| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,557,078 | A→C | 5.9% | L148R (CTG→CGG) | gntZ ← | 6‑phosphogluconate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,557,078 | 0 | A | C | 5.9% | 254.4 / 3.8 | 86 | L148R (CTG→CGG) | gntZ | 6‑phosphogluconate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/43); new base C (4/2); total (41/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGTACTCGATGCCGTTATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTC‑GCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTG > NC_002947/4556929‑4557227 | cttcctctATGCCGTTATGCACCATTTTCACGTAGTTCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGCGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACa < 2:981746/146‑1 (MQ=255) gTACTCGATGCCGTTATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAg < 2:324963/150‑1 (MQ=255) gTACTCGATGCCGTTATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCGGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAg < 2:330232/150‑1 (MQ=255) tCGATGCCGTTATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGt > 1:1805777/1‑150 (MQ=255) gATGCCGTTATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTc < 2:2285273/150‑1 (MQ=255) gATGCCGTTATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGATc > 1:69969/1‑150 (MQ=255) tGCCGTTATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGGACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTCCCa > 1:2331378/1‑150 (MQ=255) gCCGTTATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAg < 2:363788/150‑1 (MQ=255) 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aGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTC‑GCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAg > 1:269673/1‑77 (MQ=255) aGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTC‑GCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGgcgc > 2:426698/1‑150 (MQ=255) gcgcCTGGAACCGCTGTTCAAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTC‑GCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGt < 2:1810485/72‑1 (MQ=25) gcgcCTGGAACCGCTGTTCAAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTC‑GCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGt > 1:1810485/1‑72 (MQ=25) gcCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTC‑GCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGaa > 2:250424/1‑93 (MQ=255) gcCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTC‑GCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGaa < 1:250424/93‑1 (MQ=255) ccTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTC‑GCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGAt > 2:339949/1‑108 (MQ=255) ccTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTC‑GCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGAt < 1:339949/108‑1 (MQ=255) ttGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTC‑GCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATgtcg > 1:1565410/1‑150 (MQ=255) ttGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTC‑GCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATgtcg < 2:921433/150‑1 (MQ=255) aaCAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTC‑GCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTcc < 1:1608851/150‑1 (MQ=255) aCAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTc‑gcc > 1:1122475/1‑37 (MQ=255) aCAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTc‑gcc < 2:1122475/37‑1 (MQ=255) aGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTC‑GCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGTTGATTCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCttc < 1:441538/150‑2 (MQ=255) aGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTC‑GCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTg < 2:543239/150‑1 (MQ=255) aGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTC‑GCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTg > 2:1212420/1‑150 (MQ=255) | CGTACTCGATGCCGTTATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTC‑GCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTG > NC_002947/4556929‑4557227 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |