| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,271,857 | G→A | 9.9% | R205C (CGC→TGC) | PP_3742 ← | glutathione S‑transferase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,271,857 | 0 | G | A | 9.9% | 279.8 / 17.2 | 101 | R205C (CGC→TGC) | PP_3742 | glutathione S‑transferase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (47/44); new base A (5/5); total (52/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.69e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
AGGTGATGGATGCTTATCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTCGGCGATGGTCAAC > NC_002947/4271709‑4272005 | gggTGATGGATGCTTATCTGCTGGCCGAGCACGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTgcgc < 2:1010059/149‑1 (MQ=255) gggatggatgCTGATCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCgg > 2:33749/3‑150 (MQ=255) gTGATGGATGCTTATCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCgg > 2:368909/1‑150 (MQ=255) 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agctgATGCCGCGCACGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTc > 2:2275035/5‑150 (MQ=255) ctgATGCCGCGCACGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTcc < 1:1360417/114‑1 (MQ=255) ctgATGCCGCGCACGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTcc > 2:1360417/3‑116 (MQ=255) tgATGCCGCGCACGGCATCAGCTCATACGGGTGTTCGCAAAGCGTGCCTGTCTGTAGGCTGGCTTTCCAGCCCGCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTCGGc > 1:1023533/2‑150 (MQ=255) ggATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGcc < 1:142087/136‑1 (MQ=255) ggATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGcc > 2:142087/1‑136 (MQ=255) gATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTCGGCg > 1:1380562/1‑150 (MQ=255) gCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCTACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGTCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGGCGGCGATg > 1:370562/1‑150 (MQ=255) cGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTCGGCGATGGt > 2:876254/1‑150 (MQ=255) cgcgGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTCGGCGATGGTCAAc < 2:1380562/150‑1 (MQ=255) | AGGTGATGGATGCTTATCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTCGGCGATGGTCAAC > NC_002947/4271709‑4272005 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |