| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,274,674 | G→T | 7.2% | S196I (AGC→ATC) | glcD → | glycolate oxidase FAD‑linked subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,274,674 | 0 | G | T | 7.2% | 303.1 / 8.2 | 96 | S196I (AGC→ATC) | glcD | glycolate oxidase FAD‑linked subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/48); new base T (2/5); total (43/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 | |||||||||||
ACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCACCGAAGTCACCGTCAAGCTGCTGCCCAAGCCCCAGGTGGCGCGGGTGATACTGGCCAGTTTCGACAGCGTCGAG > NC_002947/4274527‑4274822 | aCCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCg > 1:1659334/1‑150 (MQ=255) tCCTCGCAAATTGCCTGCTCGAGCGGTGGCAACGGCGCCAAAAACGCCCGTACCGTCCTCTGCCTCCAGACCCCCCAGACACTAGACAATGTTCTCCGGGTGGATTTCGCTGTGGTCGATGGGAAACGCCTGTTGCTGGGCAGCGATGcc < 2:276380/150‑1 (MQ=255) tCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCATCGCTGcccag > 1:996760/1‑148 (MQ=255) 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ttACGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCACCGAAGTCACCGTCAAGCTGCTGCCCAAGCCCCAGGTGgcgc > 1:513361/1‑150 (MQ=255) aCGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCACCGAAGTCACCGTCAAGCTGCTGCCCAAGCCCCAGGTGGCGCgg < 2:1422269/150‑1 (MQ=255) aCGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCACCGAAGTCACCGTCAAGCTGCTGCCCAAGCCCCAGGTGGCGCgg < 2:513361/150‑1 (MQ=255) aCGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCACCGAAGTCACCGTCAAGCTGCTGCCCAAGCCCCAGGTGGCGCgg < 2:979251/150‑1 (MQ=255) cGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCACCGAAGTCACCGTCAAGCTGCTGCCCAAGCCCCAGGTGGCGCggg > 2:550435/1‑150 (MQ=255) gTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCACCGAAGTCACCGTCAAGCTGCTGCCCAAGCCCCAGGTGGCGCGGGTg < 1:116524/150‑1 (MQ=255) tCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCACCGAAGTCACCGTCAAGCTGCTGCCCAAGCCCCAGGTGGCGCGGGTGa > 1:91350/1‑150 (MQ=255) gggCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCACCGAAGTCACCGTCAAGCTGCTGCCCAAGCCCCAGGTGGCGCGGGTGATACt < 2:2233289/150‑1 (MQ=255) gAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCa < 1:890839/94‑1 (MQ=255) gAAAGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCa > 2:890839/1‑94 (MQ=255) cGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCACCGAAGTCACCGTCAAGCTGCTGCCCAAGCCCCAGGTGGCGCGGGTGATACTGGCCAGt < 1:822301/150‑1 (MQ=255) cTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCACCGAAGTCACCGTCAAGCTGCTGCCCAAGCCCCAGGTGGCGCGGGTGATAc < 1:1328042/139‑1 (MQ=255) cTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCACCGAAGTCACCGTCAAGCTGCTGCCCAAGCCCCAGGTGGCGCGGGTGATAc > 2:1328042/1‑139 (MQ=255) ccTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAg < 1:1521874/65‑1 (MQ=255) ccTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAg > 2:1521874/1‑65 (MQ=255) cTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCACCGAAGTCGCCGTCAAGCTGCTGCCCAAGCCCCAGGTGGCGCGGGTGATACTGGCCAGTTTCGACAGc > 2:1665262/1‑150 (MQ=255) aGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCACCGAAGTCGCCGTCAAGCTGCTGCCCAAGCCCCAGGTGGCGCGGGTGATACTGGCCAGTTTCGACAGCGTCGAg < 1:1665262/150‑1 (MQ=255) aGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCACCGAAGTCACCGTCAAGCTGCTGCCCAAGCCCCAGGTGGCGCGGGTGATACTGGCCAGTTTCGACAGCGTCGAg < 1:1704679/150‑1 (MQ=255) | ACCCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCACCGAAGTCACCGTCAAGCTGCTGCCCAAGCCCCAGGTGGCGCGGGTGATACTGGCCAGTTTCGACAGCGTCGAG > NC_002947/4274527‑4274822 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |