| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,657,536 | C→G | 8.1% | P42P (CCC→CCG) | nuoC → | NADH‑quinone oxidoreductase subunit C/D |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,657,536 | 0 | C | G | 8.1% | 311.6 / 15.1 | 99 | P42P (CCC→CCG) | nuoC | NADH‑quinone oxidoreductase subunit C/D |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (53/38); new base G (4/4); total (57/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.76e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
CGTTGACCCAAAGCGACCGAGACCATGACAGCGGACAACGCTATTTTCATTCCGCCCTACAAGGCTGACGACCAGGATGTGGTCGTCGAACTGAACA‑ACCGTTTTGGCGCCGATGCATTCGTCGCCCAGGAAACCCGCACCGGCATGCCCGTGCTGTGGGTAAAACGCGCCCAGCTCAAAGAGGTGCTCAGCTTCCTGCGCGGCGTCGCCAAGCCTTACAGCATGCTGTACGACCTGCATGGCGTCGACGAGCGCCTGCGCACCCAGCGCCGTGGCCTGCCAGCCGCCGATTTCAGCGT > NC_002947/4657387‑4657685 | cGTTGACCCAAAGCGACCGAGACCATGACAGCGGACAACGCTATTTTCATTCCGCCCTACAAGGCTGACGACCAGGATGTGGTCGTCGAACTGAACG‑ACCGTTTTGGCGCCGATGCATTCGTCGCCCAGGAAACCCGCACCGGCATGccc < 1:1644763/150‑1 (MQ=255)cGTTGACCCAAAGCGACCGAGACCATGACAGCGGACAACGCTATTTTCATTCCGCCCTACAAGGCTGACGACCAGGATGTGGTCGTCGAACTGAACA‑ACCGTTTTGGCGCCGATGCATTCGTCGCCCAGGAAACCCGCACCGGCATGccc < 1:1284891/150‑1 (MQ=255) gACCCAAAGCGACCGAGACCATGACAGCGGACAACGCTATTTTCATTCCGCCCTACAAGGCTGACGACCAGGATGTGGTCGTCGAACTGAACA‑ACCGTTTTGGCGCCGATGCATTCGTCGCCCAGGAAACCCGCACCGGCATGCCCGTGc < 2:702261/150‑1 (MQ=255) 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1:2088090/1‑104 (MQ=255) gCACCGGCATGCCCGTGCTGTGGGTAAAACGCGCCCAGCTCAAAGAGGTGCTCAGCTTCCTGCGCGGCGTCGCCAAGCCTTACAGCATGCTGTACGACCTGCAt < 2:2088090/104‑1 (MQ=255) gCACCGGCATGCCCGTGCTGTGGGTAAAACGCGCCCAGCTCAAAGAGGTGCTCAGCTTCCTGCGCGGCGTCGCCAAGCCTTACAGCATGCTGTACGACCTGCATGGCGTCGACGAGCGCCTGCGCACCCAGCGCCGTGGCCTGCCAgccg > 1:793719/1‑150 (MQ=255) cACCGGCATGCCCGTGCTGTGGGTAAAACGCGCCCAGCTCAAAGAGGTGCTCAGCTTCCTGCGCGGCGTCGCCAAGCCTTACAGCATGCTGTACGACCTGCATGGCGTCGACGAGCGCCTGCGCACCCAGCGCCGTGGCCTGCCAgccgc < 2:1629342/150‑1 (MQ=255) aCCGGCATGCCCGTGCTGTGGGTAAAACGCGCCCAGCTCAAAGAGGTGCTCAGCTTCCTGCGCGGCGTCGCCAAGCCTTACAGCATGCTGTACGACCTGCATGGCGTCGACGAGCGCCTGCGCACCCAGCGCCGTGGCCTGCCAgccgcc > 1:1546115/1‑150 (MQ=255) aTGCCCGTGCTGTGGGTAAAACGCGCCCAGCTCAAAGAGGTGCTCAGCTTCCTGCGCGGCGTCGCCAAGCCTTACAGCATGCTGTACGACCTGCATGGCGTCGACGAGCGCCTGCGCACCCAGCGcc > 2:416541/1‑127 (MQ=255) aTGCCCGTGCTGTGGGTAAAACGCGCCCAGCTCAAAGAGGTGCTCAGCTTCCTGCGCGGCGTCGCCAAGCCTTACAGCATGCTGTACGACCTGCATGGCGTCGACGAGCGCCTGCGCACCCAGCGcc < 1:416541/127‑1 (MQ=255) tGCCCGTGCTGTGGGTAAAACGCGCCCAGCTCAAAGAGGTGCTCAGCTTCCTGCGCGGCGTCGCCAAGCCTTACAGCATGCTGTACGACCTGCATGGCGTCGACGAGCGCCTGCGCACCCAGCGCCGTGGCCTGCCAGCCGCCGATTTCa > 1:1333151/1‑150 (MQ=255) cGTGCTGTGGGTAAAACGCGCCCAGCTCAAAGATGTGCTCAGCTTCCTGCGCGGCGTCGCCAAGCCTTACAGCATGCTGTACGACCTGCATGGCGTCGACGAGCGCCTGCGCACCCAGCGCCGTGGCCTGCCAGCCGCCGATTTCAGCgt > 2:661643/1‑150 (MQ=255) cGTGCTGTGGGTAAAACGCGCCCAGCTCAAAGAGGTGCTCAGCTTCCTGCGCGGCGTCGCCAAGCCTTACAGCATGCTGTACGACCTGCATGGCGTCGACGAGCGCCTGCGCACCCAGCGCCGTGGCCTGCCAGCCGCCGATTTCAGCgt < 2:1069770/150‑1 (MQ=255) | CGTTGACCCAAAGCGACCGAGACCATGACAGCGGACAACGCTATTTTCATTCCGCCCTACAAGGCTGACGACCAGGATGTGGTCGTCGAACTGAACA‑ACCGTTTTGGCGCCGATGCATTCGTCGCCCAGGAAACCCGCACCGGCATGCCCGTGCTGTGGGTAAAACGCGCCCAGCTCAAAGAGGTGCTCAGCTTCCTGCGCGGCGTCGCCAAGCCTTACAGCATGCTGTACGACCTGCATGGCGTCGACGAGCGCCTGCGCACCCAGCGCCGTGGCCTGCCAGCCGCCGATTTCAGCGT > NC_002947/4657387‑4657685 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |