| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,038,942 | T→C | 5.2% | S233P (TCG→CCG) | PP_3559 → | glycine betaine ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,038,942 | 0 | T | C | 5.2% | 411.9 / 7.9 | 137 | S233P (TCG→CCG) | PP_3559 | glycine betaine ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (60/69); new base C (3/4); total (63/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.29e-01 | |||||||||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
TCGACCCCTCGTTGCTGCAGGCCGCACACGGCCTTGGCGCAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGTCGATGATCGGCGCCCGTGGATTGGGTGAAGATGTGCTGGCGGGAATCCAGACCTTGAATGTTGGCCAAGGGATGGAGGCCGGGCTGGCAATTGTCGCCCTGGCCATGGTGATCGACCGGATCAGCCAGGCCTATGGGCGTAGCA > NC_002947/4038793‑4039086 | tCGACCCCTCGTTGCTGCAGGCCGCACACGGCCTTGGCGCAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCTAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGt < 1:665732/150‑1 (MQ=255)tCGACCCCTCGTTGCTGCAGGCCGCACACGGCCTTGGCGCAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGt < 1:1368978/150‑1 (MQ=255) cTCGTTGCTGCAGGCCGCACACGGCCTTGGCGCAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGTCgatgat > 2:875979/1‑150 (MQ=255) tCGTTGCTGCAGGCCGCACACGGCCTTGGCGCAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGGCCGGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGTCGATGATc < 1:1233533/150‑1 (MQ=255) tCGTTGCTGCAGGCCGCACACGGCCTTGGCGCAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGTCGATGATc > 2:1365834/1‑150 (MQ=255) gTTGCTGCAGGCCGCACACGGCCTTGGCGCAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTCTCGATGGTGGTCGTGGCGTCGAGGATCgg > 1:947157/1‑150 (MQ=255) tgcAGGCCGCACACGGCCTTGGCGCAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGTCGATGATCGGCGccc > 1:1715590/1‑150 (MQ=255) tgcAGGCCGCACACGGCCTTGGCGCAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGTCGATGATCGGCGccc > 2:498159/1‑150 (MQ=255) tgcAGGCCGCACACGGCCTTGGCGCAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGCCGATCATCGACGcca < 1:415242/150‑2 (MQ=255) ggcAGGCCGCACACGGCCTTGGCGCAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGTCGATGATCGGCGccc < 2:1535518/149‑1 (MQ=255) aGGCCGCACACGGCCTTGGCGCAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGTCGATGATCGGCGCCCGTg < 2:1762982/150‑1 (MQ=255) aGGCCGCACACGGCCTTGGCGCAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGTCGATGATCGGCGCCCGTg > 2:794977/1‑150 (MQ=255) gCCGCACACGGCCTTGGCGCAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGTCGATGATCGGCGCCCGTGGa > 1:762857/1‑150 (MQ=255) cgtgtgcGGCCTTGGCGCAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGt > 1:2227571/7‑128 (MQ=255) cgtgtgcGGCCTTGGCGCAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGt < 2:2227571/122‑1 (MQ=255) cGCACACGGCCTTGGCGCAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGTCGATGATCGGCGCCCGTGGAtt < 1:1724291/150‑1 (MQ=255) cGCACACGGCCTTGGCGCAAGCCGCTGGCACCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGTCGATGATCGGCGCCCGTGGAtt < 1:1209796/150‑1 (MQ=255) acGGCCTTGGCGCAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGTCGATGATCGGCGCCCGTGGATTGGGTg > 1:1895979/1‑150 (MQ=255) ggCCTTGGCGCAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGTCGATGATCGGCGCCCGTGGATTGGGTgga > 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tgGCCTTGTCGAGGGTGGTCGTGGCGTCGATGATCGGCGCCCGTGGATTGGGTGAAGATGTGCTGGCGGGAATCCAGACCTTGAATGTTGGCCAAGGGATGGAGGCCGGGCTGGCAATTGTCGCCCTGGCCATGGTGATCGACCGGATCa < 2:1247081/150‑1 (MQ=255) gCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGTCGATGATCGGCGCCCGTGGATTGGGTGAAGATGTGCTGGCGGGAATCCAGACCTTGAATGTTGGCCAAGGGATGGAGGCCGGGCTGGCAATTGTCGCCCTGGCCATGGTGATCGACCGGATCAGc < 1:942636/150‑1 (MQ=255) gATGGTGGTCGTGGCGTCGATGATCGGCGCCCGTGGATTGGGTGAAGATGTGCTGGCGGGAATCCAGACCTTGAATGTTGGCCAAGGGATGGAGGCCGGGCTGGCAATTGTCGCCCt < 2:207929/117‑1 (MQ=255) gATGGTGGTCGTGGCGTCGATGATCGGCGCCCGTGGATTGGGTGAAGATGTGCTGGCGGGAATCCAGACCTTGAATGTTGGCCAAGGGATGGAGGCCGGGCTGGCAATTGTCGCCCt > 1:207929/1‑117 (MQ=255) gATGGTGGTCGTGGCGTCGATGATCGGCGCCCGTGGATTGGGTGAAGATGTGCTGGCGGGAATCCAGACCTTGAATGTTGGCCAAGGGATGGAGGCCGGGCTGGCAATTGTCGCCCTGGCCATg < 1:1998186/124‑1 (MQ=255) gATGGTGGTCGTGGCGTCGATGATCGGCGCCCGTGGATTGGGTGAAGATGTGCTGGCGGGAATCCAGACCTTGAATGTTGGCCAAGGGATGGAGGCCGGGCTGGCAATTGTCGCCCTGGCCATGGTGATCGACCGGATCAGCCAg > 1:1198762/1‑145 (MQ=255) tggtggTCGTGGCGTCGATGATCGGCGCCCGTGGATTGGGTGAAGATGTGCTGGCGGGAATCCAGACCTTGAATGTTGGCCAAGGGATGGAGGCCGGGCTGGCAATTGTCGCCCTGGCCATGGTGATCGACCGGATCAGCCAGGCCTATg < 1:2156154/150‑1 (MQ=255) tCGTGGCGTCGATGATCGGCGCCCGTGGATTGGGTGAAGATGTGCTGGCGGGAATCCAGACCTTGAATGTTGGCCAAGGGATGGAGGCCGGGCTGGCAATTGTCGCCCTGGCCATGGTGATCGACCGGATCAGCCAGGCCTATGGGCGTa > 2:1071993/1‑150 (MQ=255) cGTGGCGTCGATGATCGGCGCCCGTGGATTGGGTGAAGATGTGCTGGCGGGAATCCAGACCTTGAATGTTGGCCAAGGGATGGAGGCCGGGCTGGCAATTGTCGCCCTGGCCATGGTGATCGACCGGATCAGCCAGGCCTATGGGCGTAg < 1:1071993/150‑1 (MQ=255) acgggCGCCGATCATCGACGCCCGTGGATTGGGTGAAGATGTGCTGGCGGGAATCCAGACCTTGAATGTTGGCCAAGGGATGGAGGCCGGGCTGGCAATTGTCGCCCTGGCCATGGTGa < 2:258185/116‑1 (MQ=255) acgggCGCCGATCATCGACGCCCGTGGATTGGGTGAAGATGTGCTGGCGGGAATCCAGACCTTGAATGTTGGCCAAGGGATGGAGGCCGGGCTGGCAATTGTCGCCCTGGCCATGGTGa > 1:258185/4‑119 (MQ=255) gTGGCGTCGATGATCGGCGCCCGTGGATTGGGCGAAGATGTGCTGGCGGGAATCAAGACCTTCAATGTTGGACAAGGGATGGAGGCAGGGCTGGCAATTGTCGCCCTGGCCATGGTGAACGACCGAATCAGCCAGGGCTATGGGAGTaac > 2:20597/1‑148 (MQ=255) tGGCGTCGATGATCGGCGCCCGTGGATTGTGTGAAGATGTGCTGGCGGGAATCCAGACCTTGAATGTTGGCTAAGGGATGGAGGCCGGGCTGGCAATTGTCGCCCTGGCCATGGTGATCGACCGGATCAGCCAGGCCTATGGGCGTAGCa > 1:442637/1‑150 (MQ=255) tGGCGTCGATGATCGGCGCCCGTGGATTGGGTGAAGATGTGCTGGCGGGAATCCAGACCTTGAATGTTGGCCAAGGGATGGAGGCCGGGCTGGCAATTGTCGCCCTGGCCATGGTGATCGACCGGATCAGCCAGGCCTATGGGCGTAGCa < 2:1176903/150‑1 (MQ=255) gggCGCCGATCATCGACGCCCGTGGATTGGGTGAAGATGTGCTGGCGGGAATCCAGACCTTGAATGTTGGCCAAGGGATGGAGGCCGGGCTGGCAATTGTCg < 1:1308058/101‑1 (MQ=255) | TCGACCCCTCGTTGCTGCAGGCCGCACACGGCCTTGGCGCAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGTCGATGATCGGCGCCCGTGGATTGGGTGAAGATGTGCTGGCGGGAATCCAGACCTTGAATGTTGGCCAAGGGATGGAGGCCGGGCTGGCAATTGTCGCCCTGGCCATGGTGATCGACCGGATCAGCCAGGCCTATGGGCGTAGCA > NC_002947/4038793‑4039086 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |