Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,271,854 | T→C | 9.5% | T206A (ACG→GCG) | PP_3742 ← | glutathione S‑transferase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 4,271,854 | 0 | T | C | 9.5% | 294.0 / 16.0 | 105 | T206A (ACG→GCG) | PP_3742 | glutathione S‑transferase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/47); new base C (5/5); total (53/52) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.79e-01 |
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
AGGTGATGGATGCTTATCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTCGGCGATGGT > NC_002947/4271709‑4272001 | gggTGATGGATGCTTATCTGCTGGCCGAGCACGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTgcgc < 2:1010059/149‑1 (MQ=255) ggTGATGGATGCTTATCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCAACGAGCGGGGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGcgcg < 2:196330/150‑1 (MQ=255) gTGATGGATGCTTATCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCgg > 2:368909/1‑150 (MQ=255) 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ttATCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGCGCACGGCATcctgaccc < 1:389559/150‑8 (MQ=255) tATCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCTCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATa < 2:2247975/150‑1 (MQ=255) ctgctgGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACgg < 1:841944/150‑1 (MQ=255) gCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACgg > 2:1974673/1‑139 (MQ=255) gCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACgg < 1:1974673/139‑1 (MQ=255) 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1:2087348/1‑136 (MQ=255) gcgAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCAACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAac < 2:2087348/136‑1 (MQ=255) cgAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAAc < 2:2338750/150‑1 (MQ=255) aaTGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGCGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGa < 2:1913267/150‑1 (MQ=255) aTGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGAc < 1:480440/150‑1 (MQ=255) tGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCGACGACa < 2:470145/150‑1 (MQ=255) ggTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAgg < 1:278616/150‑1 (MQ=255) gTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGt > 1:70362/1‑150 (MQ=255) gTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGt > 2:2386473/1‑150 (MQ=255) tCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGgt < 1:1332607/111‑1 (MQ=255) tCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGgt > 2:1332607/1‑111 (MQ=255) tCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTc < 1:969041/150‑1 (MQ=255) tCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTc > 2:1960584/1‑150 (MQ=255) agctgATGCCGCGCACGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTc > 2:2275035/5‑150 (MQ=255) ctgATGCCGCGCACGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTcc < 1:1360417/114‑1 (MQ=255) ctgATGCCGCGCACGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTcc > 2:1360417/3‑116 (MQ=255) tgATGCCGCGCACGGCATCAGCTCATACGGGTGTTCGCAAAGCGTGCCTGTCTGTAGGCTGGCTTTCCAGCCCGCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTCGGc > 1:1023533/2‑150 (MQ=255) ggATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGcc < 1:142087/136‑1 (MQ=255) ggATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGcc > 2:142087/1‑136 (MQ=255) gATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTCGGCg > 1:1380562/1‑150 (MQ=255) gCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCTACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGTCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGGCGGCGATg > 1:370562/1‑150 (MQ=255) cGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTCGGCGATGGt > 2:876254/1‑150 (MQ=255) | AGGTGATGGATGCTTATCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTCGGCGATGGT > NC_002947/4271709‑4272001 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |