Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,242,838 | A→G | 9.4% | S15P (TCT→CCT) ‡ | PP_3719 ← | putrescine‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,242,838 | 0 | A | G | 9.4% | 286.5 / 14.2 | 104 | S15P (TCT→CCT) ‡ | PP_3719 | putrescine‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (41/53); new base G (4/6); total (45/59) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.38e-01 |
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
TAGCCATCGAAGGTGTCGTAGATGACCTTGATGCCGGTGGCCTTCTCGAAGTCGGCCAGGGTGGTTTCACCGATGTAGTCGGTCCAGTTGTACAACCGTAACGTGTTACCGCTGCCCACCTCTGCCGCCTGGGCAAGGCTGGCGCCAGACGCCAGCAGCAGACCGCCAATCACCTTCAGTACCTTGCGCATGGCAACTCCATCGTGTGAGTGCTCCGGATCGAGCCGATGGGTTCACTATCGGTGGATTCGCCCAGGGGTGACATACCCCGAATGTGTGGGTGGTCGTTTTTTGGCA > NC_002947/4242690‑4242986 | tAGCCATCGAAGGTGTCGTAGATGACCTTGATGCCGGTGGCCTTCTCGAAGTCGGCCAGGGTGGTTTCACCGATGTAGTCGGTCCAGTTGTACAACCGTAACGTGTTACCGCTGCCCACCTCTGCCGCCTGGGCAAGGCTGGCGCCAGAc < 2:2171698/150‑1 (MQ=255) tAGCCATCGAAGGTGTCGTAGATGACCTTGATGCCGGTGGCCTTCTCGAAGCCCAGCTGGGCCGCTTCGCCGGTGGAGTCAGTCCAGTTGTACCACAGTCACGTGTTACCGTCGTCCACCTTGGTCGCCTGGGCAAGGCTGGCGCCAGAc < 1:1749530/150‑1 (MQ=255) cccactCGCAGGTGTCGTAGATGACCTTGATGCCGGTGGCCTTCTCGAAGTCGGCCAGGGTGGTTTCACCGATGTAGTCGGTCCAGTTGTACAACCGTAACGTGTTACCGCTGCCCACCTCTGCCGCCTGGGCAAGGCTGGCGCCAGACg < 1:1192233/145‑1 (MQ=255) ccATCGAAGGTGTCGTAGATGACCTTGATGCCGGTGGCCTTCTCGAAGTCGGCCAGGGTGGTTTCACCGATGTAGTCGGTCCAGTTGTACAACCGTAACGTGTTACCGCTGCCCACCTCTGCCGCCTGGGCAAGGCTGGCGCCAGACGcc > 1:246094/1‑150 (MQ=255) cATCGAAGGTGTCGTAGATGACCTTGATGCCGGTGGCCTTCTCGAAGTCGGCCAGGGTGGTTTCACCGATGTAGTCGGTCCAGTTGTACAACCGTAACGTGTTACCGCTGCCCACCTCTGCCGCCTGGGCAAGGCTGGCGCCAGACGCca < 1:256180/150‑1 (MQ=255) aTCGAAGGTGTCGTAGATGACCTTGATGCCGGTGGCCTTCTCGAAGTCGGCCAGGGTGGTTTCACCGATGTAGTCGGTCCAGTTGTACAACCGTAACGTGTTACCGCTGCCCACCTCTGCCGCCTGGGCAAGGCTGGCGCCAGACGCcag < 2:1476848/150‑1 (MQ=255) aTCGAAGGTGTCGTAGATGACCTTGATGCCGGTGGCCTTCTCGAAGTCGGCCAGGGTGGCTTCACCGATGTAGTCGGTCCAGTTGTACAACCGTAACGTGTTACCGCTGCCCACCTCTGCCGCCTGGGCAAGGCTGGCGCCAGACGCcag > 1:1137272/1‑150 (MQ=255) tCGAAGGTGTCGTAGATGACCTTGATGCCGGTGGCCTTCTCGAAGTCGGCCAGGGTGGTTTCACCGATGTAGTCGGTCCAGTTGTACAACCGTAACGTGTTACCGCTGCCCACCTCTGCCGCCTGGGCAAGGCTGGCGCCAGACGCcagc > 2:1527836/1‑150 (MQ=255) 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< 2:615181/98‑1 (MQ=255) ttACCGCTGCCCACCTCTGCCGCCTGGGCAAGGCTGGCGCCAGACGCCAGCAGCAGACCGCCAATCACCTTCAGTACCTTGCGCATGGCAACTCCATc > 1:615181/1‑98 (MQ=255) tACCGCTGCCCACCTCTGCCGCCTGGGCAAGGCTGGCGCCAGACGCCAGCAGCAGACCGCCAATCACCTTCAGTACCTTGCGCATGGCAACTCCATCGTGTGAGTGCTCCGGATCGAGCCGATGGGTTCACTATCGGTGGATTCGCCCAg < 1:1406802/150‑1 (MQ=255) gCCCACCTCTGCCGCCTGGGCAAGGCTGGCGCCAGACGCCAGCAGCAGACCGCCAATCACCTTCAGTACCTTGCGCATGGCAACTCCATCGTGTGAGTGCTcc < 2:1862095/103‑1 (MQ=255) gCCCACCTCTGCCGCCTGGGCAAGGCTGGCGCCAGACGCCAGCAGCAGACCGCCAATCACCTTCAGTACCTTGCGCATGGCAACTCCATCGTGTGAGTGCTcc > 1:1862095/1‑103 (MQ=255) ccACCTCTGCCGCCTGGGCAAGGCTGGCGCCAGACGCCAGCAGCAGACCGCCAATCACCTTCAGTACCTTGCGCATGGCAACTCCATCGTGTGAGTGCTCCGGATCGAGCCGATGGGTTCACTATCGGTGGATTCGCCCAGGGGTg > 2:1843656/1‑146 (MQ=255) ccACCTCTGCCGCCTGGGCAAGGCTGGCGCCAGACGCCAGCAGCAGACCGCCAATCACCTTCAGTACCTTGCGCATGGCAACTCCATCGTGTGAGTGCTCCGGATCGAGCCGATGGGTTCACTATCGGTGGATTCGCCCAGGGGTg < 1:1843656/146‑1 (MQ=255) 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gCAAGGCTGGCGCCAGACGCCAGCAGCAGACCGCCAATCACCTTCAGTACCTTGCGCATGGCAACTCCATCGTGTGAGTGCTCCGGATCGAGCCGATGGGTTCACTATCGGTGGATTCGCCCAGGGGTGACATACCCCGAATGTgtgggt > 2:1672162/1‑150 (MQ=255) gCAAGGCTGGCGCCAGACGCCAGCAGCAGACCGCCAATCACCTTCAGTACCTTGCGCATGGCAACTCCATCGTGTGAGTGCTCCGGATCGAGCCGATGGGTTCACTATCGGTGGATTCGCCCAGGGGTGACATACCCCGAATGTgtgggt > 1:1479273/1‑150 (MQ=255) aaGGCTGGCGCCAGACGCCAGCAGCAGACCGCCAATCACCTTCAGTACCTTGCGCATGGCAACTCCATCGTGTGAGTGCTCCGGATCGAGCCGATGGGTTCACTATCGGTGGATTCGCCCAGGGGTGACATACCCCGAATGTgtgggtgg > 2:1084630/1‑150 (MQ=255) aaGGCTGGCGCCAGACGCCAGCAGCAGACCGCCAATCACCTTCAGTACCTTGCGCATGGCAACTCCATCGTGTGAGTGCTCCGGATCGAGCCGATGGGTTCACTATCGGTGGATTCGCCCAGGGGTGACATACCCCGAATGTgtgggtgg < 1:1672162/150‑1 (MQ=255) tgCTGGCGTCTGGCGCCAGCAGCAGACCGCCAATCACCTTCAGTACCTTGCGCATGGCAACTCCATCGTGTGAGTGCTCCGGATCGAGCCGATGGGTTCACTATCg > 2:1258888/2‑106 (MQ=255) tgCTGGCGTCTGGCGCCAGCAGCAGACCGCCAATCACCTTCAGTACCTTGCGCATGGCAACTCCATCGTGTGAGTGCTCCGGATCGAGCCGATGGGTTCACTATCg < 1:1258888/105‑1 (MQ=255) 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TAGCCATCGAAGGTGTCGTAGATGACCTTGATGCCGGTGGCCTTCTCGAAGTCGGCCAGGGTGGTTTCACCGATGTAGTCGGTCCAGTTGTACAACCGTAACGTGTTACCGCTGCCCACCTCTGCCGCCTGGGCAAGGCTGGCGCCAGACGCCAGCAGCAGACCGCCAATCACCTTCAGTACCTTGCGCATGGCAACTCCATCGTGTGAGTGCTCCGGATCGAGCCGATGGGTTCACTATCGGTGGATTCGCCCAGGGGTGACATACCCCGAATGTGTGGGTGGTCGTTTTTTGGCA > NC_002947/4242690‑4242986 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |