| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,038,947 | G→C | 5.3% | M234I (ATG→ATC) | PP_3559 → | glycine betaine ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,038,947 | 0 | G | C | 5.3% | 426.9 / 11.8 | 133 | M234I (ATG→ATC) | PP_3559 | glycine betaine ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (56/70); new base C (3/4); total (59/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.81e-01 | |||||||||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
CTCGTTGCTGCAGGCCGCACACGGCCTTGGCGCAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGTCGATGATCGGCGCCCGTGGATTGGGTGAAGATGTGCTGGCGGGAATCCAGACCTTGAATGTTGGCCAAGGGATGGAGGCCGGGCTGGCAATTGTCGCCCTGGCCATGGTGATCGACCGGATCAGCCAGGCCTATGGGCGTAGCAGTCGCTGAGC > NC_002947/4038800‑4039096 | cTCGTTGCTGCAGGCCGCACACGGCCTTGGCGCAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGTCgatgat > 2:1154444/1‑150 (MQ=255)cTCGTTGCTGCAGGCCGCACACGGCCTTGGCGCAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGTCgatgat > 1:1577992/1‑150 (MQ=255) tCGTTGCTGCAGGCCGCACACGGCCTTGGCGCAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGGCCGGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGTCGATGATc < 1:1233533/150‑1 (MQ=255) 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gtCGTGGCGTCGATGATCGGCGCCCGTGGATTGGGTGAAGATGTGCTGGCGGGAATCCAGACCTTGAATGTTGGCCAAGGGATGGAGGCCGGGCTGGCAATTGTCGCCCTGGCCATGGTGATCGACCGGATCAGCCAGGCCTATGGGCGt < 1:1918551/150‑1 (MQ=255) tCGTGGCGTCGATGATCGGCGCCCGTGGATTGGGTGAAGATGTGCTGGCGGGAATCCAGACCTTGAATGTTGGCCAAGGGATGGAGGCCGGGCTGGCAATTGTCGCCCTGGCCATGGTGATCGACCGGATCAGCCAGGCCTATGGGCGTa > 2:1071993/1‑150 (MQ=255) cGTGGCGTCGATGATCGGCGCCCGTGGATTGGGTGAAGATGTGCTGGCGGGAATCCAGACCTTGAATGTTGGCCAAGGGATGGAGGCCGGGCTGGCAATTGTCGCCCTGGCCATGGTGATCGACCGGATCAGCCAGGCCTATGGGCGTAg < 1:1071993/150‑1 (MQ=255) acgggCGCCGATCATCGACGCCCGTGGATTGGGTGAAGATGTGCTGGCGGGAATCCAGACCTTGAATGTTGGCCAAGGGATGGAGGCCGGGCTGGCAATTGTCGCCCTGGCCATGGTGa < 2:258185/116‑1 (MQ=255) acgggCGCCGATCATCGACGCCCGTGGATTGGGTGAAGATGTGCTGGCGGGAATCCAGACCTTGAATGTTGGCCAAGGGATGGAGGCCGGGCTGGCAATTGTCGCCCTGGCCATGGTGa > 1:258185/4‑119 (MQ=255) gTGGCGTCGATGATCGGCGCCCGTGGATTGGGCGAAGATGTGCTGGCGGGAATCAAGACCTTCAATGTTGGACAAGGGATGGAGGCAGGGCTGGCAATTGTCGCCCTGGCCATGGTGAACGACCGAATCAGCCAGGGCTATGGGAGTaac > 2:20597/1‑148 (MQ=255) tGGCGTCGATGATCGGCGCCCGTGGATTGTGTGAAGATGTGCTGGCGGGAATCCAGACCTTGAATGTTGGCTAAGGGATGGAGGCCGGGCTGGCAATTGTCGCCCTGGCCATGGTGATCGACCGGATCAGCCAGGCCTATGGGCGTAGCa > 1:442637/1‑150 (MQ=255) gggCGCCGATCATCGACGCCCGTGGATTGGGTGAAGATGTGCTGGCGGGAATCCAGACCTTGAATGTTGGCCAAGGGATGGAGGCCGGGCTGGCAATTGTCg < 1:1308058/101‑1 (MQ=255) gggCGCCGATCATCGACGCCCGTGGATTGGGTGAAGATGTGCTGGCGGGAATCCAGACCTTGAATGTTGGCCAAGGGATGGAGGCCGGGCTGGCAATTGTCg > 2:1308058/2‑102 (MQ=255) gatgatCGGCGCCCGTGGATTGGGTGAAGATGTGCTGGCGGGAATCCAGACCTTGAATGTTGGCCAAg > 1:612201/1‑68 (MQ=255) | CTCGTTGCTGCAGGCCGCACACGGCCTTGGCGCAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGTCGATGATCGGCGCCCGTGGATTGGGTGAAGATGTGCTGGCGGGAATCCAGACCTTGAATGTTGGCCAAGGGATGGAGGCCGGGCTGGCAATTGTCGCCCTGGCCATGGTGATCGACCGGATCAGCCAGGCCTATGGGCGTAGCAGTCGCTGAGC > NC_002947/4038800‑4039096 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |