Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,607,466 | G→T | 5.9% | A31A (GCG→GCT) | PP_4079 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,607,466 | 0 | G | T | 5.9% | 326.2 / 5.3 | 102 | A31A (GCG→GCT) | PP_4079 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (45/51); new base T (3/3); total (48/54) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.59e-01 |
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
TTCGTCGATGACCACGATGGCCAAATCAGTCCCGTTGTCCGCTTCCGGGGGCGGTCATGAGCCGCCTGGCCGTCTGGATTGCGCCTCTGCTGGTCGTGCTGGTCGGACTGCCAGGTTGCACGTCCTTGAGCAGAGCCACCAAGGTGGCGCTGGACCACTCGTTACCAATCGGGCCGCCCAAGGACAACCCAACCCAAGTCGCGTTCAGCATCAACGTCAGCCCAACGCTCAACAGCAACCCGAACAGTGTCGACGTGGCGGCCATCCCTGAGAGCATCCTGGAACCCAGCCCCT > NC_002947/4607318‑4607611 | gtataTGACCACTATGGCCAAAGCTGTCCCGTTGGCCGCTTCCGGGGGCGGTCATGAGCCGCCTGGCCGTCTGGATTGCGCCTCTGCTGGTCGTGCTGGTCGGACTGCCAGGTTGCACGTCCTTGAGCAGAGCCACCAAGGTGGCGCTgg < 1:2313691/146‑1 (MQ=255) tcgATGACCACGATGGCCAAATCAGTCCCGTTGTCCGCTTCCGGGGGCGGTCATGAGCCGCCTGGCCGTCTGGATTGCGCCTCTGCTGGTCGTGCTGGTCGGACTGCCAGGTTGCACGTCCTTGAGCAGAGCCACCAAGGTGGCGCTGGa > 2:1304487/1‑150 (MQ=255) tcgATGACCACGATGGCCAAATCAGTCCCGTTGTCCGCTTCCGGGGGCGGTCATGAGCCGCCTGGCCGTCTGGATTGCGCCTCTGCTGGTCGTGCTGGTCGGACGGCCGGGTTGCACGTCTGTTAGCAGAGCCACCAAGGTGGCGCTGGa > 2:1600222/1‑150 (MQ=255) cgATGACCACGATGGCCAAATCAGTCCCGTTGTCCGCTTCCGGGGGCGGTCATGAGCCGCCTGGCCGTCTGGATTGCGCCTCTGCTGGTCGTGCTGGTCGGACTGCCAGGTTGCACGTCCTTGAGCAGAGCCACCAAGGTGGCGCTGGAc < 1:1986991/150‑1 (MQ=255) cgATGACCACGATGGCCAAATCAGTCCCGTTGTCCGCTTCCGGGGGCGGTCATGAGCCGCCTGGCCGTCTGGATTGCGCCTCTGCTGGTCGTGCTGGTCGGACTGCCAGGTTGCACGTCCTAGAGCAGCGCCACCTTGGTGGCTCTgctc < 1:1052482/150‑4 (MQ=255) gATGACCACGATGGCCAAATCAGTCCCGTTGTCCGCTTCCGGGGGCGGTCATGAGCCGCCTGACCGTCTGGATTTCGCCTCTGCTGGTCGTGCTGGTCGGACTGCCAGGTTGCACGTCCTTGAGCAGAGCCACCAAGGTGGCGCTGGAcc > 2:1081220/1‑150 (MQ=255) gACCACGATGGCCAAATCAGTCCCGTTGTCCGCTTCCGGGGGCGGTCATGAGCCGCCTGGCCGTCTGGATTGCGCCTCTGCTGGTCGTGCTGGTCGGACTGCCAGGTTGCACGTCCTTGAGCAGAGCCACCAAGGTGGCGCTGGACCACt < 1:1304487/150‑1 (MQ=255) aCCACGATGGCCAAATCAGTCCCGTTGTCCGCTTCCGGGGGCGGTCATGAGCCGCCTGGCCGTCTGGATTGCGCCTCTGCTGGTCGTGCTGGTCGGACTGCCAGGTTGCACGTCCTTGAGCAGAGCCACCAAGGTGGCGCTGGACCACTc < 1:356053/150‑1 (MQ=255) ccACGATGGCCAAATCAGTCCCGTTGTCCGCTTCCGGGGGCGGTCATGAGCCGCCTGGCCGTCTGGATTGCGCCTCTGCTGGTCGTGCTGGTCGGACTGCCAGGTTGCACGTCCTCGAGCAGAGCCACCAAGGTGgcgc < 2:221157/139‑1 (MQ=255) ccACGATGGCCAAATCAGTCCCGTTGTCCGCTTCCGGGGGCGGTCATGAGCCGCCTGGCCGTCTGGATTGCGCCTCTGCTGGTCGTGCTGGTCGGACTGCCAGGTTGCACGTCCTCGAGCAGAGCCACCAAGGTGgcgc > 1:221157/1‑139 (MQ=255) cACGATGGCCAAATCAGTCCCGTTGTCCGCTTCCGGGGGCGGTCATGAGCCGCCTGGCCGTCTGGATTGCGCCTCTGCTGGTCGTGCTGGTCGGACTGCCAGGTTGCACGTCCTTGAGCAGCGCCACCTTGGTGGCTCTgctcaa > 1:630184/1‑140 (MQ=255) cACGATGGCCAAATCAGTCCCGTTGTCCGCTTCCGGGGGCGGTCATGAGCCGCCTGGCCGTCTGGATTGCGCCTCTGCTGGTCGTGCTGGTCGGACTGCCAGGTTGCACGTCCTTGAGCAGCGCCACCTTGGTGGCTCTgctcaa < 2:630184/145‑6 (MQ=255) cACGATGGCCAAATCAGTCCCGTTGTCCGCTTCCGGGGGCGGTCATGAGCCGCCTGGCCGTCTGGATTGCGCCTCTGCTGGTCGTGCTGGTCGGACTGCCAGGTTGCACGTCCTTGAGCAGAGCCACCAAGGTGGCGCTGGACCACt > 2:1530955/1‑147 (MQ=255) cACGATGGCCAAATCAGTCCCGTTGTCCGCTTCCGGGGGCGGTCATGAGCCGCCTGGCCGTCTGGATTGCGCCTCTGCTGGTCGTGCTGGTCGGACTGCCAGGTTGCACGTCCTTGAGCAGAGCCACCAAGGTGGCGCTGGACCACt < 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aaTCAGTCCCGTTGTCCGCTTCCGGGGGCGGTCATGAGCCGCCTGGCCGTCTGGATTGCGCCTCTGCTGGTCGTGCTGGTCGGACTGCCAGGTTGCACGTCCTTGAGCAGAGCCACCAAGGTGGCGCTGGACCACTCGTTACCAATCggg > 2:607685/1‑150 (MQ=255) gTCCCGTTGTCCGCTTCCGGGGGCGGTCATGAGCCGCCTGTCCGTCTGGATTGCGCCTCTGCTGGTCGTGCTGGTCGGACTGCCAGGTTGCACGTCATTGAGCAGAACCACCAAGGTGGCGCTGGACCACTCGTTACCAATCGGgccgcc > 1:2298711/1‑150 (MQ=255) tCCCGTTGTCCGCTTCCGGGGGCGGTCATGAGCCGCCTGGCCGTCTGGATTGCGCCTCTGCTGGTCGTGCTGGTCGGACTGCCAGGTTGCACGTCCTTGAGCAGAGCCACCAAGGTGGCGCt < 2:1245833/122‑1 (MQ=255) tCCCGTTGTCCGCTTCCGGGGGCGGTCATGAGCCGCCTGGCCGTCTGGATTGCGCCTCTGCTGGTCGTGCTGGTCGGACTGCCAGGTTGCACGTCCTTGAGCAGAGCCACCAAGGTGGCGCt > 1:1245833/1‑122 (MQ=255) tCCCGTTGTCCGCTTCCGGGGGCGGTCATGAGCCGCCTGGCCGTCTGGATTGCGCCTCTGCTGGTCGTGCTGGTCGGACTGCCAGGTTGCACGTCCTTGAGCAGAGCCACCAAGGTGGCGCTGGACCACTCGTTACCAATCGGGCCGccc > 1:2204442/1‑150 (MQ=255) tGTCCGCTTCCGGGGGCGGTCATGAGCCGCCTGGCCGTCTGGATTGCGCCTCTGCTGGTCGTGCTGGTCGGACTGCCAGGTTGCACGTCCTTGAGCAGAGCCACCAAGGTGGCGCTGGACCACTCGTTACCAATCGGGCCGCCCAAGGAc < 1:101868/150‑1 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ggggCGGTCATGAGCCGCCTGGCCGTCTGGATTGCGCCTCTGCTGGTCGTGCTGGTCGGACTGCCAGGTTGCACGTCCTTGAGCAGAGCCACCAAGGTGGCGCTGGACCACTCGTTACCAATCGGGCCGCCCAAGGACAAcccaacccaa < 1:205197/150‑1 (MQ=255) cGGTCATGAGCCGCCTGGCCGTCTGGATTGCGCCTCTGCTGGTCGTGCTGGTCGGACTGCCAGGTTGCACGTCCTTGAGCAGAGCCACCAAGGTGGCGCTGGACCACTCGTTACCAATCGGGCCGCCCAAGGACAACCCAACCCAAGTcg < 2:2315339/150‑1 (MQ=255) gTCATGAGCCGCCTGGCCGTCTGGATTGCGCCTCTGCTGGTCGTGCTGGTCGGACTGCCAGGTTGCACGTCCTTGAGCAGAGCCACCAAGGTGGCGCTGGACCACTCGTTACCAATCGGGCCGCCCAAGGACAACCCAACCCAAGTcgcg > 2:362236/1‑150 (MQ=255) tCATGAGCCGCCTGGCGTTCTGGATTGCGCCTCTGCTGGTCGTGGTGGTCGGACTGCCAGGTTGCACGTCCTTGAGCAGAGCCACCAAGGTGGCGCTGGACCACTCGTTACCAATCGGGCCGCCCAAGGACAACCCAACCCAAGTCGCGt > 1:1891464/1‑150 (MQ=255) tCATGAGCCGCCTGGCCGTCTGGATTGCGCAACTGTTGGGCGTGCTGGTCGGACTGCCAGGTTGCACGTCCTTGAGCAGAGCCACCAAGGTGGCGCTGGACCACTCGTTACCAATCGGGCCGCCCAAGGACAACCCAACCCAAGTCGCGt < 2:1397471/150‑1 (MQ=255) 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ccTGGCCGTCTGGATTGCGCCTCTGCTGGTCGTGCTGGTCGGACTGCCAGGTTGCACGTCCTTGAGCAGAGCCACCAAGGTGGCGCTGGACCACTCGTTACCAATCGGGCCGCCCAAGGACAACCCAACCCAAGTCGCGTTCAGCATCaa < 2:1448676/150‑1 (MQ=255) cTGGCCGTCTGGATTGCGCCTCTGCTGGTCGTGCTGGTCGGACTGCCAGGTTGCACGTCCTTGAGCAGAGCCACCAAGGTGGCGCTGGACCACTCGTTACCAATCGGGCCGCCCAAGGACAACCCAACCCAAGTCGCGTTCAGCATCAAc < 2:1994647/150‑1 (MQ=255) tCTGGATTGCGCCTCTGCTGGTCGTGCTGGTCGGACTGCCAGGTTGCACGTCCTTGAGCAGAGCCACCAAGGTGGCGCTGGACCACTCGTTACCAATCGGGCCGCCCAAGGa < 1:1308709/112‑1 (MQ=255) tCTGGATTGCGCCTCTGCTGGTCGTGCTGGTCGGACTGCCAGGTTGCACGTCCTTGAGCAGAGCCACCAAGGTGGCGCTGGACCACTCGTTACCAATCGGGCCGCCCAAGGa > 2:1308709/1‑112 (MQ=255) tCTGGATTGCGCCTCTGCTGGTCGTGCTGGTCGGACTGCCAGGTTGCACGTCCTTGAGCAGAGCCACCAAGGTGGCGCTGGACCACTCGTTACCAATCGGGCCGCCCAAGGAc > 1:1115454/1‑113 (MQ=255) tGGATTGCGCCTCTGCTGGTCGTGCTGGTCGGACTGCCAGGTTGCACGTCCTTGAGCAGAGCCACCAAGGTGGCGCTGGACCACTCGTTACCAAt < 2:1634516/95‑1 (MQ=255) tGGATTGCGCCTCTGCTGGTCGTGCTGGTCGGACTGCCAGGTTGCACGTCCTTGAGCAGAGCCACCAAGGTGGCGCTGGACCACTCGTTACCAAt > 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aGCATAGCCACCAAGGTGGCGCTGGACCACTCGTTACCAATCGGGCCGCCCAAGGACAACCCAACCCAAGTCGCGTTCAGCATCAACGTCAGCCCAACGCTCAACAGCAACCCGAACAGTGTCGACGTGGCGGCCATCCCTGAGAGCATc < 1:275056/150‑1 (MQ=255) cAGCGCCACCTTGGTGGCGCTGGACCACTCGTTACCAATCGGGCCGCCCAAGGACAACCCAACCCAAGTCGCGTTCAGCATCAACGTCAGCCCAACGCTCAACAGCAACCCGAACAGTGTCGACGTGGCGGCCATCCCTGAGAGCATCCt > 1:1987625/1‑150 (MQ=255) caccaAGGTGGCGCTGGACCACTCGTTACCAATCGGGCCGCCCAAGGACAACCCAACCCAAGTCGCGTTCAGCATCAACGTCAGCCCAACGCTCAACAGCAACCCGAACAGTGTCGACGTGGCGGCCATCCCTGAGAGCATCCTGGAccc > 2:806549/1‑150 (MQ=255) accttggTGGCGCTGGACCACTCGTTACCAATCGGGCCGCCCAAGGACAACCCAACCCAAGTCGCGTTCAGCATCAACGTCAGCCCAACGCTCAACAGCAACCCGAACAGTGTCGACGTGGCGGCCATCCCTGAGAGCATCCTGGAAccc < 1:198465/145‑1 (MQ=255) accaAGGTGGCGCTGGACCACTCGTTACCAATCGGGCCGCCCAAGGACAACCCAACCCAAGTCGCGTTCAGCATCAACGTCAGCCCAACGCTCAACAGCAACCCGAACAGTGTCGACGTGGCGGCCATCCCTGAGAGCATCCTGGAAccc > 1:1048051/1‑150 (MQ=255) accaAGGTGGCGCTGGACCACTCGTTACCAATCGGGCCGCCCAAGGACAACCCAACCCAAGTCGCGTTCAGCATCAACGTCAGCCCAACGCTCAACAGCAACCCGAACAGTGTCGACGTGGCGGCCATCCCTGAGAGCATCCTGGAAccc > 2:2017785/1‑150 (MQ=255) caAGGTGGCGCTGGACCACTCGTTACCAATCGGGCCGCCCAAGGACAACCCAACCCAAGTCGCGTTCAGCATCAACGTCAGCCCAACGCTCAACAGCAACCCGAACAGTGTCGACGTGGCGGCCATCCCTGAGAGCATCCTGGAACCCAg < 1:1502444/150‑1 (MQ=255) aaGGTGGCGCTGGACCACTCGTTACCAATCGGGCCGCCCAAGGACAACCCAACCCAAGTCGCGTTCAGCATCAACGTCAGCCCAACGCTCAACAGCAACCCGAACAGTGTCGACGTGGCGGCCATCCCTGAGAGCATCCTGGAACCCAGc > 2:352350/1‑150 (MQ=255) ggTGGCGCTGGACCACTCGTTACCAATCGGGCCGCCCAAGGACAACCCAACCCAAGTCGCGTTCAGCATCAACGTCAGCCCAACGCTCAACAGCAACCCGAACAGTGTCGACGTGGCGGCCATCCCTGAGAGCATCCTGGAACCCAGccc < 1:2017785/150‑1 (MQ=255) gTGGCGCTGGACCACTCGTTACCAATCGGGCCGCCCAAGGAcaac > 2:315204/1‑45 (MQ=255) gTGGCGCTGGACCACTCGTTACCAATCGGGCCGCCCAAGGAcaac < 1:315204/45‑1 (MQ=255) tGGCGCTGGACCACTCGTTACCAATCGGGCCGCCCAAGGACAACCCAACCCAAGTCGCGTTCAGCATCAACGTCAGCCCAACGCTCAACAGCAACCCGAACAGTGTCGACGTGGCGGCCATCCCTga > 1:868782/1‑127 (MQ=255) tGGCGCTGGACCACTCGTTACCAATCGGGCCGCCCAAGGACAACCCAACCCAAGTCGCGTTCAGCATCAACGTCAGCCCAACGCTCAACAGCAACCCGAACAGTGTCGACGTGGCGGCCATCCCTga < 2:868782/127‑1 (MQ=255) tGGCGCTGGACCACTCGTTACCAATCGGGCCGCCCAAGGACAACCCAACCCAAGTCGCGTTCAGCATCAACGTCAGCCCAACGCTCAACAGCAACCCGAACAGTGTCGACGTGGCGGCCATCCCTGAGAGCATCCTGGAACCCAGCCCCt < 2:1059215/150‑1 (MQ=255) tGGCGCTGGACCACTCGTTACCAATCGGGCCGCCCAAGGACAACCCAACCCAAGTCGCGTTCAGCATCAACGTCAGCCCAACGCTCAACAGCAACCCGAACAGTGTCGACGTGGCGGCCATCCCTGAGAGCATCCTGGAACCCAGCCCCt < 2:1059247/150‑1 (MQ=255) | TTCGTCGATGACCACGATGGCCAAATCAGTCCCGTTGTCCGCTTCCGGGGGCGGTCATGAGCCGCCTGGCCGTCTGGATTGCGCCTCTGCTGGTCGTGCTGGTCGGACTGCCAGGTTGCACGTCCTTGAGCAGAGCCACCAAGGTGGCGCTGGACCACTCGTTACCAATCGGGCCGCCCAAGGACAACCCAACCCAAGTCGCGTTCAGCATCAACGTCAGCCCAACGCTCAACAGCAACCCGAACAGTGTCGACGTGGCGGCCATCCCTGAGAGCATCCTGGAACCCAGCCCCT > NC_002947/4607318‑4607611 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |