| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,090,100 | C→G | 7.0% | S36C (TCC→TGC) ‡ | gudP → | glucarate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,090,100 | 0 | C | G | 7.0% | 361.4 / 14.6 | 115 | S36C (TCC→TGC) ‡ | gudP | glucarate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (56/50); new base G (4/4); total (60/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.50e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
CGTGAGCCCGCACAAAAATAACTAGTGGGAGTATTGCCAGCATGCAAGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGAACGTCTACGCCTTCAGCATCTTC > NC_002947/4089953‑4090248 | cctGAGCCCGCACAAAAATAACTAGTGGGAGTATTGCCAGCATGCAAGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCa < 1:678371/148‑1 (MQ=255) tGAGCCCGCACAAAAATAACTAGTGGGAGTATTGCCAGCATGCAAGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGc > 2:2050163/1‑150 (MQ=255) cccGCACAAAAATAACTAGTGGGAGTATTGCCAGCATGCAAGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGc < 2:1351630/150‑1 (MQ=255) cGCACAAAAATAACTAGTGGGAGTATTGCCAGCATGCAAGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTGGAGCCTGcga < 1:1077590/150‑3 (MQ=255) cGCACAAAAATAACTAGTGGGAGTATTGCCAGCATGCAAGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTGGAGCCTGcga < 2:1867697/150‑3 (MQ=255) cGCACAAAAATAACTAGTGGGAGTATTGCCAGCATGCAAGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTGGAGCCTGcga < 2:164605/150‑3 (MQ=255) cGCACAAAAATAACTAGTGGGAGTATTGCCAGCATGCAAGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAg > 2:1596161/1‑150 (MQ=255) gCACAAAAATAACTAGTGGGAGTATTGCCAGCATGCAAGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGa > 2:1940448/1‑150 (MQ=255) acaAAAATAACTAGTGGGAGTATTGCCAGCATGCAAGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGaaa > 2:158045/1‑150 (MQ=255) acaAAAATAACTAGTGGGAGTATTGCCAGCATGCAAGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGaaa < 2:175607/150‑1 (MQ=255) aaaTAACTAGTGGGAGTATTGCCAGCATGCAAGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTg > 2:1639775/1‑140 (MQ=255) aTAACTAGTGGGAGTATTGCCAGCATGCAAGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTc > 2:1337615/1‑150 (MQ=255) tAACTAGTGGGAGTATTGCCAGCATGCAAGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCg < 2:1388847/150‑1 (MQ=255) tAACTAGTGGGAGTATTGCCAGCATGCAAGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCg > 2:2316252/1‑150 (MQ=255) tGGGAGTATTGCCAGCATGCAAGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGa < 1:1596161/150‑1 (MQ=255) tGGGAGTATTGCCAGCATGCAAGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGa < 2:1470585/150‑1 (MQ=255) ggAGTATTGCCAGCATGCAAGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTTCCTCATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTg < 1:762081/128‑1 (MQ=255) ggAGTATTGCCAGCATGCAAGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTg > 2:762081/1‑128 (MQ=255) ggAGTATTGCCAGCATGCAAGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACg > 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gCAAGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTta > 2:557482/1‑150 (MQ=255) aaGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTGGAGCCTGcgata < 2:1994485/115‑5 (MQ=255) aaGCGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGCtata > 1:129759/1‑150 (MQ=255) cGACTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCt < 1:1123629/150‑1 (MQ=255) aCTAAGAAAACGCATGTGCGCTACCTGATCCTGTTCATGCTGTTTCTGGTGACCACGATCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCttt > 2:2162325/1‑150 (MQ=255) 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> 2:1731576/1‑108 (MQ=255) tCAACTATGCCGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATc < 1:1091968/150‑1 (MQ=255) ccGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGc > 2:1588828/1‑143 (MQ=255) ccGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGc < 1:1588828/143‑1 (MQ=255) cGACCGCGCGACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTc > 2:290471/1‑150 (MQ=255) gcgcgACCATTGCTATCGCAGGCTCCAGCCTGCAGAAAGACCTCGGCATTGACGCCGTAACCCTCGGTTATATCTTTTCCGCCTTCGGATGGGCTTACGTGGCTGGCCAGATTCCTGGTGGCTGGCTACTCGATCGCTTCGGTTCCAAGa > 2:1993370/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |