Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,327,297 | A→T | 7.1% | N74I (AAC→ATC) ‡ | PP_3797 → | membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 4,327,297 | 0 | A | T | 7.1% | 404.1 / 14.4 | 127 | N74I (AAC→ATC) ‡ | PP_3797 | membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (59/59); new base T (4/5); total (63/64) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 |
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
TGGTTCTTTGTCCTGATCGTCTGTTTCACCGGCATGCTCGCCGTGGTCAGTCAGGAAATCGTCTGGCTCGCCGATCCGGCCGCACGCGCCAACAAGCCAGACGCGGACACCGAGCGCATGAGCTTTCAGCAGGTACTGGAGGCCTTGAACAAGGCCGAGCCGGACATGGTGGTGGAGCGCCTGAGCCAGCCGGATGGTTCGCACTTCGCGGTAAAAGCCAATGTCACCCTGCCTGACGGCACCAGCCCGACGCTGTATGTAAACCCCTACACCGGAACCATTCAGGGCAGGACCCCA > NC_002947/4327149‑4327445 | tGGTTCTTTGTCCTGATCGTCTGTTTCACCGGCATGCTCGCCGTGGTCAGTCAGGAAATCGTCTGGCTCGCCGATCCGGCCGCACGCGCCAACAAGCCAGACGCGGACACCGAGCGCATGAGCTTTCAGCAGGTACTGGAGGCCTTGAAc < 1:2023603/150‑1 (MQ=255) ttCTTTGTCCTGATCGTCTGTTTCACCGGCATGCTCGCCGTGGTCAGTCAGGAAATCGTCTGGCTCGCCGATCCGGCCGCACGCGCCAACAAGCCAGACGCGGACACCGAGCGCATGAGCTTTCAGCAGGTACTGGAGGCCTTGAACAAg > 1:1784271/1‑150 (MQ=255) gTCCTGCTCGTCTGTTTCACCGGCATGCTCGCCGTGGTCAGTCAGGAAATCGTCTGGCTCGCCGATCCGGCCGCACGCGCCAACAAGCCAGACGCGGACACCGAGCGCATGAGCTTTCAGCAGGTACTGGAGGCCTTGAACAAGGCCGAg < 2:1015245/150‑1 (MQ=255) tCCTGATCGTCTGTTTCACCGGCATGCTCGCCGTGGTCAGTCAGGAAATCGTCTGGCTCGCCGATCCGGCCGCATGCGGCAACAAGCCAGACGCGGACACCGAGCGCATGAGCTTTCAGCAGGTACTGGAGGCCTTGTTCAAGGcctcca < 2:573936/150‑5 (MQ=255) tCCTGATCGTCTGTTTCACCGGCATGCTCGCCGTGGTCAGTCAGGAAATCGTCTGGCTCGCCGATCCGGCCGCACGCGCCAACAAGCCAGACGCGGACACCGAGCGCATGAGCTTTCAGCAGGTACTGGAGGCCTTGTTCAAGGcctcc > 1:1432909/1‑146 (MQ=255) tCCTGATCGTCTGTTTCACCGGCATGCTCGCCGTGGTCAGTCAGGAAATCGTCTGGCTCGCCGATCCGGCCGCACGCGCCAACAAGCCAGACGCGGACACCGAGCGCATGAGCTTTCAGCAGGTACTGGAGGCCTTGTTCAAGGcctcc < 2:1432909/149‑4 (MQ=255) cTGATCGTCTGTTTCACCGGCATGCTCGCCGTGGTCAGTCAGGAAATCGTCTGGCTCGCCGATCCGGCCGCACGCGCCAACAAGCCAGACGCGGACACCGAGCGCATGAGCTTTCAGCAGGTACTGGAGGCCTTGTTCAAGGcctcca > 1:5310/1‑144 (MQ=255) cTGATCGTCTGTTTCACCGGCATGCTCGCCGTGGTCAGTCAGGAAATCGTCTGGCTCGCCGATCCGGCCGCACGCGCCAACAAGCCAGACGCGGACACCGAGCGCATGAGCTTTCAGCAGGTACTGGAGGCCTTGTTCAAGGcctcca < 2:5310/148‑5 (MQ=255) 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tACTGGAGGCCTTGAACAAGGCCGAGCCGGACATGGTGGTGGAGCGCCTGAGCCAGCCGGATGGTTCGCACTTCGCGGTAAAAGCCAATGTCACCCTGCCTGACGGCACCAGCCCGACGCTGTATGTAAACCCCTACACCGGAACCATTc < 1:1723157/150‑1 (MQ=255) aCTGGAGGCCTTGAACAAGGCCGAGCCGGACATGGTGGTGGAGCGCCTGAGCCAGCCGGATGGTTCGCACTTCGCGGTAAAAGCCAATGTCACCCTGCCTGACGGCACCAGCCCGACGCTGTATGTAAACCCCTACACCGGAACCATTCa < 1:925453/150‑1 (MQ=255) aCTGGAGGCCTTGAACAAGGCCGAGCCGGACATGGTGGTGGAGCGCCTGAGCCAGCCGGATGGTTCGCACTTCGCGGTAAAAGCCAATGTCACCCTGCCTGACGGCACCAGCCCGACGCTGTATGTAAACCCCTACACCGGAACCATTCa < 2:2022948/150‑1 (MQ=255) gctcggCCTTGAACAAGGCCGAGCCGGACATGGTGGTGGAGCGCCTGAGCCAGCCGGATGGTTCGCACTTCGCGGTAAAAGCCAAt > 1:1553992/5‑86 (MQ=255) ggAGGCCTTGAACAAGGCCGAGCCGGACATGGTGGTGGAGCGCCTGAGCCAGCCGGATGGTTCGCACTTCGCGGTAAAAGCCAATGTCACCCTGCCTGACGGCACCAGCCCGACGCTGTATGTAAACCCCTACACCGGAACCATTCAggg < 2:1590994/150‑1 (MQ=255) ctcggCCTTGTTCAAGGCCGAGCCGGACAAGGTGGTGGAGCGCCTGAGCCAGCCGGATGGTTCGCACTTCGCGGTAAAAGCCAATGTCACCGTGCCTGACGGCACCAGCTGGCATCTGTATGTAAACCCCTACACCGGAACCATTCAggg > 1:126431/4‑150 (MQ=255) gAGGCCTTGAACAAGGCCGAGCCGGACATGGTGGTGGAGCGCCTGAGCCAGCCGGATGGTTCGCACTTCGCGGTaa > 2:199855/1‑76 (MQ=255) gAGGCCTTGAACAAGGCCGAGCCGGACATGGTGGTGGAGCGCCTGAGCCAGCCGGATGGTTCGCACTTCGCGGTaa < 1:199855/76‑1 (MQ=255) cggCCTTGTTCCAGGCCGCGACGGACATGGTGGTGGAGCGCTTGAGCCTGACGGATGGTTCGCACTCCGCGGTAAAAGCCAATGTCACCCTGCCTGACGGCACCAGCCCGACGCTGTATGTAAACCCCTACACCGGAACCATTCAGGGCa < 2:126431/149‑1 (MQ=255) ggCCTTGAACAAGGCCGAGCCGGACATGGTGGTGGAGCGCCTGAGCCAGCCGGATGGTTCGCACTTCGCGGTAAAAGCCAATGTCACCCTGCCTGACGGCACCAGCCCGACGCTGTATGTAAACCCCTACACCGGAACCATTCAGGGCAg < 2:852729/150‑1 (MQ=255) gCCTTGAACAAGGCCGAGCCGGACATGGTGGTGGAGCGCCTGAGCCAGCCGGATGGTTCGCACTTCGCGGTaaaa < 2:1021357/75‑1 (MQ=255) gCCTTGAACAAGGCCGAGCCGGACATGGTGGTGGAGCGCCTGAGCCAGCCGGATGGTTCGCACTTCGCGGTaaaa > 1:1021357/1‑75 (MQ=255) ccTTGAACAAGGCCGAGCCGGACATGGTGGTGGAGCGCCTGAGCCAGCCGGATGGTTCGCACTTCGCGGTAAAAGCCaa > 2:150967/1‑79 (MQ=255) ccTTGAACAAGGCCGAGCCGGACATGGTGGTGGAGCGCCTGAGCCAGCCGGATGGTTCGCACTTCGCGGTAAAAGCCAATGTCACCCTGCCTGACGGCACCAGCCCGACGCTGTATGTAAACCCCTACACCGGAACCATTCAGGGCAGGa > 2:1762583/1‑150 (MQ=255) ttGAACAAGGCCGAGCCGGACATGGTGGTGGAGCGCCTGAGCCAGCCGGATGGTTCGCACTTCGCGGTAAAAGCCACTGGCACCCGGCCTGACGGCACCAGCCCGACGCTGTATGTAAACCCCTACACCGGAACCATTCAGGGCAGGAcc > 1:2096761/1‑150 (MQ=255) ttGAACAAGGCCGAGCCGGACATGGTGGTGGAGCGCCTGAGCCAGCCGGATGGTTCGCACTTCGCGGTAAAAGCCAATGTCACCCTGCCTGACGGCACCa > 2:1801606/1‑100 (MQ=255) tGAACAAGGCCGAGCCGGACATGGTGGTGGAGCTCCTGAGCCAGCCGGATGGTTCGCACTTCGCGGTAAAAGCCAATGTCACCCTGCCTGACGGCACCAGCCCGACGCTGTATGTAAACCCCTACACCGGAACCATTCAGGGCAGGAccc > 2:917121/1‑150 (MQ=255) gAACAAGGCCGAGCCGGACATGGTGGTGGAGCGCCTGAGCCAGCCGGATGGTTCGCACTTCGCGGTAAAAGCCAATGTCACCCTGCCTGACGGCACCAGCCCGACGCTGTATGTAAACCCCTACACCGGAACCATTCAGGGCAg > 1:2333504/1‑144 (MQ=255) aaCAAGGCCGAGCCGGACATGGTGGTGGAGCGCCTGAGCCAACCGGATGGTTCGCACTTCGCGGTAAAAGCCAATGTCACCCTGCCTGACGGCACCAGCCCGACGCTGTATGTAAACCCCTACACCGGAACCATTCAGGGCAGGACCCCa > 1:1625118/1‑150 (MQ=255) | TGGTTCTTTGTCCTGATCGTCTGTTTCACCGGCATGCTCGCCGTGGTCAGTCAGGAAATCGTCTGGCTCGCCGATCCGGCCGCACGCGCCAACAAGCCAGACGCGGACACCGAGCGCATGAGCTTTCAGCAGGTACTGGAGGCCTTGAACAAGGCCGAGCCGGACATGGTGGTGGAGCGCCTGAGCCAGCCGGATGGTTCGCACTTCGCGGTAAAAGCCAATGTCACCCTGCCTGACGGCACCAGCCCGACGCTGTATGTAAACCCCTACACCGGAACCATTCAGGGCAGGACCCCA > NC_002947/4327149‑4327445 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |