| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,244,402 | G→C | 7.1% | S221R (AGC→AGG) | aruH ← | arginine‑‑pyruvate transaminase AruH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,244,402 | 0 | G | C | 7.1% | 353.4 / 14.5 | 114 | S221R (AGC→AGG) | aruH | arginine‑‑pyruvate transaminase AruH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (54/51); new base C (3/5); total (58/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.00e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
GCCGTAGAGCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTTGTGCGGGCTGT > NC_002947/4244258‑4244550 | gCCGTAGAGCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGcc < 2:1570935/150‑1 (MQ=255) tAGAGCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCCCCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGACCATGCCAGGCGGGCTGCgggag < 2:1133633/150‑3 (MQ=255) tAGAGCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGCGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCgggg < 2:1480911/150‑1 (MQ=255) gagCATGCGAAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGTCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGCCTGCCgggcat < 1:1613557/150‑4 (MQ=255) gagCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCt < 2:1014394/150‑1 (MQ=255) gagCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGCCTGCCgggcat < 2:1841394/150‑4 (MQ=255) gagCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCA‑CCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGCCTGCCgggcatg < 2:2050764/150‑5 (MQ=255) acaGGGCGGGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACATGCt < 2:6321/150‑1 (MQ=255) acaGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGGCAGTGCTGTCGAGCCGGCGACCCACCCCATGCACCAGCGGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTGAAGGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGGCCGGCAGGGTGCGGGGGCT‑GACATggt > 2:1175455/1‑148 (MQ=255) ggCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGcc > 1:1338314/1‑150 (MQ=255) gCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCt < 2:422677/150‑1 (MQ=255) ccAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATAcagc‑a > 2:1685009/1‑150 (MQ=255) tGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCg < 1:1682311/150‑1 (MQ=255) gCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCgggg < 2:2285275/119‑1 (MQ=255) gCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCgggg > 1:2285275/1‑119 (MQ=255) cGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACACACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCt < 2:2071833/150‑1 (MQ=255) ggCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTa < 2:1851347/150‑1 (MQ=255) ggCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTa < 2:1054561/150‑1 (MQ=255) gCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAg > 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cTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGt < 1:1685009/150‑1 (MQ=255) tGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTc < 1:1107310/150‑1 (MQ=255) tCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCag > 2:586528/1‑150 (MQ=255) aGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAgaga > 1:435849/1‑150 (MQ=255) cGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCa > 1:831273/1‑150 (MQ=255) gACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACAt > 2:485828/1‑104 (MQ=255) gACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACAt < 1:485828/104‑1 (MQ=255) gACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAg > 1:66801/1‑150 (MQ=255) accaccCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGc < 2:639588/150‑1 (MQ=255) accaccCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACAGTCGCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGc < 1:658533/150‑1 (MQ=255) cacccaccCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCca < 2:912536/150‑1 (MQ=255) cacccaccCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATATGTACAGGCTGTTCAACGTTGCAATGCGCTCGGCAACAAGC‑CCACGCTGGTACGTATCGGTATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCATAAGAGATGAGCca > 1:1151676/1‑150 (MQ=255) acccacccCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCa > 2:2124004/1‑138 (MQ=255) acccacccCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCa < 1:2124004/138‑1 (MQ=255) cccacccCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACATGCTc > 2:460753/1‑103 (MQ=255) cccacccCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACATGCTc < 1:460753/103‑1 (MQ=255) ccacccCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAg > 1:1571918/1‑150 (MQ=255) 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cGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAg < 2:1589615/150‑1 (MQ=255) cGGCCAGGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCTCTGAAg < 1:466264/150‑1 (MQ=255) ggCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAgg < 1:1651594/150‑1 (MQ=255) ccATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGt > 2:242046/1‑150 (MQ=255) cATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGtt > 2:284875/1‑150 (MQ=255) cATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGtt < 2:1338314/150‑1 (MQ=255) gccccGGCAGCCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAg < 2:1861308/142‑1 (MQ=255) gccccGGCAGCCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAg > 1:1861308/3‑144 (MQ=255) ccccGGCAGCCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGtt < 1:768279/146‑1 (MQ=255) ccccGGCAGCCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGtt > 2:768279/2‑147 (MQ=255) ccccGGCAGCCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTtgtg > 1:799577/2‑150 (MQ=255) ccGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATACagc‑agc > 1:1030195/1‑44 (MQ=255) ccGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATACagc‑agc < 2:1030195/44‑1 (MQ=255) ccGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATgg < 1:1935155/83‑1 (MQ=255) ccGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATgg > 2:1935155/1‑83 (MQ=255) ccGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCGCTGAAGGGTTGTGCg > 2:1683066/1‑150 (MQ=255) cGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTTGTGCgg < 2:1333833/150‑1 (MQ=255) ggCAGGCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTTGTGCggg < 2:2027320/150‑1 (MQ=255) ggCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTTGTGCGGGCTGt > 2:1865752/1‑150 (MQ=255) | GCCGTAGAGCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGCCAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGCCATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCT‑GACATGCTCGCCTTCATACAGC‑AGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTTGTGCGGGCTGT > NC_002947/4244258‑4244550 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |