| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,256,382 | A→T | 6.9% | L190Q (CTG→CAG) | PP_3729 ← | amino acid‑binding protein‑like protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,256,382 | 0 | A | T | 6.9% | 271.0 / 5.8 | 85 | L190Q (CTG→CAG) | PP_3729 | amino acid‑binding protein‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/39); new base T (2/4); total (42/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGCGATCTCGCCCGCCTGGTTCATCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAATTCTGCTGGCTGGACGATACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGCGACGAAGCGGTCGAACTCGGCGCCATAG > NC_002947/4256233‑4256531 | gcgcgATCTCGCCCGCCTGGTTCATCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCa > 2:1928341/1‑150 (MQ=255)gcgcgATCTCGCCCGCCTGGTTCATCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCa > 2:259617/1‑150 (MQ=255)gcgcgATCTCGCCCGCCTGGTTCATCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCa > 2:1700619/1‑150 (MQ=255) cgcgATCTCGCCCGCCTGGTTCATCCGCTCCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTAGCGATACCGCCACCCGCAGTTAGGCCACTCTTAGTTCCTTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAg < 1:1623382/150‑1 (MQ=255) acctcGCCCGCCTGGTTCCTCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGgtgt > 2:1000751/3‑150 (MQ=255) tctcGCCCGCCTGGTTCATCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGtt > 1:895844/1‑150 (MQ=255) gcccgccTGGTTCATCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCACCGGGCTGCTGTTcatc < 1:529766/150‑4 (MQ=255) gcccgccTGGTTCATCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCACCGGGCTGCTGTTcatc < 1:447080/150‑4 (MQ=255) ccgccTGGTTCATCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGa > 1:254356/1‑150 (MQ=255) ccgccTGGTTCATCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGa > 1:2357148/1‑150 (MQ=255) gTTCATCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGAt < 2:1594509/141‑1 (MQ=255) gTTCATCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGAt > 1:1594509/1‑141 (MQ=255) ttCATCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACagcagc > 2:374868/1‑150 (MQ=255) tccAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGGATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTgcgc > 1:396257/3‑150 (MQ=255) cTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTc < 1:1000751/150‑1 (MQ=255) tGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTcc < 2:489419/150‑1 (MQ=255) cgTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGaa < 2:623432/150‑1 (MQ=255) gTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAAt > 1:480106/1‑150 (MQ=255) 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gcgAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAAt < 2:2216455/63‑1 (MQ=255) gcgAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAAt > 1:2216455/1‑63 (MQ=255) gcgAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAATTCTGCTGGCTGGACGATACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGCGACGaa < 2:1244006/150‑1 (MQ=255) cgAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAATTCTGCTGGCTGGACGATACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGCGACGAAg < 1:2018435/150‑1 (MQ=255) gAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAATTCTGCTGGCTGGACGATACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGCGACGAAGc > 2:1557056/1‑150 (MQ=255) tatCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAATTCTGCTGGCTGGACGATACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGCGACGAAGCGGt < 1:2310005/150‑1 (MQ=255) atCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAATTCTGCTGGCTGGACGATACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGCGACGAAGCGGTc < 1:374868/150‑1 (MQ=255) ccTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGCATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAATTCTGCTGGCTGGACGATACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGCGACGAAGCGGTCGa > 1:182763/1‑150 (MQ=255) cTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAATTCTGCTGGCTGGACGATACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGCGACGAAGCGGTCGaa < 2:254356/150‑1 (MQ=255) gcCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAATTCTGCTGGCTGGACGATACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGCGACGAAGCGGTCGAACTCg > 1:1886458/1‑150 (MQ=255) cccGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAATTCTGCTGGCTGGACGATACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGcga < 1:1774903/131‑1 (MQ=255) cccGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAATTCTGCTGGCTGGACGATACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGcga > 2:1774903/1‑131 (MQ=255) cccGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAATTCTGCTGGCTGGACGATACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGCGACGAAGCGGTCGAACTCGgc < 1:216003/150‑1 (MQ=255) ccGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAATTCTGCTGGCTGGACGATACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGCGACGAAGCGGTCGAACTCGgcg > 2:2021103/1‑150 (MQ=255) aGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAATTCTGCTGGCTGGACGATACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGCGACGAAGCGGTCGAACTCGGCGCCATAg < 1:774416/150‑1 (MQ=255) | GCGCGATCTCGCCCGCCTGGTTCATCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAATTCTGCTGGCTGGACGATACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGCGACGAAGCGGTCGAACTCGGCGCCATAG > NC_002947/4256233‑4256531 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |