| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,973,159 | A→G | 5.6% | intergenic (+153/+32) | PP_3502 → / ← PP_3503 | transposase/sigma‑54 dependent transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,973,159 | 0 | A | G | 5.6% | 266.1 / 2.4 | 88 | intergenic (+153/+32) | PP_3502/PP_3503 | transposase/sigma‑54 dependent transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/44); new base G (3/2); total (42/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
CTGCAACGCAGCCCGCCCAAACTGACGGGCAGTATCCAATGCTGGGGAGAAATTCTCTGGCACGCTGACTCGTACCTCGAGGTTGCTGAGAGAGGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACAGGGGCTTGTGGTTTCCCTTTGAGAGCGCCGCTCAGCGTATCTGGTGCTTGTGCAACAACCGATAGAACGTCGGCCGTGAAATGCCCAGCACCTTGGCTGCCACGCTCAGGTTGTCGCTGTGCCGGTTGAGCACATCGCACAGTGCCTGG > NC_002947/3973015‑3973308 | cTGCAACGCAGCCCGCCCAAACTGACGGGCAGTATCCAATGCTGGGGAGAAATTCTCTGGCACGCTGACTCGTACCTCGAGGTTGCTGAGAGAGGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACAGGGGc < 2:1519434/150‑1 (MQ=32) tacAACGCAGCGCGCCCAAACTGACGGGCAGTATCCAAAGCACGGACATCACTGGCGAGCACGCTGACTCGTACCTCGAGACTGCAGAGAGCCCCCGATGGCGTTTTGAATGAAAAGTTGGCTGCGGCTATAGAATCTCCTACAGGGGcg > 2:339667/3‑149 (MQ=2) aaCGCAGCCCGCCCAAACTGACGGGCAGTATCCAATGCTGGGGAGAAATTCTCTGGCACGCTGACTCGTACCTCGAGGTTGCTGAGAGAGGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACAGGGGCTtgt < 1:1218384/150‑1 (MQ=35) aaCGCAGCCCGCCCAAACTGACGGGCAGTATCCAATGCTGGGGAGAAATTCTCTGGCACGCTGACTCGTACCTCGAGGTTGCTGAGAGAGGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACAGGGGCTtgt < 1:2392916/150‑1 (MQ=35) aCGCAGCCCGCCCAAACTGACGGGCAGTATCCAATGCTGGGGAGAAATTCTCTGGCACGCTGACTCGTACCTCGAGGTTGCTGAGAGAGGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACAGGGGCTtgtg < 1:141557/150‑1 (MQ=35) aGCCCGCCCAAACTGACGGGCAGTATCCAATTCTGGGGAGAAATTCTCTGGCACGCTGACTCGTACCTCGAGGTTGCTGAGAGAGGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACAGGGGCTTGTGGttt < 1:1578774/150‑1 (MQ=255) aGCCCGCCCAAACTGACGGGCAGTATCCAATGCTGGGGAGAAATTCTCTGGCACGCTGACTCGTACCTCGAGGTTGCTGAGAGAGGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACAGGGGCTTGTGGttt < 1:2398912/150‑1 (MQ=39) cgcccAAACTGACGGGCAGTATCCAATGCTGGGGAGAAATTCTCTGGCACGCTGACTCGTACCTCGAGGTTGCTGAGAGAGGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACAGGGGCTTGTGGTTTCCCt < 1:1199397/150‑1 (MQ=255) gcccAAACTGACGGGCAGTATCCAATGCTGGGGAGAAATTCTCTGGCACGCTGACTCGTACCTCGAGGTTGCTGAGAGAGGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACAGGGGCTTGTGGTTTCCCtt < 1:1875997/150‑1 (MQ=255) gcccAAACTGACGGGCAGTATCCAATGCTGGGGAGAAATTCTCTGGCACGCTGACTCGTACCTCGAGGTTGCTGAGAGAGGCCGAT‑GCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACAGGGGCTTGTGGTTTCCCttt < 2:1321003/150‑1 (MQ=255) cccAAACTGACGGGCAGTATCCAATGCTGGGGAGAAATTCTCTGGCACGCTGACTCGTACCTCGAGGTTGCTGAGAGAGGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACAGGGGCTTGTGGTTTCCCttt < 2:2067730/150‑1 (MQ=255) cAAACTGACGGGCAGTATCCAATGCTGGGGAGAAATTCTCTGGCACGCTGACTCGTACCTCGAGGTTGCTGAGAGAGGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACAGGGGCTTGTGGTTTCCCtt < 2:977727/147‑1 (MQ=255) cAAACTGACGGGCAGTATCCAATGCTGGGGAGAAATTCTCTGGCACGCTGACTCGTACCTCGAGGTTGCTGAGAGAGGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACAGGGGCTTGTGGTTTCCCtt > 1:977727/1‑147 (MQ=255) aaaCTGACGGGCAGTATCCAATGCTGGGGAGAAATTCTCTGGCACGCTGACTCGTACCTCGAGGTTGCTGAGAGAGGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACAGGGGCTTGTGGTTTCCCTTTgag > 2:2253782/1‑150 (MQ=255) aCGGGCAGTATCCAATGCTGGGGAGAAATTCTCTGGCACGCTGACTCNTACCTCGAGGTTGCGGAGAGAGGCCGATGGCGTTTTTGCTGAAAATTTACCTCCGTCCAGAGGAGCTCCTACAGGGGCTCGAGGTTTAGCTTTGagagagat > 1:976748/1‑146 (MQ=11) aCGGGCAGTATCCAATGCTGGGGAGAAATTCTCTGGCACGCTGACTCGTACCTCGAGGTTGCTGAGAGAGGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACAGGGGCTTGTGGTTTCCCTTTGAGAGcgcc < 2:2233031/150‑1 (MQ=255) tCCAATGCTGGGGAGAAATTCTCTGGCACGCTGACTCGTACCTCGAGGTTGCTGAGAGAGGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACAGGGGCTTGTGGTTTCCCTTTGAGAGCGCCGCTCAGCGTa < 1:2262172/150‑1 (MQ=255) ccAATGCTGGGGAGAAATTCTCTGGCACGCTGACTCGTACCTCGAGGTTGCTGAGAGAGGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACAGGGGCTTGTGGTTTCCCTTTGAGAGCGCCGCTCAGCGTAt > 1:546848/1‑150 (MQ=255) aaTGCTGGGGAGAAATTCTCTGGCACGCTGACTCGTACCTCGAGGTTGCTGAGAGAGGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACAGGGGCTTGTGGTTTCCCTTTGAGAGCGCCGCTCAGCGTATCt > 2:696880/1‑150 (MQ=255) gggAGAAATTCTCTGGCACGCTGACTCGTACCTCGAGGTTGCTGAGAGAGGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACAGGGGCTTGTGGTTTCCCTTTGAGAGCGCCGCTCAGCGTATCTGGTGCtt < 2:2141745/150‑1 (MQ=255) gagaAATTCTCTGGCACGCTGACTCGTACCTCGAGGTTGCTGAGAGAGGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACAGGGGCTTGTGCTTTCCCTTTGAGAGCGCCGCTCAGCGTATCTGGTGCTtgt > 1:1737116/1‑150 (MQ=255) agaAATTCTCTGGCACGCTGACTCGTACCTCGAGGTTGCTGAGAGAGGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACAGGGGCTTGTGGTTTCCCTTTGAGAGCGCCGCTCAGCGTATCTGGTGCTtgtg < 2:1739483/150‑1 (MQ=255) aaTTCTCTGGCACGCTGACTCGTACCTCGAGGTTGCTGAGAGAGGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACAGGGGCTTGTGGTTTCCCTTTGAGAGCGCCGCTCAGCGTATCTGGTGCTTGTGcaa < 2:387999/150‑1 (MQ=255) ttCTCTGGCACGCTGACTCGTACCTCGAGGTTGCTGAGAGAGGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACAGGGGCTTGTGGTTTCCCTTTGAGAGCGCCGCTCAGCGTATCTGGTGCTTGTGcaaca > 1:1913272/1‑150 (MQ=255) ctctGGCACGCTGACTCGTACCTCGAGGTTGCTGAGAGAGGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTCACTTCTGCGCAGGGAATCTCCTACAGGGGCTTGTGGTTTCCCTTTGAGAGCGCCGCTCAGCGTATCTGGTGCTTGTGcaacatc < 2:1771523/150‑3 (MQ=21) ctGGCACGCTGACTCGTACCTCGAGGTTGCTGAGAGAGGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACAGGGGCTTGTGGTTTCCCTTTGAGAGCGCCGCTCAGCGTATCTGGTGCTTGTGCAACAACCg > 2:164250/1‑150 (MQ=255) gCACGCTGACTCGTACCTCGAGGTTGCTGAGAGAGGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACAGGGGCTTGTGGTTTCCCTTTGAGAGCGCCGCTCAGCGTATCTGGTGCTTGTGCAACAACCGATa > 1:1199073/1‑150 (MQ=255) aCGCTGACTCGTACCTCGAGGTTGCTGAGAGAGGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACAGGGGCTTGTGGTTTCCCTTTga > 2:1762506/1‑106 (MQ=255) aCGCTGACTCGTACCTCGAGGTTGCTGAGAGAGGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACAGGGGCTTGTGGTTTCCCTTTga < 1:1762506/106‑1 (MQ=255) 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CTGCAACGCAGCCCGCCCAAACTGACGGGCAGTATCCAATGCTGGGGAGAAATTCTCTGGCACGCTGACTCGTACCTCGAGGTTGCTGAGAGAGGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACAGGGGCTTGTGGTTTCCCTTTGAGAGCGCCGCTCAGCGTATCTGGTGCTTGTGCAACAACCGATAGAACGTCGGCCGTGAAATGCCCAGCACCTTGGCTGCCACGCTCAGGTTGTCGCTGTGCCGGTTGAGCACATCGCACAGTGCCTGG > NC_002947/3973015‑3973308 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |