Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,657,527 | C→G | 8.0% | T39T (ACC→ACG) | nuoC → | NADH‑quinone oxidoreductase subunit C/D |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 4,657,527 | 0 | C | G | 8.0% | 316.8 / 13.2 | 103 | T39T (ACC→ACG) | nuoC | NADH‑quinone oxidoreductase subunit C/D |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (52/41); new base G (4/4); total (57/46) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
TTAACGTTGACCCAAAGCGACCGAGACCATGACAGCGGACAACGCTATTTTCATTCCGCCCTACAAGGCTGACGACCAGGATGTGGTCGTCGAACTGAACA‑ACCGTTTTGGCGCCGATGCATTCGTCGCCCAGGAAACCCGCACCGGCATGCCCGTGCTGTGGGTAAAACGCGCCCAGCTCAAAGAGGTGCTCAGCTTCCTGCGCGGCGTCGCCAAGCCTTACAGCATGCTGTACGACCTGCATGGCGTCGACGAGCGCCTGCGCACCCAGCGCCGTGGCCTGCCAGCCGCC > NC_002947/4657383‑4657674 | ttAACGTTGACCCAAAGCGACCGAGACCATGACAGCGGACAACGCTATTTTCATTCCGCCCTACAAGGCTGACGACCAGGATGTGGTCGTCGAACTGAACA‑ACCGTTTTGGCGCCGATGCATTCGTCGCCCAGGAAACCCGCACCGGCAt < 2:1422176/150‑1 (MQ=255) ttAACGTTGACCCAAAGCGACCGAGACCATGACAGCGGACAACGCTATTTTCATTCCGCCCTACAAGGCTGACGACCAGGATGTGGTCGTCGAACTGAACA‑ACCGTTTTGGCGCCGATGCATTCGTCGCCCAGGAAACCCGCACCGGCAt < 2:2324130/150‑1 (MQ=255) aCGTTGACCCAAAGCGACCGAGACCATGACAGCGGACAACGCTATTTTCATTCCGCCCTACAAGGCTGACGACCAGGATGTGGTCGTCGAACTGAACA‑ACCGTTTTGGCGCCGATGCATTCGTCGCCCAGGAAACCCGCACCGGCATGcc > 1:702261/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) gACAACGCTATTTTCATTCCGCCCTACAAGACATACTACCATTATGTGGTCGTCGCCATGACTAGACTGTTTT‑TTTCCGATGCATTCGTCGCCCAGGAAACCCGCACCGGCATGCCCGTGCTGTGGGTAAAACGCGCCCAGCTCAAagag < 1:1853512/150‑1 (MQ=255) cccGCTATTTTCATTCCGCCCTACAAGGCTGACGACCAGGATGTGGTCGTCGAACTGAACA‑ACCGTTTTGGCGCCGATGCATTCGTCGCCCAGGAAACCCGCACCGGCATGCCCGTGCTGTGGGTAAAACGCGCCCAGCTCAAAGAGGTg > 1:1069770/3‑150 (MQ=255) aaCGCTATTTTCATTCCGCCCTACAAGGCTGACGACCAGGATGTGGTCGTCGAACTGAACA‑ACCGTTTTGGCGCCGATGCATTCGTCGCCCAGGAAACCCGCACCGGCATGCCCGTGCTGTGGGTAAAACGCGCCCAGCTCAAAGAGGTg > 1:798686/1‑150 (MQ=255) aaCGCTATTTTCATTCCGCCCTACAAGGCTGACGACCAGGATGTGGTCGTCGAACTGAACA‑ACCGTTTTGGCGCCGATGCATTCGTCGCCCAGGAAACCCGCACCGGCATGCACGTGCAGTGCGTACAATTCGGCGAACTAAAAGGGGTg > 2:1122474/1‑150 (MQ=255) aCGCTATTTTCATTCCGCCCTACAAGGCTGACGACCAGGATGTGGTCGTCGAACTGAACA‑ACCGTTTTGGCGCCGATGCATTCGTCGCCCAGGAAACCCGCACCGGCATGCCCGTGCTGTGGGTAAAACGCGCCCAGCTCAAAGAGGTGc < 1:929426/150‑1 (MQ=255) 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acagCACGGGCATGCCGGTGCTGTGGGTAAAACGCGCCCAGCTCAAAGAGGTGCTCAGCTTCCTGCGCGGCGTCGCCAAGCCTTACAGCATGCTGTACGACCTGCATGGCGTCGACGAGCGCCTGCGCACCCAGCGCCGTGGc < 1:2147630/140‑1 (MQ=255) acagCACGGGCATGCCGGTGCTGTGGGTAAAACGCGCCCAGCTCAAAGAGGTGCTCAGCTTCCTGCGCGGCGTCGCCAAGCCTTACAGCATGCTGTACGACCTGCATGGCGTCGACGAGCGCCTGCGCACCCAGCGCCGTGGc > 2:2147630/4‑143 (MQ=255) ccGCACTGGCATGCCCGTGCTGTGGGTAAAACGCGCCCAGCTCAAAGAGGTGCTCAGCTTCCTGCGCGGCGTCGCCAAGCCTTACAGCATGCTGTACGACCTGCATg > 1:810290/1‑107 (MQ=255) ccGCACTGGCATGCCCGTGCTGTGGGTAAAACGCGCCCAGCTCAAAGAGGTGCTCAGCTTCCTGCGCGGCGTCGCCAAGCCTTACAGCATGCTGTACGACCTGCATg < 2:810290/107‑1 (MQ=255) ccGCACCGGCATGCCCGTGCTGTGGGTAAAACGCGCCCAGCTCAAAGAGGTGCTCAGCTTCCTGCGCGGCGTCGCCAAGCCGTACAGCATGCTGTACGACCTGCATGGCGTCGACGAGCGCCTGCGCACCCAGCGCCGTGGCCTGCCAgc > 2:718843/1‑150 (MQ=255) cGCACCGGCATGCCCGTGCTGTGGGTAAAACGCGCCCAGCTCAAAGAGGTGCTCAGCTTCCTGCGCGGCGTCGCCAAGCCTTACAGCATGCTGTACGACCTGCATGGCGTCGACGAGCGCCTGCGCACCCAGCGCCGTg > 2:370162/1‑139 (MQ=255) cGCACCGGCATGCCCGTGCTGTGGGTAAAACGCGCCCAGCTCAAAGAGGTGCTCAGCTTCCTGCGCGGCGTCGCCAAGCCTTACAGCATGCTGTACGACCTGCATGGCGTCGACGAGCGCCTGCGCACCCAGCGCCGTg < 1:370162/139‑1 (MQ=255) agCACGGGCATGCCGGTGCTGTGGGTAAAACGCGCCCAGCTCAAAGAGGTGCTCAGCTTCCTGCGCGGCGTCGCCAAGCCTTACAGCATGCTGTACGACCTGCATGGCGTCGACGAGCGCCTGCGCACCCAgc > 2:398513/2‑133 (MQ=255) agCACGGGCATGCCGGTGCTGTGGGTAAAACGCGCCCAGCTCAAAGAGGTGCTCAGCTTCCTGCGCGGCGTCGCCAAGCCTTACAGCATGCTGTACGACCTGCATGGCGTCGACGAGCGCCTGCGCACCCAgc < 1:398513/132‑1 (MQ=255) gCACCGGCATGCCCGTGCTGTGGGTAAAACGCGCCCAGCTCAAAGAGGTGCTCAGCTTCCTGCGCGGCGTCGCCAAGCCTTa < 2:1367265/82‑1 (MQ=255) gCACCGGCATGCCCGTGCTGTGGGTAAAACGCGCCCAGCTCAAAGAGGTGCTCAGCTTCCTGCGCGGCGTCGCCAAGCCTTa > 1:1367265/1‑82 (MQ=255) gCACCGGCATGCCCGTGCTGTGGGTAAAACGCGCCCAGCTCAAAGAGGTGCTCAGCTTCCTGCGCGGCGTCGCCAAGCCTTACAGCATGCTGTACGACCTGCAt < 2:2088090/104‑1 (MQ=255) gCACCGGCATGCCCGTGCTGTGGGTAAAACGCGCCCAGCTCAAAGAGGTGCTCAGCTTCCTGCGCGGCGTCGCCAAGCCTTACAGCATGCTGTACGACCTGCAt > 1:2088090/1‑104 (MQ=255) gCACCGGCATGCCCGTGCTGTGGGTAAAACGCGCCCAGCTCAAAGAGGTGCTCAGCTTCCTGCGCGGCGTCGCCAAGCCTTACAGCATGCTGTACGACCTGCATGGCGTCGACGAGCGCCTGCGCACCCAGCGCCGTGGCCTGCCAgccg > 1:793719/1‑150 (MQ=255) cACCGGCATGCCCGTGCTGTGGGTAAAACGCGCCCAGCTCAAAGAGGTGCTCAGCTTCCTGCGCGGCGTCGCCAAGCCTTACAGCATGCTGTACGACCTGCATGGCGTCGACGAGCGCCTGCGCACCCAGCGCCGTGGCCTGCCAgccgc < 2:1629342/150‑1 (MQ=255) aCCGGCATGCCCGTGCTGTGGGTAAAACGCGCCCAGCTCAAAGAGGTGCTCAGCTTCCTGCGCGGCGTCGCCAAGCCTTACAGCATGCTGTACGACCTGCATGGCGTCGACGAGCGCCTGCGCACCCAGCGCCGTGGCCTGCCAgccgcc > 1:1546115/1‑150 (MQ=255) | TTAACGTTGACCCAAAGCGACCGAGACCATGACAGCGGACAACGCTATTTTCATTCCGCCCTACAAGGCTGACGACCAGGATGTGGTCGTCGAACTGAACA‑ACCGTTTTGGCGCCGATGCATTCGTCGCCCAGGAAACCCGCACCGGCATGCCCGTGCTGTGGGTAAAACGCGCCCAGCTCAAAGAGGTGCTCAGCTTCCTGCGCGGCGTCGCCAAGCCTTACAGCATGCTGTACGACCTGCATGGCGTCGACGAGCGCCTGCGCACCCAGCGCCGTGGCCTGCCAGCCGCC > NC_002947/4657383‑4657674 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |