| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,061,435 | T→G | 5.2% | L107R (CTG→CGG) ‡ | PP_3579 → | membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,061,435 | 0 | T | G | 5.2% | 270.9 / 4.0 | 88 | L107R (CTG→CGG) ‡ | PP_3579 | membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (46/37); new base G (2/3); total (48/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
CCAGCCCGGAAAAGGTCCGCAAGGTCGCCGGCGTCGAAGACGAGAACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGCATATTCACCCTGCACTACGCCCGCCTGTTCTACACCGGGCAAAACCACGAACCCCCACTGCGCTTCGCTGATGGCGAGCGCAAC > NC_002947/4061288‑4061580 | ccagccCGTAAAAGGTCCGCAAGGTCGCCGGCGTCGAAGACGAGAACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTgg > 2:1569287/1‑150 (MQ=255) gAAAAGGTCCGCAAGGTCGCCGGCGTCGAAGACGAGAACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCAc > 2:2058261/1‑150 (MQ=255) gAAAAGGTCCGCAAGGTCGCCGGCGTCGAAGACGAGAACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCAGGGCCGTGcct < 1:1042985/150‑3 (MQ=255) gAAAAGGTCCGCAAGGTCGCCGGCGTCGAAGACGAGAACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCAGGGCCGTGcct < 1:1519138/150‑3 (MQ=255) aaGGTCCGCAAGGTCGCCGGCGTCGAAGACGAGAACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTAt < 2:1250674/150‑1 (MQ=255) gTCCGCAAGGTCGCCGGCGTCGAAGACGAGAACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTAtctc < 1:2242504/150‑1 (MQ=255) gTCCGCAAGGTCGCCGGCGTCGAAGACGAGAACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTAtctc < 2:2307204/150‑1 (MQ=255) ccGCAAGGTCGCCGGCGTCGAAGACGAGAACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTa < 2:995510/150‑1 (MQ=255) cAAGGTCGCCGGCGTCGAAGACGAGAACGCCGGACCGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTacac > 1:1666008/1‑150 (MQ=255) aGGTCGCCGGCGTCGAAGACGAGAACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTg < 1:1569287/150‑1 (MQ=255) gTCGCCGGCGTCGAAGACGAGAACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGc < 2:822987/150‑1 (MQ=255) gTCGCCGGCGGCGAAGACGAGAACGCCGTCCTGGTCCTGCTGACCGGGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGc < 2:939513/150‑1 (MQ=255) gCCGGCGTCGAAGACGAGAACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTg > 2:2193620/1‑150 (MQ=255) ccGGCGTCGAAGACGAGAACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGa < 2:209806/150‑1 (MQ=255) ggCGTCGAAGACGAGAACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGAcc < 2:681043/150‑1 (MQ=255) aaGACGAGAACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCg < 1:404483/150‑1 (MQ=255) gACGAGAACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTg > 2:1746710/1‑111 (MQ=255) gACGAGAACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTg < 1:1746710/111‑1 (MQ=255) gagaACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTAtctc < 2:2255355/123‑1 (MQ=255) gagaACGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTAtctc > 1:2255355/1‑123 (MQ=255) aaCGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGTCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTgg > 1:1946255/1‑150 (MQ=255) aCGCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGgc < 2:2409556/150‑1 (MQ=255) gCCGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGgctg > 2:1664351/1‑150 (MQ=255) cGGCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGgctgct > 1:140651/1‑150 (MQ=255) ggCCTGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGctgctg > 2:1304422/1‑150 (MQ=255) tGGTCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCg < 1:2385901/150‑1 (MQ=255) tCCTGCTGACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCt < 2:152469/150‑1 (MQ=255) ctgctgACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGc > 1:2128022/1‑150 (MQ=255) tgctgACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTgg < 2:1857469/134‑1 (MQ=255) tgctgACCGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTgg > 1:1857469/1‑134 (MQ=255) cGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGCATATTCAc > 2:1633832/1‑150 (MQ=255) cGTGTGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGCATATTCAc > 2:374234/1‑150 (MQ=255) gtgtGCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGGCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGCATATTCAcc > 1:828388/1‑150 (MQ=255) gtgCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCACGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCGCTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCTTGGCTGCTGATCGGCTg < 2:2239637/138‑1 (MQ=255) gtgCATCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCACGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCGCTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTg > 1:2239637/1‑138 (MQ=255) tCGCCGCCATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGTCTGCATATTCACCCTGCACt > 1:74889/1‑150 (MQ=255) gccgccATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGCATATTCACCCTGCACTAc > 1:2195055/1‑150 (MQ=255) gccgccATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGCATATTCACCCTGCACTAc > 1:557200/1‑150 (MQ=255) ccgccATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGCATATTCACCCTGCACTAcg > 2:1701052/1‑150 (MQ=255) cATCGCCAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGCATATTCACCCTGCACTAcgcccg > 1:558492/1‑150 (MQ=255) ccAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTc < 2:1848499/103‑1 (MQ=255) ccAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTc > 1:1848499/1‑103 (MQ=255) ccAGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGCATATTCACCCTGCACTACGCCCGCCTGt > 1:1198809/1‑150 (MQ=255) aGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGCATATTCACCCTGCACTACGCCCGCCTGTTc < 1:2058261/150‑1 (MQ=255) aGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGCATATTCACCCTGCACTACGCCCGCCTGTTc < 1:2321790/150‑1 (MQ=255) aGCCTTGCCGCGGTCACCCTGCAACTGGTCTCCAGCCGCGGCCTGCAAGGCACGGCCCTGGCCGTGCACTATCTCTACACTGGCCTGACCGTCGCCGGTTCCTGGCTGCTGATCGGCTGCATATTCACCCTGCACTACGCCCGCCTGTTc > 2:840075/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |