| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,490,334 | T→G | 7.7% | Q525P (CAG→CCG) ‡ | PP_3982 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,490,334 | 0 | T | G | 7.7% | 261.9 / 12.9 | 91 | Q525P (CAG→CCG) ‡ | PP_3982 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/43); new base G (3/4); total (44/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.16e-01 | |||||||||||
TTCGCAACAAGGCCAAAAACTCGGCATAAGCCGCCTGGATTCGCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGATCTCGTTCAGCGACTAGGGTCTGCCTATGTGCAAGACTCTGCTGAGTGATGACATCTTCTTGCTCCAATGAACCAGCCCAATCCACCGC > NC_002947/4490185‑4490482 | ttCGCAACAAGGCCAAAAACTCGGCATAAGCCGCCTGGATTCGCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCt > 1:560611/1‑150 (MQ=255) caaGGCCAAAAACTCGGCATAAGCCGCCTGGATTCGCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGtgcttg > 2:61412/1‑150 (MQ=255) aaGGCCAAAAACTCGGCATAAGCCGCCTGGATTCGCCCCGCAGCGGCAATCAGGTCGCGATCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACAGGtgcttgt < 2:1770255/150‑2 (MQ=255) aaGGCCAAAAACTCGGCATAAGCCGCCTGGATTCGCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGtgcttgc > 2:1924216/1‑150 (MQ=255) aaGGCCAAAAACTCGGCATAAGCCGCCTGGATTCGCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACAGGtgcttgt < 2:1273553/150‑2 (MQ=255) aaaaaCTCGGCATAAGCCGCCTGGATTCGCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGcctc < 1:1544115/150‑1 (MQ=255) aaaaaCTCGGCATAAGCCGCCTGGATTCGCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGcctc < 1:743204/150‑1 (MQ=255) ccgccTGGATTCGCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTg > 1:2042875/1‑150 (MQ=255) ccgccTGGATTCGCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTg > 2:1163985/1‑150 (MQ=255) ggATTCGCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGCACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTGGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTg > 1:2340056/1‑150 (MQ=255) tgcGCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTa > 1:1985950/3‑150 (MQ=255) tCGCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTAt < 1:1924216/150‑1 (MQ=255) cGCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTAtt < 2:2042875/150‑1 (MQ=255) gCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGtgcttgct > 1:2128654/1‑117 (MQ=255) gCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGtgcttgct < 2:2128654/117‑1 (MQ=255) gCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGtgcttg < 2:1075694/115‑1 (MQ=255) gCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGtgcttg > 1:1075694/1‑115 (MQ=255) gCACCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGAGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTc < 2:2401004/150‑1 (MQ=255) aCCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTg > 1:807309/1‑142 (MQ=255) aCCTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTg < 2:807309/142‑1 (MQ=255) cTCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCAATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTCGCCACATGCTCTGCCAGTGCTATTCAAgc > 2:141584/1‑150 (MQ=255) tCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAgc > 2:2290527/1‑149 (MQ=255) tCAGCGGCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAgc < 1:2290527/149‑1 (MQ=255) ggCAATCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGtt > 1:358196/1‑150 (MQ=255) aTCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGtgcttg > 1:1223491/1‑101 (MQ=255) aTCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGtgcttg < 2:1223491/101‑1 (MQ=255) aTCAGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGa < 1:2042479/150‑1 (MQ=255) aGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGa < 1:1292052/150‑1 (MQ=255) aGGTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGa < 2:1452723/150‑1 (MQ=255) gTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGAc > 2:546779/1‑146 (MQ=255) gTCGCGCTCTACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGAc < 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1:690056/1‑143 (MQ=255) tACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGAtctc < 2:690056/143‑1 (MQ=255) tACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGATCTCGTTCAGc > 1:554034/1‑150 (MQ=255) tACAGCAGCCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGATCTCGTTCAGc < 1:476036/150‑1 (MQ=255) agcagcCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCGTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCACTGCTATTCGAGCGCTGCTCCGACGATCTCGTTCAGCGAc > 1:735328/1‑150 (MQ=255) gcagcCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGAc < 2:1235838/133‑1 (MQ=255) gcagcCGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGAc > 1:1235838/1‑133 (MQ=255) ccGCTGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGATCTCGTTCAGCGACTAggg < 2:554034/150‑1 (MQ=255) tGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGtgctt > 1:1785685/1‑74 (MQ=255) tGCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGtgctt < 2:1785685/74‑1 (MQ=255) gCGATCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGATCTCGTTCAGCGACTAGGGTCTGc < 2:829529/150‑1 (MQ=255) tCAGCACAGCGTTCTGCACCTCGAACTCACCAATGCGTTGTCTTGCAGCGTCGACAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGATCTCGTTCAGCGACTAGGGTCTGCCTAt > 2:1091494/1‑150 (MQ=255) 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aCAAGCACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGATCTCGTTCAGCGACTAGGGTCTGCCTATGTGCAAGACTCTGCTGAGTGATGACATCTTCTTGCTCCAATGAACCAGCCCaa > 2:108000/1‑150 (MQ=255) cACCTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGATCTCGTTCAGCGACTAGGGTCTGCCTATGTGCAAGACTCTGCTGAGTGATGACATCTTCTTGCTCCAATGAACCAGCCCAATCCAc < 1:1404525/150‑1 (MQ=255) cTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGATCTCGTTCAGCGACTAgg < 2:2223006/79‑1 (MQ=255) cTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGATCTCGTTCAGCGACTAGGGTCTGCCTATGTGCAAGACTCTGCTGAGTGATGACATCTTCTTGCTCCAATGAACCAGCCCAATCCACCGc > 1:1838111/1‑150 (MQ=255) cTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGATCTCGTTCAGCGACTAGGGTCTGCCTATGTGCAAGACTCTGCTGAGTGATGACATCTTCTTGCTCCAATGAACCAGCCCAATCCACCGc > 1:890798/1‑150 (MQ=255) cTGTGCTTGCTGCCTCCTGGCCGCATGCTCTGCCAGTGCTATTCGAGCGCTGTTCAGACGATCTCGTTCAGCGACTAGGGTCTGCCTATGTGCAAGACTCTGCTGAGTGATGACATCTTCTTGCTCCAATGAACCAGCCCAATCCACCGc < 2:1838111/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |