| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,327,296 | A→T | 6.9% | N74Y (AAC→TAC) ‡ | PP_3797 → | membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,327,296 | 0 | A | T | 6.9% | 404.8 / 12.4 | 127 | N74Y (AAC→TAC) ‡ | PP_3797 | membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (59/59); new base T (4/5); total (63/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
TGGTTCTTTGTCCTGATCGTCTGTTTCACCGGCATGCTCGCCGTGGTCAGTCAGGAAATCGTCTGGCTCGCCGATCCGGCCGCACGCGCCAACAAGCCAGACGCGGACACCGAGCGCATGAGCTTTCAGCAGGTACTGGAGGCCTTGAACAAGGCCGAGCCGGACATGGTGGTGGAGCGCCTGAGCCAGCCGGATGGTTCGCACTTCGCGGTAAAAGCCAATGTCACCCTGCCTGACGGCACCAGCCCGACGCTGTATGTAAACCCCTACACCGGAACCATTCAGGGCAGGACCCCA > NC_002947/4327149‑4327445 | tGGTTCTTTGTCCTGATCGTCTGTTTCACCGGCATGCTCGCCGTGGTCAGTCAGGAAATCGTCTGGCTCGCCGATCCGGCCGCACGCGCCAACAAGCCAGACGCGGACACCGAGCGCATGAGCTTTCAGCAGGTACTGGAGGCCTTGAAc < 1:2023603/150‑1 (MQ=255) ttCTTTGTCCTGATCGTCTGTTTCACCGGCATGCTCGCCGTGGTCAGTCAGGAAATCGTCTGGCTCGCCGATCCGGCCGCACGCGCCAACAAGCCAGACGCGGACACCGAGCGCATGAGCTTTCAGCAGGTACTGGAGGCCTTGAACAAg > 1:1784271/1‑150 (MQ=255) gTCCTGCTCGTCTGTTTCACCGGCATGCTCGCCGTGGTCAGTCAGGAAATCGTCTGGCTCGCCGATCCGGCCGCACGCGCCAACAAGCCAGACGCGGACACCGAGCGCATGAGCTTTCAGCAGGTACTGGAGGCCTTGAACAAGGCCGAg < 2:1015245/150‑1 (MQ=255) 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gAGGCCTTGAACAAGGCCGAGCCGGACATGGTGGTGGAGCGCCTGAGCCAGCCGGATGGTTCGCACTTCGCGGTaa > 2:199855/1‑76 (MQ=255) gAGGCCTTGAACAAGGCCGAGCCGGACATGGTGGTGGAGCGCCTGAGCCAGCCGGATGGTTCGCACTTCGCGGTaa < 1:199855/76‑1 (MQ=255) cggCCTTGTTCCAGGCCGCGACGGACATGGTGGTGGAGCGCTTGAGCCTGACGGATGGTTCGCACTCCGCGGTAAAAGCCAATGTCACCCTGCCTGACGGCACCAGCCCGACGCTGTATGTAAACCCCTACACCGGAACCATTCAGGGCa < 2:126431/149‑1 (MQ=255) ggCCTTGAACAAGGCCGAGCCGGACATGGTGGTGGAGCGCCTGAGCCAGCCGGATGGTTCGCACTTCGCGGTAAAAGCCAATGTCACCCTGCCTGACGGCACCAGCCCGACGCTGTATGTAAACCCCTACACCGGAACCATTCAGGGCAg < 2:852729/150‑1 (MQ=255) gCCTTGAACAAGGCCGAGCCGGACATGGTGGTGGAGCGCCTGAGCCAGCCGGATGGTTCGCACTTCGCGGTaaaa < 2:1021357/75‑1 (MQ=255) gCCTTGAACAAGGCCGAGCCGGACATGGTGGTGGAGCGCCTGAGCCAGCCGGATGGTTCGCACTTCGCGGTaaaa > 1:1021357/1‑75 (MQ=255) ccTTGAACAAGGCCGAGCCGGACATGGTGGTGGAGCGCCTGAGCCAGCCGGATGGTTCGCACTTCGCGGTAAAAGCCaa > 2:150967/1‑79 (MQ=255) ccTTGAACAAGGCCGAGCCGGACATGGTGGTGGAGCGCCTGAGCCAGCCGGATGGTTCGCACTTCGCGGTAAAAGCCAATGTCACCCTGCCTGACGGCACCAGCCCGACGCTGTATGTAAACCCCTACACCGGAACCATTCAGGGCAGGa > 2:1762583/1‑150 (MQ=255) ttGAACAAGGCCGAGCCGGACATGGTGGTGGAGCGCCTGAGCCAGCCGGATGGTTCGCACTTCGCGGTAAAAGCCACTGGCACCCGGCCTGACGGCACCAGCCCGACGCTGTATGTAAACCCCTACACCGGAACCATTCAGGGCAGGAcc > 1:2096761/1‑150 (MQ=255) ttGAACAAGGCCGAGCCGGACATGGTGGTGGAGCGCCTGAGCCAGCCGGATGGTTCGCACTTCGCGGTAAAAGCCAATGTCACCCTGCCTGACGGCACCa > 2:1801606/1‑100 (MQ=255) tGAACAAGGCCGAGCCGGACATGGTGGTGGAGCTCCTGAGCCAGCCGGATGGTTCGCACTTCGCGGTAAAAGCCAATGTCACCCTGCCTGACGGCACCAGCCCGACGCTGTATGTAAACCCCTACACCGGAACCATTCAGGGCAGGAccc > 2:917121/1‑150 (MQ=255) gAACAAGGCCGAGCCGGACATGGTGGTGGAGCGCCTGAGCCAGCCGGATGGTTCGCACTTCGCGGTAAAAGCCAATGTCACCCTGCCTGACGGCACCAGCCCGACGCTGTATGTAAACCCCTACACCGGAACCATTCAGGGCAg > 1:2333504/1‑144 (MQ=255) aaCAAGGCCGAGCCGGACATGGTGGTGGAGCGCCTGAGCCAACCGGATGGTTCGCACTTCGCGGTAAAAGCCAATGTCACCCTGCCTGACGGCACCAGCCCGACGCTGTATGTAAACCCCTACACCGGAACCATTCAGGGCAGGACCCCa > 1:1625118/1‑150 (MQ=255) | TGGTTCTTTGTCCTGATCGTCTGTTTCACCGGCATGCTCGCCGTGGTCAGTCAGGAAATCGTCTGGCTCGCCGATCCGGCCGCACGCGCCAACAAGCCAGACGCGGACACCGAGCGCATGAGCTTTCAGCAGGTACTGGAGGCCTTGAACAAGGCCGAGCCGGACATGGTGGTGGAGCGCCTGAGCCAGCCGGATGGTTCGCACTTCGCGGTAAAAGCCAATGTCACCCTGCCTGACGGCACCAGCCCGACGCTGTATGTAAACCCCTACACCGGAACCATTCAGGGCAGGACCCCA > NC_002947/4327149‑4327445 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |