| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,256,384 | G→C | 6.8% | H189Q (CAC→CAG) | PP_3729 ← | amino acid‑binding protein‑like protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,256,384 | 0 | G | C | 6.8% | 263.5 / 4.9 | 82 | H189Q (CAC→CAG) | PP_3729 | amino acid‑binding protein‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (38/38); new base C (2/4); total (40/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATCTCGCCCGCCTGGTTCATCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAATCACATAGTCGATGCGCCCGCGGATCAGCTTGCCGAAATTCTGCTGGCTGGACGATACCCGCTCGATGTTCTGGTGGCGGGCGACGAAGCGGTCGAACTCGGCGCCATAGCT > NC_002947/4256238‑4256533 | acctcGCCCGCCTGGTTCCTCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGgtgt > 2:1000751/3‑150 (MQ=255) tctcGCCCGCCTGGTTCATCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGtt > 1:895844/1‑150 (MQ=255) gcccgccTGGTTCATCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCACCGGGCTGCTGTTcatc < 1:529766/150‑4 (MQ=255) gcccgccTGGTTCATCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCACCGGGCTGCTGTTcatc < 1:447080/150‑4 (MQ=255) ccgccTGGTTCATCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGa > 1:2357148/1‑150 (MQ=255) ccgccTGGTTCATCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGa > 1:254356/1‑150 (MQ=255) gTTCATCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGAt < 2:1594509/141‑1 (MQ=255) gTTCATCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGAt > 1:1594509/1‑141 (MQ=255) ttCATCCGCTGCAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACagcagc > 2:374868/1‑150 (MQ=255) tccAACTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGGATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTgcgc > 1:396257/3‑150 (MQ=255) cTGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTc < 1:1000751/150‑1 (MQ=255) tGCGCGTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTcc < 2:489419/150‑1 (MQ=255) cgTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGaa < 2:623432/150‑1 (MQ=255) gTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAAt > 1:351543/1‑150 (MQ=255) gTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAAt > 1:480106/1‑150 (MQ=255) gTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAAt > 1:1179443/1‑150 (MQ=255) gTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCCCCGGGCAGGTGTTCGATGAACAGCAGCCCGGTGCGCCGCTCCTGAAt < 2:2357148/150‑1 (MQ=255) gTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCACCGGGCTGCTGTTcatc > 2:1346909/1‑117 (MQ=255) gTCGATTTCAGCCATGTGCTGGCTCAAGGGTGACTGTCGCGATACCGCCACCCGCAGGTAGTCCACGCTCAGTGCCGTGGGCAATGCGCGAATATCCTGCGCACCGGGCTGCTGTTcatc < 1:1346909/120‑4 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |