > 1:1813624/2‑150 (MQ=255) tcaCCTGGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGAGCCCGATGCGCTCGAAGGCGCCATGCTGATCAGCTATGCCGTGTTTCTAAGCGGCCTGGTCAGCTACAGCTACCTGCAGATCCGCAAGGCCAAGCTGCACAATTTCt < 2:2064214/150‑1 (MQ=255) aCCTGGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGAGCCCGATGCGCTCGAAGGCGCCATGCTGATCAGCTATGCCGTGTTTCTAAGCGGCCTGGTCAGCTACAGCTACCTGCAGATCCGCAAGGCCAAGCTGCACAATTTCTAc < 1:1064552/150‑1 (MQ=255) aCCTGGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGAGCCCGATGCGCTCGAAGGCGCCATGCTGATCAGCTATGCCGTGTTTCTAAGCGGCCTGGTCAGCTACAGCTACCTGCAGATCCGCAAGGCCAAGCTGCACAATTTCTAc > 2:1963622/1‑150 (MQ=255) 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cGCATCGAGCCCGATGCGCTCGAAGGCGCCATGCTGATCAGCTATGCCGTGTTTCTAAGCGGCCTGGTCAGCTACAGCTACCTGCAGATCCGCAAGGCCAAGCTGCACAATTTCTACCTGTCCAAGGTGTTACTGGAGGTATTCTACGTc < 2:1909144/150‑1 (MQ=255) aTCGAGCCAGATGCGCTCGAAGGCGCCATGCTGATCAGCTATGCCGTGTTTCTAAGCGGCCTGGTCAGCTACAGCTACCTGCAGATCCGCAAGGCCAAGCTGCACAATTTCTACCTGTCCAAGGTGTTGCTGGAGCAAGCCTACGTCGAt < 1:1042003/150‑1 (MQ=255) gAGCCCGATGCGCTCGAAGGCGCCATGCTGATCAGCTATGCCGTGTTTCTAAGCGGCCTGGTCAGCTACAGCTACCTGCAGATCCGCAAGGCCAAGCTGCACAATTTCTACCTGTCCAAGGTGTTGCTGGAGCAAGCCTACGTCGATGcc < 1:1149685/150‑1 (MQ=255) gAGCCCGATGCGCTCGAAGGCGCCATGCTGATCAGCTATGCCGTGTTTCTAAGCGGCCTGGTCAGCTACAGCTACCTGCAGATCCGCAAGGCCAAGCTGCACAATTTCTACCTGTCCAAGGTGTTGCTGGAGCAAGCCTACGTCGATGcc < 2:1813624/150‑1 (MQ=255) cccGATGCGCTCGAAGGCGCCATGCTGATCAGCTATGCCgtgt > 1:1840302/1‑43 (MQ=255) cccGATGCGCTCGAAGGCGCCATGCTGATCAGCTATGCCgtgt < 2:1840302/43‑1 (MQ=255) | GATAGCCCTGCGCCCGGTGTGGTTGGTGCTCGGGGTGTCCACCGTGCTGTATGCCATGTCGGTGCTACCGGTGCGGCGCTGGTCATTCTTCTGCGCCATGGTCATCACCTGGGTGATGCTTAATCCGTTCTACCACACCCGCATCGAGCCCGATGCGCTCGAAGGCGCCATGCTGATCAGCTATGCCGTGTTTCTAAGCGGCCTGGTCAGCTACAGCTACCTGCAGATCCGCAAGGCCAAGCTGCACAATTTCTACCTGTCCAAGGTGTTGCTGGAGCAAGCCTACGTCGATGCC > NC_002947/3912028‑3912322 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |