Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,141,212 | T→A | 7.0% | L44Q (CTG→CAG) | PP_3645 → | L‑proline amide hydrolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 4,141,212 | 0 | T | A | 7.0% | 309.3 / 10.8 | 101 | L44Q (CTG→CAG) | PP_3645 | L‑proline amide hydrolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/43); new base A (5/2); total (54/47) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.47e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 |
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
CTTCAAGGAGCGCCCTCCATGATTCAGCCTGTCGCTGAACGCACACCTGCCGGCACCAGCTATCTGGATGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACG‑ACT‑ACCGCGTCATCGCCTACGACATGCT‑CGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGCTGGAAGGCTATGCCGACCAGCTCGCCGAACTGCTTGACCACCTGCAAATTGCACAAGCCACCGTGATCGGC > NC_002947/4141064‑4141360 | cTTCAAGGAGCGCCCTCCACGTTTCAGCCTGTCGCTGAACGCACACCTGCCGGCACCAGCTATCTGGAGGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGGAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTtggcctg < 2:1582203/150‑1 (MQ=255) ttCAAGGAGCGCCCTCCATGATTCAGCCTGTCGCTGAACGCACACCTGCCGGCACCAGCTATCTGGATGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTtggcctgg > 2:1092918/1‑150 (MQ=255) ttCAAGGAGCGCCCTCCATGATTCAGCCTGTCGCTGAACGCACACCTGCCGGCACCAGCTATCTGGATGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTtggcctgg < 1:564657/150‑1 (MQ=255) 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tCGTTGGCCAGGCCAACG‑ACT‑ACCGCGTCATCGCCTACGACATGCT‑CGGCCACGGGCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGCTGGAAGGCTATGCCGACCAGCTCGCCGAACTGCTTGACCACCTGCAAATTGCACAAGCCACCg > 2:1974734/1‑150 (MQ=255) gTTGGCCAGGCCAACGAACTGACCGCGTCATCGCCTACGACATGCT‑CGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGCTGGaa > 1:2092398/1‑92 (MQ=38) gTTGGCCAGGCCAACGAACTGACCGCGTCATCGCCTACGACATGCT‑CGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGCTGGaa < 2:2092398/92‑1 (MQ=38) gcctggccAACG‑ACT‑ACCGCGTCATCGCCTACGACATGCT‑CTGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGCTGGAAGGCTATGCCGACCAGCTCGCCGAACTGCTTGACCACCTGCAAATTGcac < 2:400900/135‑1 (MQ=255) gcctggccAACG‑ACT‑ACCGCGTCATCGCCTACGACATGCT‑CGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGCTGGAAGGCTATGCCGACCAGCTCGCCGAACTGCTTGACCACCTGCAAATTGCACAAGCCACCGTGATCg < 1:164808/150‑1 (MQ=255) gcctggccAACG‑ACT‑ACCGCGTCATCGCCTACGACATGCT‑CGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGCTGGAAGGCTATGCCGACCAGCTCGCCGAACTGCTTGACCACCTGCAAATTGCACAAGCCACCGTGATCg > 1:2338520/1‑150 (MQ=255) gccgggccAACG‑ACT‑ACCACGTCAGCGCCTACGACATGCT‑CGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCCCCGACACACCGCTGGAAGGCTATGCCGACAAGCTCGCCGAACTGTTTGCACACCTGCAAATTGCACGAGCCACCGTGATCg < 2:1002005/150‑1 (MQ=255) ctggccAACG‑ACT‑ACCGCGTCATCGCCTACGACATGCT‑CGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGCTGGAAGGCTATGCCGACCAGCTCGCCGAACTGCTTGACCACCTGCAAAt < 2:1315522/128‑1 (MQ=255) ctggccAACG‑ACT‑ACCGCGTCATCGCCTACGACATGCT‑CGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGCTGGAAGGCTATGCCGACCAGCTCGCCGAACTGCTTGACCACCTGCAAAt > 1:1315522/1‑128 (MQ=255) ctggccAACG‑ACT‑ACCGCGTCATCGCCTACGACATGCT‑CGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGCTGGAAGGCTATGCCGACCAGCTCGCCGAACTGCTTGACCACCTGCAAATTGCACaa > 1:1787000/1‑135 (MQ=255) ctggccAACG‑ACT‑ACCGCGTCATCGCCTACGACATGCT‑CGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGCTGGAAGGCTATGCCGACCAGCTCGCCGAACTGCTTGACCACCTGCAAATTGCACaa < 2:1787000/135‑1 (MQ=255) ctggccAACG‑ACT‑ACCGCGTCATCGCCTACGACATGCT‑CGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGCTGGAAGGCTATGCCGACCAGCTCGCCGAACTGCTTGACCACCTGCAAATTGCACAAGCCACCGTGATCGGc < 1:1184181/150‑1 (MQ=255) | CTTCAAGGAGCGCCCTCCATGATTCAGCCTGTCGCTGAACGCACACCTGCCGGCACCAGCTATCTGGATGTCGGCCAGGGCCAACCCGTGGTGCTGATCCACGGCGTGGGCCTGAACAAGGAAATGTGGGGCGGTCAGTTCGTTGGCCTGGCCAACG‑ACT‑ACCGCGTCATCGCCTACGACATGCT‑CGGCCACGGTCAAAGCCGCGTACCGGCCGCCGACACACCGCTGGAAGGCTATGCCGACCAGCTCGCCGAACTGCTTGACCACCTGCAAATTGCACAAGCCACCGTGATCGGC > NC_002947/4141064‑4141360 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |