Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,490,333 | C→A | 8.0% | Q525H (CAG→CAT) ‡ | PP_3982 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 4,490,333 | 0 | C | A | 8.0% | 276.8 / 10.1 | 87 | Q525H (CAG→CAT) ‡ | PP_3982 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/41); new base A (3/4); total (42/45) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.18e-01 |
CTTCGCAACAAGGCCAAAAACTCGGCATAAGCCGCCTGGATTCGCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGATCTCGTTCAGCGACTAGGGTCTGCCTATGTGCAAGACTCTGCTGAGTGATGACATCTTCTTGCTCCAATGAACCAGCCCAATCCACCGC > NC_002947/4490184‑4490482 | cTTCGCAACAAGGCCAAAAACTCGGCATAAGCCGCCTGGATTCGCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCAcc > 2:1292052/1‑150 (MQ=255) ttCGCAACAAGGCCAAAAACTCGGCATAAGCCGCCTGGATTCGCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCAccc < 2:420569/150‑2 (MQ=255) ttCGCAACAAGGCCAAAAACTCGGCATAAGCCGCCTGGATTCGCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCt > 1:560611/1‑150 (MQ=255) caaGGCCAAAAACTCGGCATAAGCCGCCTGGATTCGCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGtgcttg > 2:61412/1‑150 (MQ=255) aaGGCCAAAAACTCGGCATAAGCCGCCTGGATTCGCCCCGCAGCGGCAATCAGGTCGCGATCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACAGGtgcttgt < 2:1770255/150‑2 (MQ=255) aaGGCCAAAAACTCGGCATAAGCCGCCTGGATTCGCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGtgcttgc > 2:1924216/1‑150 (MQ=255) aaGGCCAAAAACTCGGCATAAGCCGCCTGGATTCGCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACAGGtgcttgt < 2:1273553/150‑2 (MQ=255) aaaaaCTCGGCATAAGCCGCCTGGATTCGCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGcctc < 1:743204/150‑1 (MQ=255) aaaaaCTCGGCATAAGCCGCCTGGATTCGCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGcctc < 1:1544115/150‑1 (MQ=255) ccgccTGGATTCGCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTg > 2:1163985/1‑150 (MQ=255) ccgccTGGATTCGCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTg > 1:2042875/1‑150 (MQ=255) ggATTCGCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGCACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTGGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTg > 1:2340056/1‑150 (MQ=255) tgcGCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTa > 1:1985950/3‑150 (MQ=255) tCGCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTAt < 1:1924216/150‑1 (MQ=255) cGCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTAtt < 2:2042875/150‑1 (MQ=255) gCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGtgcttgct < 2:2128654/117‑1 (MQ=255) gCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGtgcttgct > 1:2128654/1‑117 (MQ=255) gCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGtgcttg < 2:1075694/115‑1 (MQ=255) gCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGtgcttg > 1:1075694/1‑115 (MQ=255) 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tCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAgc < 1:2290527/149‑1 (MQ=255) ggCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGtt > 1:358196/1‑150 (MQ=255) aTCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGtgcttg > 1:1223491/1‑101 (MQ=255) aTCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGtgcttg < 2:1223491/101‑1 (MQ=255) aTCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGa < 1:2042479/150‑1 (MQ=255) aGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGa < 1:1292052/150‑1 (MQ=255) aGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGa < 2:1452723/150‑1 (MQ=255) gTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGAc > 2:546779/1‑146 (MQ=255) gTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGAc < 1:546779/146‑1 (MQ=255) gcgcTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGAt > 1:2402251/1‑146 (MQ=255) gcgcTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGAt < 2:2402251/146‑1 (MQ=255) ctctACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGATCTCGTTc < 1:1516745/150‑1 (MQ=255) tACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGa > 2:311630/1‑124 (MQ=255) tACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGa < 1:311630/124‑1 (MQ=255) tACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGAtctc > 1:690056/1‑143 (MQ=255) tACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGAtctc < 2:690056/143‑1 (MQ=255) tACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGATCTCGTTCAGc > 1:554034/1‑150 (MQ=255) 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tCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGATCTCGTTCAGCGACTAGGGTCTGCCTATGTGCAAGACTCTGCTGAGTGATGACATCTTCTTGCTCCAATGAACCAGcc < 2:973227/150‑1 (MQ=255) gACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGc < 1:2377589/42‑1 (MQ=255) gACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGc > 2:2377589/1‑42 (MQ=255) agcAAGCACAGGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGATCTCGTTCAGCGACTAGGGTCTGCCTATGTGCAAGACTCTGCTGAGTGATGACATcttctt > 2:1429067/3‑131 (MQ=255) agcAAGCACAGGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGATCTCGTTCAGCGACTAGGGTCTGCCTATGTGCAAGACTCTGCTGAGTGATGACATcttctt < 1:1429067/129‑1 (MQ=255) agcAAGCACAGGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGATCTCGTTCAGCGACTAGGGTCTGCCTATGTGCAAGACTCTGCTGAGTGATGACATCTTCTTGCTCCAATGaa < 1:2244172/140‑1 (MQ=255) agcAAGCACAGGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGATCTCGTTCAGCGACTAGGGTCTGCCTATGTGCAAGACTCTGCTGAGTGATGACATCTTCTTGCTCCAATGaa > 2:2244172/3‑142 (MQ=255) gcAAGCACAGGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGATCTCGTTCAGCGACTAGGGTCTGCCTATGTGCAAGACTCTGCTGAGTGATGACATCTTCTTGCTCCAATGAACCAGCCCaa > 2:2164063/2‑150 (MQ=255) aCAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGATCTCGTTCAGCGACTAGGGTCTGCCTATGTGCAAGACTCTGCTGAGTGATGACATCTTCTTGCTCCAATGAACCAGCCCaa > 2:1426994/1‑150 (MQ=255) aCAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGATCTCGTTCAGCGACTAGGGTCTGCCTATGTGCAAGACTCTGCTGAGTGATGACATCTTCTTGCTCCAATGAACCAGCCCaa > 2:108000/1‑150 (MQ=255) cACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGATCTCGTTCAGCGACTAGGGTCTGCCTATGTGCAAGACTCTGCTGAGTGATGACATCTTCTTGCTCCAATGAACCAGCCCAATCCAc < 1:1404525/150‑1 (MQ=255) cTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGATCTCGTTCAGCGACTAgg < 2:2223006/79‑1 (MQ=255) cTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGATCTCGTTCAGCGACTAGGGTCTGCCTATGTGCAAGACTCTGCTGAGTGATGACATCTTCTTGCTCCAATGAACCAGCCCAATCCACCGc > 1:890798/1‑150 (MQ=255) cTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGATCTCGTTCAGCGACTAGGGTCTGCCTATGTGCAAGACTCTGCTGAGTGATGACATCTTCTTGCTCCAATGAACCAGCCCAATCCACCGc > 1:1838111/1‑150 (MQ=255) cTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGATCTCGTTCAGCGACTAGGGTCTGCCTATGTGCAAGACTCTGCTGAGTGATGACATCTTCTTGCTCCAATGAACCAGCCCAATCCACCGc < 2:1838111/150‑1 (MQ=255) cTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGATCTCGTTCAGCGAATAgg > 1:2223006/1‑79 (MQ=255) | CTTCGCAACAAGGCCAAAAACTCGGCATAAGCCGCCTGGATTCGCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGATCTCGTTCAGCGACTAGGGTCTGCCTATGTGCAAGACTCTGCTGAGTGATGACATCTTCTTGCTCCAATGAACCAGCCCAATCCACCGC > NC_002947/4490184‑4490482 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |