| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,038,952 | G→A | 5.1% | G236D (GGC→GAC) | PP_3559 → | glycine betaine ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,038,952 | 0 | G | A | 5.1% | 422.1 / 8.0 | 137 | G236D (GGC→GAC) | PP_3559 | glycine betaine ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (58/72); new base A (3/4); total (61/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
GTTGCTGCAGGCCGCACACGGCCTTGGCGCAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGTCGATGATCGGCGCCCGTGGATTGGGTGAAGATGTGCTGGCGGGAATCCAGACCTTGAATGTTGGCCAAGGGATGGAGGCCGGGCTGGCAATTGTCGCCCTGGCCATGGTGATCGACCGGATCAGCCAGGCCTATGGGCGTAGCAGTCGCTGAGCCG > NC_002947/4038803‑4039098 | gTTGCTGCAGGCCGCACACGGCCTTGGCGCAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTCTCGATGGTGGTCGTGGCGTCGAGGATCgg > 1:947157/1‑150 (MQ=255) tgcAGGCCGCACACGGCCTTGGCGCAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGTCGATGATCGGCGccc > 2:498159/1‑150 (MQ=255) tgcAGGCCGCACACGGCCTTGGCGCAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGTCGATGATCGGCGccc > 1:1762982/1‑150 (MQ=255) tgcAGGCCGCACACGGCCTTGGCGCAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGTCGATGATCGGCGccc > 1:1715590/1‑150 (MQ=255) tgcAGGCCGCACACGGCCTTGGCGCAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGCCGATCATCGACGcca < 1:415242/150‑2 (MQ=255) ggcAGGCCGCACACGGCCTTGGCGCAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGTCGATGATCGGCGccc < 2:1535518/149‑1 (MQ=255) aGGCCGCACACGGCCTTGGCGCAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGTCGATGATCGGCGCCCGTg < 2:1762982/150‑1 (MQ=255) gCCGCACACGGCCTTGGCGCAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGTCGATGATCGGCGCCCGTGGa > 1:762857/1‑150 (MQ=255) 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ggCCTTGGCGCAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGTCGATGATCGGCGCCCGTGGATTGGGTGaa > 1:2030766/1‑150 (MQ=255) cTTGGCGCAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGTCGATGATCGGCGCCCGTGGATTGGGTGAAGAt < 2:156233/150‑1 (MQ=255) gcgcAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGTCGATGATCGGCGCCCGTGGATTGGGTGAAGATGTGc < 2:2180074/150‑1 (MQ=255) gcAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGTCGATGATCGGCGCCCGTGGATTGGGTGAAGATGTGCTg > 1:1409683/1‑150 (MQ=255) gcAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGCCGATCATCGACGcca < 1:1542686/127‑2 (MQ=255) 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tCGGCGCCCGTGGATTGGGTGAAGATGTGCTGGCGGGAATCCAGACCTTGAATGTTGGCCAAGGGATGGAGGCCGGGCTGGCAATTGTCGCCCTGGCCATGGTGATCGACCGGATCAGCCAGGCCTATGGGCGTAGCAGTCGCTGAGCCg > 2:1342840/1‑150 (MQ=255) | GTTGCTGCAGGCCGCACACGGCCTTGGCGCAAGCCGCTGGCAGCGGTTGCGGCGCATCGCCCTGCCCCTGGCGCTACCAAGCATCATGGCCGGGCTCAACCAGTCGGTCATGATGGCCTTGTCGATGGTGGTCGTGGCGTCGATGATCGGCGCCCGTGGATTGGGTGAAGATGTGCTGGCGGGAATCCAGACCTTGAATGTTGGCCAAGGGATGGAGGCCGGGCTGGCAATTGTCGCCCTGGCCATGGTGATCGACCGGATCAGCCAGGCCTATGGGCGTAGCAGTCGCTGAGCCG > NC_002947/4038803‑4039098 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |