| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,242,836 | A→T | 9.0% | S15S (TCT→TCA) ‡ | PP_3719 ← | putrescine‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,242,836 | 0 | A | T | 9.0% | 304.5 / 17.1 | 100 | S15S (TCT→TCA) ‡ | PP_3719 | putrescine‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/51); new base T (3/6); total (43/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.69e-01 | |||||||||||
TAGCCATCGAAGGTGTCGTAGATGACCTTGATGCCGGTGGCCTTCTCGAAGTCGGCCAGGGTGGTTTCACCGATGTAGTCGGTCCAGTTGTACAACCGTAACGTGTTACCGCTGCCCACCTCTGCCGCCTGGGCAAGGCTGGCGCCAGACGCCAGCAGCAGACCGCCAATCACCTTCAGTACCTTGCGCATGGCAACTCCATCGTGTGAGTGCTCCGGATCGAGCCGATGGGTTCACTATCGGTGGATTCGCCCAGGGGTGACATACCCCGAATGTGTGGGTGG > NC_002947/4242690‑4242973 | tAGCCATCGAAGGTGTCGTAGATGACCTTGATGCCGGTGGCCTTCTCGAAGTCGGCCAGGGTGGTTTCACCGATGTAGTCGGTCCAGTTGTACAACCGTAACGTGTTACCGCTGCCCACCTCTGCCGCCTGGGCAAGGCTGGCGCCAGAc < 2:2171698/150‑1 (MQ=255)tAGCCATCGAAGGTGTCGTAGATGACCTTGATGCCGGTGGCCTTCTCGAAGCCCAGCTGGGCCGCTTCGCCGGTGGAGTCAGTCCAGTTGTACCACAGTCACGTGTTACCGTCGTCCACCTTGGTCGCCTGGGCAAGGCTGGCGCCAGAc < 1:1749530/150‑1 (MQ=255) cccactCGCAGGTGTCGTAGATGACCTTGATGCCGGTGGCCTTCTCGAAGTCGGCCAGGGTGGTTTCACCGATGTAGTCGGTCCAGTTGTACAACCGTAACGTGTTACCGCTGCCCACCTCTGCCGCCTGGGCAAGGCTGGCGCCAGACg < 1:1192233/145‑1 (MQ=255) ccATCGAAGGTGTCGTAGATGACCTTGATGCCGGTGGCCTTCTCGAAGTCGGCCAGGGTGGTTTCACCGATGTAGTCGGTCCAGTTGTACAACCGTAACGTGTTACCGCTGCCCACCTCTGCCGCCTGGGCAAGGCTGGCGCCAGACGcc > 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gCCCACCTCTGCCGCCTGGGCAAGGCTGGCGCCAGACGCCAGCAGCAGACCGCCAATCACCTTCAGTACCTTGCGCATGGCAACTCCATCGTGTGAGTGCTcc < 2:1862095/103‑1 (MQ=255) gCCCACCTCTGCCGCCTGGGCAAGGCTGGCGCCAGACGCCAGCAGCAGACCGCCAATCACCTTCAGTACCTTGCGCATGGCAACTCCATCGTGTGAGTGCTcc > 1:1862095/1‑103 (MQ=255) ccACCTCTGCCGCCTGGGCAAGGCTGGCGCCAGACGCCAGCAGCAGACCGCCAATCACCTTCAGTACCTTGCGCATGGCAACTCCATCGTGTGAGTGCTCCGGATCGAGCCGATGGGTTCACTATCGGTGGATTCGCCCAGGGGTg > 2:1843656/1‑146 (MQ=255) ccACCTCTGCCGCCTGGGCAAGGCTGGCGCCAGACGCCAGCAGCAGACCGCCAATCACCTTCAGTACCTTGCGCATGGCAACTCCATCGTGTGAGTGCTCCGGATCGAGCCGATGGGTTCACTATCGGTGGATTCGCCCAGGGGTg < 1:1843656/146‑1 (MQ=255) gccgccTGGGCAAGGCTGGCGCCAGACGCCAGCAGCAGACCGCCAATCACCTTCAGTACCTTGCGCATGGCAACTCCATCGTGTGAGTGCTCCGGATCGAGCCGATGGGTTCACTATCGGTGGATTCGCCCAGGGGTGACATACCCCGaa < 2:780327/150‑1 (MQ=255) ccgccTGGGCAAGGCTGGCGCCAGACGCCAGCAGCAGACCGCCAATCACCTTCAGTACCTTGCGCATGGCAACTCCATCGTGTGAGTGCTCCGGATCGAGCCGATGGGTTCACTATCGGTGGATTCGCCCGGAAGAGACATACCCCGAAt > 2:2244492/1‑150 (MQ=255) cTGGGCAAGGCTGGCGCCAGACGCCAGCAGCAGACCGCCAATCACCTTCAGTACCTTGCGCATGGCAACTCCATCGTGTGAGTGCTCCGGATCGAGCCGATGGGTTCACTATCGGTGGATTCGCCCAGGGGTGACATACCCCGAAtgtgt < 1:512206/150‑1 (MQ=255) gggCAAGGCTGGCGCCAGACGCCAGCAGCAGACCGCCAATCACCTTCAGTACCTTGCGCATGGCAACTCCATCGTGTGAGTGCTCCGGATCGAGCCGATGGGTTCACTATCGGTGGATTCGCCCAGGGGTGACATACCCCGAATGTgtgg < 2:807350/150‑1 (MQ=255) gggCAAGGCTGGCGCCAGACGCCAGCAGCAGACCGCCAATCACCTTCAGTACCTTGCGCATGGCAACTCCATCGTGTGAGTGCTCCGGATCGAGCCGATGGGTTCACTATCGGTGGATTCGCCCAGGGGTGACATACCCCGAATGTgtgg < 2:1923504/150‑1 (MQ=255) gCAAGGCTGGCGCCAGACGCCAGCAGCAGACCGCCAATCACCTTCAGTACCTTGCGCATGGCAACTCCATCGTGTGAGTGCTCCGGATCGAGCCGATGGGTTCACTATCGGTGGATTCGCCCAGGGGTGACATACCCCGAATGTgtgggt > 1:1479273/1‑150 (MQ=255) gCAAGGCTGGCGCCAGACGCCAGCAGCAGACCGCCAATCACCTTCAGTACCTTGCGCATGGCAACTCCATCGTGTGAGTGCTCCGGATCGAGCCGATGGGTTCACTATCGGTGGATTCGCCCAGGGGTGACATACCCCGAATGTgtgggt > 2:1672162/1‑150 (MQ=255) aaGGCTGGCGCCAGACGCCAGCAGCAGACCGCCAATCACCTTCAGTACCTTGCGCATGGCAACTCCATCGTGTGAGTGCTCCGGATCGAGCCGATGGGTTCACTATCGGTGGATTCGCCCAGGGGTGACATACCCCGAATGTgtgggtgg > 2:1084630/1‑150 (MQ=255) aaGGCTGGCGCCAGACGCCAGCAGCAGACCGCCAATCACCTTCAGTACCTTGCGCATGGCAACTCCATCGTGTGAGTGCTCCGGATCGAGCCGATGGGTTCACTATCGGTGGATTCGCCCAGGGGTGACATACCCCGAATGTgtgggtgg < 1:1672162/150‑1 (MQ=255) tgCTGGCGTCTGGCGCCAGCAGCAGACCGCCAATCACCTTCAGTACCTTGCGCATGGCAACTCCATCGTGTGAGTGCTCCGGATCGAGCCGATGGGTTCACTATCg < 1:1258888/105‑1 (MQ=255) tgCTGGCGTCTGGCGCCAGCAGCAGACCGCCAATCACCTTCAGTACCTTGCGCATGGCAACTCCATCGTGTGAGTGCTCCGGATCGAGCCGATGGGTTCACTATCg > 2:1258888/2‑106 (MQ=255) cAGACGCCAGCAGCAGACCGCCAATCACCTTCAGTACCTTGCGCATGGCAACTCCATCGTGTGAGTGCTCCGGATCGAGCCGATGGGTTCACTATCGGTGGATTCGCCCAGGGGTGACATACCCCGAATGTgtgg > 1:778189/1‑135 (MQ=255) cAGACGCCAGCAGCAGACCGCCAATCACCTTCAGTACCTTGCGCATGGCAACTCCATCGTGTGAGTGCTCCGGATCGAGCCGATGGGTTCACTATCGGTGGATTCGCCCAGGGGTGACATACCCCGAATGTgtgg < 2:778189/135‑1 (MQ=255) | TAGCCATCGAAGGTGTCGTAGATGACCTTGATGCCGGTGGCCTTCTCGAAGTCGGCCAGGGTGGTTTCACCGATGTAGTCGGTCCAGTTGTACAACCGTAACGTGTTACCGCTGCCCACCTCTGCCGCCTGGGCAAGGCTGGCGCCAGACGCCAGCAGCAGACCGCCAATCACCTTCAGTACCTTGCGCATGGCAACTCCATCGTGTGAGTGCTCCGGATCGAGCCGATGGGTTCACTATCGGTGGATTCGCCCAGGGGTGACATACCCCGAATGTGTGGGTGG > NC_002947/4242690‑4242973 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |