| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,402,075 | G→T | 6.9% | L375M (CTG→ATG) ‡ | PP_3881 ← | terminase large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,402,075 | 0 | G | T | 6.9% | 277.2 / 7.9 | 87 | L375M (CTG→ATG) ‡ | PP_3881 | terminase large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (42/39); new base T (3/3); total (45/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.06e-01 | |||||||||||
CCACGCCGCGTAAGGCACCTTGTCGCGGGCTTCGCGCTTGTCGAGCTCGTGGTCGGGTATCCAGAAATACGGCAACAGCCGCCAGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTCCAGACATCCCAGGAGATCCACGGCGACTCAGCACCAGTCCATTCGCAGAAGTTGAGGCGCCGCACCATGGCTTCCTTG > NC_002947/4401926‑4402220 | ccACGCCGCGTAAGGCACCTTGTCGCGGGCTTCGCGCTTGTCGAGCTCGTGGTCGGGTATCCAGAAATACGGCAACAGCCGCCAGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAg < 1:1452746/150‑1 (MQ=255)ccACGCCGCGTAAGGCACCTTGTCGCGGGCTTCGCGCTTGTCGAGCTCGTGGTCGGGTATCCAGAAATACGGCAACAGCCGCCAGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAg < 2:1308424/150‑1 (MQ=255) aCGCCGCGTAAGGCACCTTGTCGCGGGCTTCGCGCTTGTCGAGCTCGTGGTCGGGTATCCAGAAATACGGCAACAGCCGCCAGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGt > 1:640256/1‑150 (MQ=255) cgcgTAAGGCACCTTGTCGCGGGCTTCGCGCTTGTCGAGCTCGTGGTCGGGTATCCAGAAATACGGCAACAGCCGCCAGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAg < 2:1853988/150‑1 (MQ=255) gcgTAAGGCACCTTGTCGCGGGCTTCGCGCTTGTCGAGCTCGTGGTCGGGTATCCAGAAATACGGCAACAGCCGCCAGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGt < 1:2107710/150‑1 (MQ=255) gTATGGCACTTTGTCGCGGGCTTCGCGCTTGTCGAGCTCGGGGTCGGGTATCCAGAAATACGGCAACAGCCGCCAGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTcc < 1:973272/150‑1 (MQ=255) cTTGTCGCGGGCTTCGCGCTTGTCGAGCTCGTGGTCGGGTATCCAGAAATACGGCAACAGCCGCCAGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCg < 2:1699050/142‑1 (MQ=255) cTTGTCGCGGGCTTCGCGCTTGTCGAGCTCGTGGTCGGGTATCCAGAAATACGGCAACAGCCGCCAGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCg > 1:1699050/1‑142 (MQ=255) ttGTCGCGGGCTTCGCGCTTGTCGAGCTCGTGGTCGGGTATCCAGAAATACGGCAACAGCCGCCAGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTg > 2:2259712/1‑150 (MQ=255) ttGTCGCGGGCTTCGCGCTTGTCGAGCTCGTGGTCGGGTATCCAGAAATACGGCAACAGCCGCCAGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTg > 2:537735/1‑150 (MQ=255) ttGTCGCGGGCGTCGCGCTCGTCGAGCTCGTGGTCGGGTACCCAGAAATACGGCAACAGCCGCCAGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTg < 1:752768/150‑1 (MQ=255) tGTCGCGGGCTTCGCGCTTGTCGAGCTCGTGGTCGGGTATCCAGAAATACGGCAACAGCCGCCAGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTgg < 1:537735/150‑1 (MQ=255) tCGCGGGCTTCGCGCTTGTCGAGCTCGTGGTCGGGTATCCAGAAATACGGCAACAGCCGCCAGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGa < 2:2022660/150‑1 (MQ=255) gggCTTCGCGCTTGTCGAGCTCGTGGTCGGGTATCCAGAAATACGGCAACAGCCGCCAGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGAt < 2:1522315/150‑1 (MQ=255) ggCTTCGCGCTTGTCGAGCTCGTGGTCGGGTATCCAGAAATACGGCAACAGCCGCCAGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGAtt < 2:1896422/150‑1 (MQ=255) gcTTGTCGAGCTCGTGGTCGGGTATCCAGAAATACGGCAACAGCCGCCAGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACa > 2:1946429/1‑150 (MQ=255) ttGTCGAGCTCGTGGTCGGGTATCCAGAAATACGGCAACAGCCGCCAGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGc < 2:366360/150‑1 (MQ=255) gTCGAGCTCGTGGTCGGGTATCCAGAAATACGGCAACAGCCGCCAGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGa > 1:355983/1‑150 (MQ=255) 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2:1589499/1‑150 (MQ=255) cAGCCGCCAGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTCCAGACATc > 2:493776/1‑150 (MQ=255) aGCCGCCAGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTCCAGACATcc > 2:2007056/1‑150 (MQ=255) ccgccAGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTCCAGACATCCCa > 2:1502633/1‑150 (MQ=255) gccAGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTCCAGACATCCCAgg > 2:417344/1‑150 (MQ=255) ccAGTGCGGATCCTCGCATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGCTGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCACCGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGAGTCGTTCAGCCTGGCTCCAGACATCCCAGga < 2:1483717/150‑1 (MQ=255) cAGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCt < 2:765450/130‑1 (MQ=255) cAGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCt > 1:765450/1‑130 (MQ=255) aGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTCCAGACATCCCAGgaga < 1:973856/150‑1 (MQ=255) aGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTCCAGACATCCCAGgaga < 2:640256/150‑1 (MQ=255) aGTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTCCAGACATCCCAGgaga < 1:391774/150‑1 (MQ=255) gTGCGGATCCTCGTATGTCGGGTAGAACAGCAGGACAAATGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAg < 2:211182/66‑1 (MQ=255) 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aaaTGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTCCAGACATCCCAGGAGATCCACGGCGACTCAGCACCAGTCCATTCGCAGAAGtt > 2:255959/1‑150 (MQ=255) aaTGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTCCAGACATCCCAGGAGATCCACGGCGACTCAGCACCAGt < 2:2019223/134‑1 (MQ=255) aaTGATGTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTCCAGACATCCCAGGAGATCCACGGCGACTCAGCACCAGt > 1:2019223/1‑134 (MQ=255) atgatgTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTCCAGACATCCCAGGAGATCCACGGCGACTCAGCACCAGTCCATTCGCAGAAGTTGa < 1:1502633/150‑1 (MQ=255) atgatgTCAGGTACGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTACACACAGCTCATGAGATCCACGGCGACTCAGCACCAGTCCATTCGCAGAAGTTGa < 2:2142656/150‑1 (MQ=255) tgatgTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTCCAGACATCCCAGGAGATCCACGGCGACTCAGCACCAGTCCATTCGCAGAAGTTGAg > 2:1446146/1‑150 (MQ=255) gatgTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTCCAGACATCCCAGGAGATCCACGGCGACTCAGCACCAGTCCATTCGCAGAAGTTGAgg < 1:960689/150‑1 (MQ=255) gatgTCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTCCAGACATCCCAGGAGATCCACGGCGACTCAGCACCAGTCCATTCGCAGAAGTTGAgg < 2:270128/150‑1 (MQ=255) tCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTCCAGACATCCCAGGAGATCCACGGCGACTCAGCACCAGTCCATTCGCAGAAGTTGAGGcgcc > 2:2274300/1‑150 (MQ=255) tCAGGTCCGTCGTACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGAAGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTCCAGACATCCCAGGAGATACACGGCGACTCAGCACGAGTCCATTCGCAGAAGTTGAGGggcc > 1:1154086/1‑150 (MQ=255) gTCCGTCGTACTGGACAGGTCCCGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCa < 1:61543/76‑1 (MQ=255) 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gtcgtACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTCCAGACATCCCAGGAGATCCACGGCGACTCAGCACCAGTCCATTCGCAGAAGTTGAGGCGCCGCACCATg > 1:984838/1‑150 (MQ=255) tcgtACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTCCAGACATCCCAGGAGATCCACGGCGACTCAGCACCAGTCCATTCGCAGAAGTTGAGGCGCCGCACCATgg > 1:881607/1‑150 (MQ=255) cggaCTGGACCTGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTc < 2:439022/76‑1 (MQ=255) cggaCTGGACCTGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTc > 1:439022/4‑79 (MQ=255) tACTGGACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTCCAGACATCCCAGGAGATCCACGGCGACTCAGCACCAGTCCATTCGCAGAAGTTGAGGCGCCGCACCATGGCtt > 2:795131/1‑150 (MQ=255) ggACAGGTCCAGTCCGCCAACGCTGGGACGATTGCGCAACAGCGACATCGGTACGCGTTCTTCAGCCTGGCTCCAGACATCCCAGGAGATCCACGGCGACTCAGCACCAGTCCATTCGCAGAAGTTGAGGCGCCGCACCATGGCTTCCtt > 1:1491440/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |