| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,402,074 | A→C | 6.4% | L375R (CTG→CGG) ‡ | PP_3881 ← | terminase large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,402,074 | 0 | A | C | 6.4% | 278.1 / 9.4 | 93 | L375R (CTG→CGG) ‡ | PP_3881 | terminase large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (44/43); new base C (3/3); total (47/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.56e-01 | |||||||||||
TCCACGCCGCGTAAGGCACCTTGTCGCGGGCTTCGCGCTTGTCGAGCTCGTGGTCGGGTATCCAGAAATACGGCAACAGCCGCCAGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTCCAGACATCCCAGGAGATCCACGGCGACTCAGCACCAGTCCATTCGCAGAAGTTGAGGCGCCGCACCATGGCTTCCTTG > NC_002947/4401925‑4402220 | tCCACGCCGCGTAAGGCACCTTGTCGCGGGCTTCGCGCTTGTCGAGCTCGTGGTCGGGTATCCAGAAATACGGCAACAGCCGCCAGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACa > 1:1522315/1‑150 (MQ=255)tCCACGCCGCGTAAGGCACCTTGTCGCGGGCTTCGCGCTTGTCGAGCTCGTGGTCGGGTATCCAGAAATACGGCAACAGCCGCCAGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACa > 2:1995433/1‑150 (MQ=255) ccACGCCGCGTAAGGCACCTTGTCGCGGGCTTCGCGCTTGTCGAGCTCGTGGTCGGGTATCCAGAAATACGGCAACAGCCGCCAGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAg < 1:1452746/150‑1 (MQ=255) ccACGCCGCGTAAGGCACCTTGTCGCGGGCTTCGCGCTTGTCGAGCTCGTGGTCGGGTATCCAGAAATACGGCAACAGCCGCCAGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAg < 2:1308424/150‑1 (MQ=255) aCGCCGCGTAAGGCACCTTGTCGCGGGCTTCGCGCTTGTCGAGCTCGTGGTCGGGTATCCAGAAATACGGCAACAGCCGCCAGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGt > 1:640256/1‑150 (MQ=255) cgcgTAAGGCACCTTGTCGCGGGCTTCGCGCTTGTCGAGCTCGTGGTCGGGTATCCAGAAATACGGCAACAGCCGCCAGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAg < 2:1853988/150‑1 (MQ=255) gcgTAAGGCACCTTGTCGCGGGCTTCGCGCTTGTCGAGCTCGTGGTCGGGTATCCAGAAATACGGCAACAGCCGCCAGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGt < 1:2107710/150‑1 (MQ=255) gTATGGCACTTTGTCGCGGGCTTCGCGCTTGTCGAGCTCGGGGTCGGGTATCCAGAAATACGGCAACAGCCGCCAGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTcc < 1:973272/150‑1 (MQ=255) 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tCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTCCAGACATCCCAGGAGATCCACGGCGAc > 1:930974/1‑150 (MQ=255) tCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTCCAGACATCCCAGGAGATCCACGGCGAc > 1:1481223/1‑150 (MQ=255) gTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTCCAGACATCCCAGGAGATCCACGGCGACTCAGCa < 1:1589499/150‑1 (MQ=255) gggTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTAcgcg > 1:888847/1‑98 (MQ=255) gggTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTAcgcg < 2:888847/98‑1 (MQ=255) gTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTCCAGACATCCCAGGAGATCCACGGCGACTCAGCACCAGt > 1:1710925/1‑150 (MQ=255) 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gTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTCCAGACATCCCAGGAGATCCACGGCGACTCAGCACCAGTCCATTc > 2:2065558/1‑129 (MQ=255) gTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCACCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTCCAGACATCCCAGGAGATCCACGGCGa > 1:1340561/1‑111 (MQ=255) gTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCACCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTCCAGACATCCCAGGAGATCCACGGCGa < 2:1340561/111‑1 (MQ=255) gtcgtACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTCCAGACATCCCAGGAGATCCACGGCGACTCAGCACCAGTCCATTCGCAGAAGTTGAGGCGCCGCACCATg > 1:984838/1‑150 (MQ=255) tcgtACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTCCAGACATCCCAGGAGATCCACGGCGACTCAGCACCAGTCCATTCGCAGAAGTTGAGGCGCCGCACCATgg > 1:881607/1‑150 (MQ=255) cggaCTGGACCTGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTc < 2:439022/76‑1 (MQ=255) cggaCTGGACCTGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTc > 1:439022/4‑79 (MQ=255) tACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTCCAGACATCCCAGGAGATCCACGGCGACTCAGCACCAGTCCATTCGCAGAAGTTGAGGCGCCGCACCATGGCtt > 2:795131/1‑150 (MQ=255) ggACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTCCAGACATCCCAGGAGATCCACGGCGACTCAGCACCAGTCCATTCGCAGAAGTTGAGGCGCCGCACCATGGCTTCCtt > 1:1491440/1‑150 (MQ=255) gACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTCCAGACATCCCAGGAGATCCACGGCGACTCAGCACCAGTCCATTCGCAGAAGTTGAGGCGCCGCACCATGGCTTCCTTg > 1:338408/1‑150 (MQ=255) gACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTCCAGACATCCCAGGAGATCCACGGCGACTCAGCACCAGTCCATTCGCAGAAGTTGAGGCGCCGCACCATGGCTTCCTTg > 2:1573130/1‑150 (MQ=255) | TCCACGCCGCGTAAGGCACCTTGTCGCGGGCTTCGCGCTTGTCGAGCTCGTGGTCGGGTATCCAGAAATACGGCAACAGCCGCCAGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTCCAGACATCCCAGGAGATCCACGGCGACTCAGCACCAGTCCATTCGCAGAAGTTGAGGCGCCGCACCATGGCTTCCTTG > NC_002947/4401925‑4402220 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |