| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,662,890 | C→G | 6.6% | R570G (CGC→GGC) | nuoG → | NADH‑quinone oxidoreductase subunit G |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,662,890 | 0 | C | G | 6.6% | 284.0 / 9.0 | 91 | R570G (CGC→GGC) | nuoG | NADH‑quinone oxidoreductase subunit G |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (50/35); new base G (3/3); total (53/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.69e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
AGAAAAACGGCTCGCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTGCCGACCACTCCAAAACCGCCACCGTCGACCGCGCCCACCTGGTGCTGCCGGCCGCCTCGTTCGCCGAAGGCGACGGTACCCTGGTCAGCCAG > NC_002947/4662741‑4663039 | agaAAAACGGCTCGCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGccc > 2:1128747/1‑150 (MQ=255) gaAAAACGGCTCGCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGGGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCcg > 2:926927/1‑150 (MQ=255) gaAAAACGGCTCGCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCcg > 2:447282/1‑150 (MQ=255) aCGGCTCGCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCGGGCGTAc > 1:1797699/1‑150 (MQ=255) gCTCGCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCGGGCGTACAgg < 2:1797699/150‑1 (MQ=255) tCGCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGgcc > 2:336722/1‑150 (MQ=255) gCTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGgccgc > 1:1533437/1‑150 (MQ=255) cTGAGCCTGGTGGTGCCTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGgc > 2:2025062/1‑146 (MQ=255) 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cTGAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCCTACCCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGccc > 1:1873281/1‑150 (MQ=255) gAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTg > 2:690311/1‑150 (MQ=255) gAGGCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGATCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGCCAAATAATGCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTg > 2:1172215/1‑150 (MQ=255) gCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCg < 1:573893/123‑1 (MQ=255) gCCAACAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCg > 2:573893/1‑123 (MQ=255) aaCAGCCTCGGCCTGGCCATGCTCGGTGGCGAGTCGGTCGATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGCCAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCg < 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tcggtcgATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAggtggt > 2:1675726/1‑128 (MQ=255) ggtcgATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTGCCGACCACTCCAAAAc < 1:361273/150‑1 (MQ=255) gtcgATGCCGCCCTAGACGCGGTCATGAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCCCCAAGGTCGATGCGGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTGCCGACGACTCCCAAAcc > 2:1631738/1‑150 (MQ=255) gtcgATGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCTGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTGCCGACCACTCCAAAAcc < 2:186562/150‑1 (MQ=255) tGCCGCCCTAGACGCGGTCATCAGCGGCAAAGCCGATGCCATCGTGGTGCTGGAAAACGACCTGTACGCCCGCGTACCGGCCGCCAAGGTCGATGCGGCCCTGGCTGCGGCCAAGGTGGTGATCGTTGCCGACCACTACAAAACAGCCAc > 1:876230/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |