Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,061,434 | C→A | 5.8% | L107M (CTG→ATG) ‡ | PP_3579 → | membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,061,434 | 0 | C | A | 5.8% | 284.9 / 5.2 | 86 | L107M (CTG→ATG) ‡ | PP_3579 | membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/36); new base A (2/3); total (47/39) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.55e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.55e-01 |
CCAGCCCGGAAAAGGTCCGCAAGGTCGCCGGCGTCGAAGACGAGAACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGCATATTCACCCTGCACTACGCCCGCCTGTTCTACACCGGGCAAAACCACGAACCCCCACTGCGCTTCGCTGATGGCGAGCGCAAC > NC_002947/4061288‑4061580 | ccagccCGTAAAAGGTCCGCAAGGTCGCCGGCGTCGAAGACGAGAACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTgg > 2:1569287/1‑150 (MQ=255) gAAAAGGTCCGCAAGGTCGCCGGCGTCGAAGACGAGAACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCAc > 2:2058261/1‑150 (MQ=255) gAAAAGGTCCGCAAGGTCGCCGGCGTCGAAGACGAGAACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCAGGGCCGTGcct < 1:1042985/150‑3 (MQ=255) gAAAAGGTCCGCAAGGTCGCCGGCGTCGAAGACGAGAACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCAGGGCCGTGcct < 1:1519138/150‑3 (MQ=255) aaGGTCCGCAAGGTCGCCGGCGTCGAAGACGAGAACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTAt < 2:1250674/150‑1 (MQ=255) gTCCGCAAGGTCGCCGGCGTCGAAGACGAGAACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTAtctc < 1:2242504/150‑1 (MQ=255) gTCCGCAAGGTCGCCGGCGTCGAAGACGAGAACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTAtctc < 2:2307204/150‑1 (MQ=255) ccGCAAGGTCGCCGGCGTCGAAGACGAGAACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTa < 2:995510/150‑1 (MQ=255) cAAGGTCGCCGGCGTCGAAGACGAGAACGCCGGACCGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTacac > 1:1666008/1‑150 (MQ=255) aGGTCGCCGGCGTCGAAGACGAGAACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTg < 1:1569287/150‑1 (MQ=255) gTCGCCGGCGTCGAAGACGAGAACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGc < 2:822987/150‑1 (MQ=255) gTCGCCGGCGGCGAAGACGAGAACGCCGTCCTGGTCCTGCTGACCGGGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGc < 2:939513/150‑1 (MQ=255) gCCGGCGTCGAAGACGAGAACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTg > 2:2193620/1‑150 (MQ=255) ccGGCGTCGAAGACGAGAACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGa < 2:209806/150‑1 (MQ=255) ggCGTCGAAGACGAGAACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGAcc < 2:681043/150‑1 (MQ=255) aaGACGAGAACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCg < 1:404483/150‑1 (MQ=255) gACGAGAACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTg > 2:1746710/1‑111 (MQ=255) gACGAGAACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTg < 1:1746710/111‑1 (MQ=255) gagaACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTAtctc < 2:2255355/123‑1 (MQ=255) gagaACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTAtctc > 1:2255355/1‑123 (MQ=255) aaCGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGTCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTgg > 1:1946255/1‑150 (MQ=255) aCGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGgc < 2:2409556/150‑1 (MQ=255) gCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGgctg > 2:1664351/1‑150 (MQ=255) cGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGgctgct > 1:140651/1‑150 (MQ=255) ggCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGctgctg > 2:1304422/1‑150 (MQ=255) tGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCg < 1:2385901/150‑1 (MQ=255) tCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCt < 2:152469/150‑1 (MQ=255) ctgctgACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGc > 1:2128022/1‑150 (MQ=255) tgctgACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTgg < 2:1857469/134‑1 (MQ=255) tgctgACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTgg > 1:1857469/1‑134 (MQ=255) cGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGCATATTCAc > 2:1633832/1‑150 (MQ=255) cGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGCATATTCAc > 2:374234/1‑150 (MQ=255) gtgtGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGGCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGCATATTCAcc > 1:828388/1‑150 (MQ=255) gtgCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCACGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCGCTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCTTGGCTGCTGATCGGCTg < 2:2239637/138‑1 (MQ=255) gtgCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCACGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCGCTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTg > 1:2239637/1‑138 (MQ=255) tCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGTCTGCATATTCACCCTGCACt > 1:74889/1‑150 (MQ=255) gccgccATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGCATATTCACCCTGCACTAc > 1:2195055/1‑150 (MQ=255) gccgccATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGCATATTCACCCTGCACTAc > 1:557200/1‑150 (MQ=255) ccgccATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGCATATTCACCCTGCACTAcg > 2:1701052/1‑150 (MQ=255) cATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGCATATTCACCCTGCACTAcgcccg > 1:558492/1‑150 (MQ=255) ccAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTc < 2:1848499/103‑1 (MQ=255) ccAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTc > 1:1848499/1‑103 (MQ=255) ccAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGCATATTCACCCTGCACTACGCCCGCCTGt > 1:1198809/1‑150 (MQ=255) aGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGCATATTCACCCTGCACTACGCCCGCCTGTTc < 1:2058261/150‑1 (MQ=255) aGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGCATATTCACCCTGCACTACGCCCGCCTGTTc < 1:2321790/150‑1 (MQ=255) aGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGCATATTCACCCTGCACTACGCCCGCCTGTTc > 2:840075/1‑150 (MQ=255) cTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGc > 1:1428614/1‑117 (MQ=255) cTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGc < 2:1428614/117‑1 (MQ=255) gCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGCATATTCACCCTGCACTACGCCCGCCTGTTCTACAcc < 2:1198809/150‑1 (MQ=255) cgcgGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGCATATTCACCCTGCACTACGCCCGCCTGTTCTACACCgg < 1:2320962/150‑1 (MQ=255) cgGTCACCCTGCAACTGGTCTCAAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGCATATTCACCCTGCACTACGCCCGCCTGTTCTACACCGTGc > 2:815777/1‑150 (MQ=255) ccTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATc < 2:2321154/97‑1 (MQ=255) 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1:1371463/109‑1 (MQ=255) tgCACGGCCAGGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGCATATTCACCCTGCACTACGCCCGCCTGTTCTACACCgg > 2:1371463/2‑110 (MQ=255) cACGGCCAGGGCCGTGCACTATCTCTCCACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCCGGCTACTGATCGGCTGCATATTCACCCTGCACTACGCCCGCCTGTTCTACACCGGGCAAAACCACGAACCCCCACTGCGCTTCGCTGATGGCGacgg > 2:1217588/1‑147 (MQ=255) aCGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTgg < 1:1903040/54‑1 (MQ=255) aCGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTgg > 2:1903040/1‑54 (MQ=255) ggCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGCATATTCACCCTGCACTACGCCCGCCTGTTCTACACCgg < 1:1367554/105‑1 (MQ=255) ggCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGCATATTCACCCTGCACTACGCCCGCCTGTTCTACACCgg > 2:1367554/1‑105 (MQ=255) gCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGCATATTCACCCTGCACTACGCCCGCCTGTTCTCATCTCTCCAAAACCACGAACCCCCACTGCGCTTCGCTGATGGCGAGCGCAAc > 1:148162/1‑150 (MQ=255) cTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGCATATTCACCCTGCACTACGCCCGCCTGTTCTACACCGGGCAAAACCACGAACCCCCACTGCGCTTCGCt > 2:2182811/1‑132 (MQ=255) cTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGCATATTCACCCTGCACTACGCCCGCCTGTTCTACACCGGGCAAAACCACGAACCCCCACTGCGCTTCGCt < 1:2182811/132‑1 (MQ=255) | CCAGCCCGGAAAAGGTCCGCAAGGTCGCCGGCGTCGAAGACGAGAACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGCATATTCACCCTGCACTACGCCCGCCTGTTCTACACCGGGCAAAACCACGAACCCCCACTGCGCTTCGCTGATGGCGAGCGCAAC > NC_002947/4061288‑4061580 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |