| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,099,210 | C→T | 5.0% | W284* (TGG→TGA) | PP_3607 ← | membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,099,210 | 0 | C | T | 5.0% | 229.4 / 2.0 | 80 | W284* (TGG→TGA) | PP_3607 | membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (37/37); new base T (2/2); total (39/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.71e-01 | |||||||||||
AGCGACGGCAGCGGAATCTTCAGGTTTGGCGCAAAGCGCCCGGCCAGGCCCGCCGCCAGCAAGGCACCCAGTACGATGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGTGCCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATCCACACCCAGCCCGCTGAGGACCTTGGCCCCCCACAAGGCGAAAGCCGAGGTAATGCCCCAAGGCCGCCCCGCCAGCGCCAAGGTCGCGTAGTTCAGCAAGGCCAGGGCGATGGCGCCCCACAGCAA > NC_002947/4099061‑4099359 | aGCGACGGCAGCGGAATCTTCAGGTTTGGCGCAAAGCGCCCGGCCAGGCCCGCCGCCAGCAAGGCACCCAGTACGATGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGtgcctgc < 2:1153289/150‑1 (MQ=255) gCGACGGCAGCGGAATCTTCAGGTTTGGCGCAAAGCGCCCGGCCAGGCCCGCCGCCAGCAAGGCACCCAGTACGATGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGtgcctgcc > 2:622331/1‑150 (MQ=255) cGGCAGCGGAATCTTCAGGTTTGGCGCAAAGCGCCCGGCCAGGCCCGCCGCCAGCAAGGCACCCAGTACGATGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGTGCCTGCCAGaa < 1:2209974/150‑1 (MQ=255) gCAGCGGAATCTTCAGGTTTGGCGCAAAGCGCCCGGCCAGGCCCGCCGCCAGCAAGGCACCCAGTACGATGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGCCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGTGCCTGCCAGAaca < 1:2067264/150‑1 (MQ=255) aGCGGAATCTTCAGGTTTGGCGCAAAGCGCCCGGCCAGGCCCGCCGCCAGCAAGGCACCCAGTACGATGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGTGCCTGCCAGAACAcc > 1:925862/1‑150 (MQ=255) cgcAAAGCGCCCGGCCAGGCCCGCCGCCAGCAAGGCACCCAGTACGATGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGTGCCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATCCACAcc > 1:960612/1‑150 (MQ=255) cgcAAAGCGCCCGGCCAGGCCCGCCGCCAGCAAGGCACCCAGTACGATGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGTGCCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATCCACAcc < 2:1117253/150‑1 (MQ=255) cgcAAAGCGCCCGGCCAGGCCCGCCGCCAGCAAGGCACCCAGTACGATGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGTGCCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATCCACAcc < 1:694574/150‑1 (MQ=255) aGCGCCCGGCCAGGCCCGCCGCCAGCAAGGCACCCAGTACGATGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGTGCCTGTCAGAACACCCAGCTACCGACATCCACACCCAGcc > 1:1595853/1‑150 (MQ=255) aGCGCCCGGCCAGGCCCGCCGCCAGCAAGGCACCCAGTACGATGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGTGCCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATCCACACCCAGcc < 1:569518/150‑1 (MQ=255) gcCCGGCCAGGCCCGCCGCCAGCAAGGCACCCAGTACGATGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGTGCCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATCCACACCCAGCCCga > 1:2322324/1‑149 (MQ=255) cccGGCCAGGCCCGCCGCCAGCAAGGCACCCAGTACGATGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGTGCCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATCCACACCCAGCCCGCt > 1:1992111/1‑150 (MQ=255) ccGGCCAGGCCCGCCGCCAGCAAGGCACCCAGTACGATGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGTGCCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATCCACACCCAGCCCGCTg > 2:2129415/1‑150 (MQ=255) ccGGCCAGGCCCGCCGCCAGCAAGGCACCCAGTACGATGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGTGCCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATCCACACCCAGCCCGCTg > 2:185472/1‑150 (MQ=255) ggCCAGGCCCGCCGCCAGCAAGGCACCCAGTACGATGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGTGCCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATCCACACCCAGCCCGCTGAg < 1:2185386/150‑1 (MQ=255) gCCAGGCCCGCCGCCAGCAAGGCACCCAGTACGATGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGTGCCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATCCACACCCAGCCCGCTGAgg < 1:202412/150‑1 (MQ=255) cAGGCCCGCCGCCAGCAAGGCACCCAGTACGATGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGAGCCGCAACAGGGTGAGTCCTATTCGGGGTCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATCCACACCCAGCCCGCTGAGGAc > 1:549581/1‑150 (MQ=255) aGGCCCGCCGCCAGCAAGGCACCCAGTACGATGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGTGCCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATCCacac > 2:958396/1‑133 (MQ=255) aGGCCCGCCGCCAGCAAGGCACCCAGTACGATGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGTGCCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATCCacac < 1:958396/133‑1 (MQ=255) ggCCCGCCGCCAGCAAGGCACCCAGTACGATGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGTGCCTGCCAGCACACCCAGCTACCGACATCCACACCCAGCCCGCTGAGGcccc > 2:57492/1‑149 (MQ=255) cccGCCGCCAGCAAGGCACCCAGTACGATGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGTCACAGCGGCCCAGCCAAATCCTTGGCATTGGCCGGTGCCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATCCACACCCAGCCCGCTGAGGACCTTg < 2:1172766/150‑1 (MQ=255) cccGCCGCCAGCAAGGCACCCAGTACGATGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGTGCCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATCCACACCCAGCCCGCTGAGGACCTTg > 1:596185/1‑150 (MQ=255) ccgccgCCAGCAAGGCACCCAGTACGATGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGTGCCTGTCAGAACACCCAGCTACCGa > 2:2291828/1‑120 (MQ=255) ccgccgCCAGCAAGGCACCCAGTACGATGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGTGCCTGTCAGAACACCCAGCTACCGa < 1:2291828/120‑1 (MQ=255) ccgccgCCAGAAAGGCACCCAGTACGATGCCGAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGTGCCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATCCACACCCAGCCCGCTGAGGACCTTgg > 1:727123/1‑150 (MQ=255) cgccAGCAAGGCACCCAGTACGATGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGTGCCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATCCACACCCAGCCCGCTGAGGACCTTGGcccc > 2:709685/1‑150 (MQ=255) gCAAGGCACCCAGTACGATGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGTGCCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATCCACACCCAGCCCGCTGAGGACCTTGGCCCCCcaca > 2:596169/1‑150 (MQ=255) cAAGGCACCCCGTACGATGCCCAGGTCCAGTACCGTGGTGATGGCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGGCGGTGCCTGCCAGAACACCCAGCTACCTACATCCACACCCAGCCCGCTGAGGACCTTGGCCCCCCACaa < 1:1192960/150‑1 (MQ=255) cAAGGCACCCAGTACGATGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGTGCCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATCCACACCCAGCCCGCTGAGGACCTTGGCCCCCCACaa < 1:622331/150‑1 (MQ=255) aaGGCACCCAGTACGATGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGTGCCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATCCACACCCAGCCCGCTGAGGACCTTGGCCCCCCACAAg < 1:1883030/150‑1 (MQ=255) aaGGCACCCAGTACGATGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGTGCCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATCCACACCCAGCCCGCTGAGGACCTTGGCCCCCCACAAg < 1:185472/150‑1 (MQ=255) aGGCACCCAGTACGATGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGTGCCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATCCACACCCAGCCCGCTGAGGACCTTGGCCCCCCACAAgg < 1:945714/150‑1 (MQ=255) ggCACCCAGTACGATGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGTTGTTTTTTGACAGATACCGCAGCCACCGACATCCACACCCAGCCCGCTGAGGACCTTGGCCCCCCACAAgga < 2:129411/150‑2 (MQ=255) cACCCAGTACGATGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGTGCCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATCCACACCCAGCCCGCTGAGGACCTTGGCCCCCCACAAGGCGa < 2:960612/150‑1 (MQ=255) cACCCAGTACGATGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGTGCCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATCCACACCCAGCCCGCTGAGGACCTTGGCCCCCCACAAGGCGa > 1:1053959/1‑150 (MQ=255) tACGATGCCCAGGTCCCTTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGTGCCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATCCACACCCAGCCCGCTGAGGACCTTGGCCCCCCACAAGGCGAAAGCCGa < 1:491094/150‑1 (MQ=255) gATGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGTGCCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATc < 2:79148/99‑1 (MQ=255) gATGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGTGCCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATc > 1:79148/1‑99 (MQ=255) tGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGAAGACTCAGATTTTAATTTTTGGTATTCCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATCCACACCCAGCCCGCTGAGGACCTTGGCCCCCCACAAGGCGAAAGCCGAGGTaa < 1:285064/150‑1 (MQ=255) ccAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGTGCCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATcc > 1:714724/1‑95 (MQ=255) ccAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGTGCCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATcc < 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< 1:2129415/150‑1 (MQ=255) aTTGGCCGGTGCCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATCCACACCCAGCCCGCTGAGGACCTTGGCCCCCCACAAGGCGAAAGCCGAg > 1:1157871/1‑88 (MQ=255) aTTGGCCGGTGCCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATCCACACCCAGCCCGCTGAGGACCTTGGCCCCCCACAAGGCGAAAGCCGAg < 2:1157871/88‑1 (MQ=255) aTTCGCCGCTCCCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATCCACACCCAGCCCGCTGAGGACCTTGGCCCCCCACAAGGCGAAATCCGAGGTAATGCCCCAAGGCCGCGCCGCCAGCGCCAAGGTCGCGGAGTTCAGCAAGGCCAGGGCGAt < 2:1360468/150‑1 (MQ=255) ttGGCCGGTGCCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATCCACACCCAGCCCGCTGAGGACCTTGGCCCCCCACAAGGCGAAAGCCGAGGTAATGCCCCAAGGCCGCCCCGCCAGCGCCAAGGTCGCGTAGTTCAGCAAGGCCAGGGCGATg > 2:536666/1‑150 (MQ=255) ggCCGGTGCCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATCCACACCCAGCCCGCTGAGGACCTTGGCCCCCCACAAGGCGAAAGCCGAGGTAATGCCCCAAGGCCGCCCCGCCAGCGCCAAGGTCGCGTAGTTCAGCAAGGCCAGGGCGATGgc < 2:442540/150‑1 (MQ=255) ccGGTGCCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATCCACACCCAGCCCGCTGAGGACCTTGGCCCCCCACAAGGCGAAAGCCGAGGTAATGCCCCAAGGCCGCCCCGCCAGCGCCAAGGTCGCGTAGTTCAGCAAGGCCAGGGCGATGgcgc > 1:823033/1‑150 (MQ=255) cctgccAGAACACCCAGCTACCGACATCCACACCCAGCCCGCTGAGGACCTTGGCCCCCCACAAGGCGAAAGCCGAGGTAATGCCCCAAGGCCGCCCCGCCAGCGCCAAGGTCGCGTAGTTCAGCAAGGCCAGGGCGATGGCGCCCcaca < 1:520269/150‑1 (MQ=255) ctgccAGAACACCCAGCTACCGACATCCACACCCAGCCCGCTGAGGACCTTGGCCCCCCACAAGGCGAAAGCCGAGGTAATGCCCCAAGGCCGCCCCGCCAGCGCCAAGGTCGCGTAGTTCAGCAAGGCCAGGGCGATGGCGCCCCACAg > 1:1358721/1‑150 (MQ=255) ctgccAGAACACCCAGCTACCGACATCCACACCCAGCCCGCTGAGGACCTTGGCCCCCCACAAGGCGAAAGCCGAGGTAATGCCCCAAGGCCGCCCCGCCAGCGCCAAGGTCGCGTAGTTCAGCAAGGCCAGGGCGATGGCGCCCCACAg < 2:1992111/150‑1 (MQ=255) ccAGAACACCCAGCTACCGACATCCACACCCAGCCCGCTGAGGACCTTGGCCCCCCACAAGGCGAAAGCCGAGGTAATGCCCCAAGGCCGCCCCGCCAGCGCCAAGGTCGCGTAGTTCAGCAAGGCCAGGGCGATGGCGCCCCACAGCaa > 2:1355146/1‑150 (MQ=255) | AGCGACGGCAGCGGAATCTTCAGGTTTGGCGCAAAGCGCCCGGCCAGGCCCGCCGCCAGCAAGGCACCCAGTACGATGCCCAGGTCCATTACCGTGGTGATGTCCTGCCACAGCGGCGCAGCCAAAGCCTTGGCATTGGCCGGTGCCTGCCAGAACACCCAGCTACCGACATCCACACCCAGCCCGCTGAGGACCTTGGCCCCCCACAAGGCGAAAGCCGAGGTAATGCCCCAAGGCCGCCCCGCCAGCGCCAAGGTCGCGTAGTTCAGCAAGGCCAGGGCGATGGCGCCCCACAGCAA > NC_002947/4099061‑4099359 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |