| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,279,852 | C→A | 9.0% | A336A (GCC→GCA) | PP_3750 → | GntR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,279,852 | 0 | C | A | 9.0% | 204.5 / 6.5 | 66 | A336A (GCC→GCA) | PP_3750 | GntR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/31); new base A (3/3); total (32/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
TACGACTGTGAGTTCCGCTACCACGGGCCAGCCTCGGACGCGCTGCAGCGTCTGGACCGGCATGGGCTGGTCGCCTACGTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAACAAGCACATCCGCCGCTGCCACGAGGTCTACAGCGCACGCCGCGAGC > NC_002947/4279709‑4280000 | tacgactGTGAGTTCCGCTACCACGGGCCAGCCTCGGACGCGCTGCAGCGTCTGGACCGGCATGGGCTGGTCGCCTACGTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTg > 1:287699/1‑150 (MQ=255)tacgactGTGAGTTCCGCTACCACGGGCCAGCCTCGGACGCGCTGCAGCGTCTGGACCGGCATGGGCTGGTCGCCTACGTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTg > 1:1983038/1‑150 (MQ=255)tacgactGTGAGTTCCGCTACCACGGGCCAGCCTCGGACGCGCTGCAGCGTCTGGACCGGCATGGGCTGGTCGCCTACGTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTg > 1:1317159/1‑150 (MQ=255) 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cTACGTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCtt > 2:1026571/1‑150 (MQ=255) cTACGTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCAGTACGGCAGGcgg > 2:298991/1‑81 (MQ=255) cTACGTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCAGTACGGCAGGcgg < 1:298991/83‑3 (MQ=255) tACGTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCa > 1:1309318/1‑77 (MQ=255) tACGTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCa < 2:1309318/77‑1 (MQ=255) gTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCtt < 2:1628565/150‑1 (MQ=255) cGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTgg < 1:133044/150‑1 (MQ=255) 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1:2399222/150‑1 (MQ=255) ccAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCAcc > 2:739935/1‑150 (MQ=255) cAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCt > 2:534907/1‑150 (MQ=255) cAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCATTGGCGAAgagatcgg > 1:404252/1‑143 (MQ=255) cTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAACaa < 2:472592/150‑1 (MQ=255) ttGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGGCCGATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAACAAg > 1:674440/1‑150 (MQ=255) ttGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAACAAg < 1:1026571/150‑1 (MQ=255) tgctgcCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCt > 2:1469189/1‑76 (MQ=255) tgctgcCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCt < 1:1469189/76‑1 (MQ=255) tgctgcCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGTCGAAGGCCACCTGAACAAGc < 2:1294218/150‑1 (MQ=255) cGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCGTCCTTGGCGAAGGCCACCTGCACAAGCACATccg > 2:180539/1‑150 (MQ=255) cTGGGCTATGCCGTATTACGGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAACAAGCACATCCGCCGCTGCCAc < 2:1584895/150‑1 (MQ=255) tGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAACAAGCACATCCGCCGCTGCCACg > 2:855391/1‑150 (MQ=255) gggCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAACAAGCACATCCGCCGCTGCCACGa < 2:2252497/150‑1 (MQ=255) tATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAACAAGCACATCCGCCGCTGCCACGAGGTc > 1:1079832/1‑150 (MQ=255) tGCCGTATTACCGCCTGCCCTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAACAAGCACATCCGCCGCTGCCACGAGGTCTa < 1:534907/150‑1 (MQ=255) ccGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCCTAGCTAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAACAAGCACATCCGCCGCTGCCACGAGGTCTACa < 1:1833435/150‑1 (MQ=255) ccGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAACAAGCACATCCGCCGCTGCCACGAGGTc > 1:1806424/1‑138 (MQ=255) ccGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAACAAGCACATCCGCCGCTGCCACGAGGTc < 2:1806424/138‑1 (MQ=255) ggCCTGCAGTACGGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGaa > 2:371441/2‑98 (MQ=255) ggCCTGCAGTACGGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGaa < 1:371441/97‑1 (MQ=255) ggCCTGCAGTACGGCAGGCCGCTTGCGTGGCAACGGACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAACAAGCACATCCGCCGCTGCCACGAGGTCTACAGCGCAcgcc > 1:2371181/2‑150 (MQ=255) tGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAACAAGCACATCCGCCGCTGCCACGAGGTCTACAGCGCa > 1:1036999/1‑142 (MQ=255) tGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAACAAGCACATCCGCCGCTGCCACGAGGTCTACAGCGCa < 2:1036999/142‑1 (MQ=255) ccGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAACAAGCACATCCGCCGCTGCCACGAGGTCTACAGCGCGCGCCGCGAgc > 1:1306840/1‑150 (MQ=255) | TACGACTGTGAGTTCCGCTACCACGGGCCAGCCTCGGACGCGCTGCAGCGTCTGGACCGGCATGGGCTGGTCGCCTACGTCGGGACCTTCTCCAAGACCTTGCTGCCCGAGCTGCGCCTGGGCTATGCCGTATTACCGCCTGCCGTACTGCAGGCCGCTTGCGTGGCCAAGCACCTTAGCGACTGGCACAGCCCTACCCTGCTGCAGTGGGCGCTGGCGCGCTTCCTTGGCGAAGGCCACCTGAACAAGCACATCCGCCGCTGCCACGAGGTCTACAGCGCACGCCGCGAGC > NC_002947/4279709‑4280000 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |