| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,298,936 | T→A | 5.7% | intergenic (+47/+44) | PP_3770 → / ← PP_3771 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,298,936 | 0 | T | A | 5.7% | 322.8 / 7.3 | 104 | intergenic (+47/+44) | PP_3770/PP_3771 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (52/46); new base A (2/4); total (54/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
ACCTGGTTCGCAACGGCGAAGCCGTGAGCGGCCCGATGCCGACCCGCGCCTCAGCCCAGGCACTGGCCGAACAGTTGCAACCAGGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGC‑TTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGCCGGCCTACGGTCATCACCAGTTCGTTTCGTTCCTTGGCGAGCAGATCA > NC_002947/4298789‑4299085 | tGGTTCGCAACGGCGAAGCCGTGAGCGGCCCGATGCCGACCCGCGCCTCAGCCCAGGCACTGGCCGAACAGTTGCAACCAGGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGc > 2:285640/1‑150 (MQ=255) ggTTCGCAACGGCGAAGCCGTGAGCGGCCCGATGCCGACCCGCGCCTCAGCCCAGGCACTGGCCGAACAGTTGCAACCAGGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAAATTGGCg < 1:1709931/150‑1 (MQ=255) ggTTCGCAACGGCGAAGCCGTGAGCGGCCCGATGCCGACCCGCGCCTCAGCCCAGGCACTGGCCGAACAGTTGCAACCAGGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGCGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCg < 2:370390/150‑1 (MQ=255) 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> 2:310943/1‑150 (MQ=255) gAACAGTTGCAACCAGGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGC‑TTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCtt > 1:167344/1‑150 (MQ=255) aaCAGTTGCAACCAGGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGC‑TTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTgg < 1:447070/132‑1 (MQ=255) aaCAGTTGCAACCAGGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGC‑TTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTgg > 2:447070/1‑132 (MQ=255) aaCAGTTGCAACCAGGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGC‑TTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTa > 2:2016155/1‑150 (MQ=255) aaCAGTTGCAACCAGGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCACACATTTGGCGGGC‑CTATCTGTCTTCGCGGTTGGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTa < 1:2100655/150‑1 (MQ=255) 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ccTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGC‑TTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGc < 1:517536/125‑1 (MQ=255) ccTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGC‑TTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGc > 2:517536/1‑125 (MQ=255) ccTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGC‑TTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGCCGGCCTACGGTCATCACCAGttcgt > 1:1373570/1‑150 (MQ=255) cTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGC‑TTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGCCGGCCTACGGTCATCACCAGttcgtt > 2:1850802/1‑150 (MQ=255) cTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGC‑TTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGCCGGCCTACGGTCATCACCAGttcgtt > 2:2149660/1‑150 (MQ=255) cGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGC‑TTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGCCGGCCTACGGTCATCACCAGttcgtttcg > 1:41345/1‑150 (MQ=255) gCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGC‑TTTTTTTTCTTCGCTGATTTCCCGGGCTTCCCCCCTACGTTTGGCCGCTAATAGCTAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGGAAGCCGCTTGCGGCCATCACCAGgtggcttcgt > 1:1731301/1‑150 (MQ=255) gcccgccAAATTGGCGGGC‑TTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGCCGGCCTACGGTCATCACCAGTTCGTTTCGTTCCTTgg < 2:1449615/148‑1 (MQ=255) gcccgccAAATTGGCGGGC‑TTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGCCGGCCTACGGTCATCACCAGTTCGTTTCGTTCCTTgg > 1:1449615/1‑148 (MQ=255) cccgccAATTTGGCGGGC‑TTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGCCGGCCTACGGTCATCACCAGTTCGTTTCGTTCCTTGGCGa > 1:2032943/1‑150 (MQ=255) cccgccAATTTGGCGGGC‑TTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGCCGGCCTACGGTCATCACCAGTTCGTTTCGTTCCTTGGCGa > 2:2346716/1‑150 (MQ=255) ccgccAATTTGGCGGGC‑TTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTCCATTTGGCCGCTACTGCCCCGGGTACTGGGGAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGCCGGCCTACGGTCATCACCAGTTCGTTTCGTTCCTTGGCGAg > 1:1498549/1‑150 (MQ=255) cgccAATTTGGCGGGC‑TTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGCCGGCCTACGGTCATCACCAGTTCGTTTCGTTCCTTGGCGAGc < 2:182867/150‑1 (MQ=255) aaTTTGGCGGGC‑TTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGCCGGCCTACGGTCATCACCCGTTCGTTGTTTTCCTTGGCGAGCAGAt < 2:1418932/150‑1 (MQ=255) tttGGCGGGC‑TTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCCTGATCTTGCCTTGCAGCCGGCCTACGGTCATCACCAGTTCGTTTCGTTCCTTGGCGAGCAGATCa < 1:736664/150‑1 (MQ=255) | ACCTGGTTCGCAACGGCGAAGCCGTGAGCGGCCCGATGCCGACCCGCGCCTCAGCCCAGGCACTGGCCGAACAGTTGCAACCAGGCACTTTGGTTGCCTGAACCGAATTTGTTGTGCGTTGCTCCCTACGCCCTTGTCGCCCGCCAATTTGGCGGGC‑TTTTTTTTCTTCGCGGATTGCCCGGGCTGCCCCCCTACGTTTGGCCGCTACTGCCCAGCTTACTGGTCAGCACCATGACCTTGCCTTGCAGCCGGCCTACGGTCATCACCAGTTCGTTTCGTTCCTTGGCGAGCAGATCA > NC_002947/4298789‑4299085 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |