| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 367,365 | C→A | 9.1% | intergenic (‑48/+26) | PP_5442 ← / ← PP_0306 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 367,365 | 0 | C | A | 9.1% | 276.7 / 12.5 | 88 | intergenic (‑48/+26) | PP_5442/PP_0306 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (41/39); new base A (3/5); total (44/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.65e-01 | |||||||||||
CAAATCTTCCCATGTATCGAGTGTCAGCCAGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGAAGCGCGATAGACGCGGGTAGAGGT > NC_002947/367225‑367513 | cAAATCTTCCCATGTATCGAGTGTCAGCCAGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTgg > 2:2350381/1‑150 (MQ=255) aTCTTCCCATGTATCGAGTGTCAGCCAGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGAGCGCGCTGGTAc < 1:1305974/150‑1 (MQ=255) cTTCCCATGTATCGAGTGTCAGCCAGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGAGCGCGCTGGTAccc < 1:1862344/150‑1 (MQ=255) tCCCATGTATAGAGTGTCAGCCAGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGAGCGCGCTGGTACCCgg < 1:496355/150‑1 (MQ=255) tGTATCGAGTGTCAGCCAGTGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCg < 1:1205693/150‑1 (MQ=255) tCGAGTGTCAGCCAGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑TTGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTaa > 2:338325/1‑150 (MQ=255) gtgtCAGCCAGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAg > 1:1156003/1‑150 (MQ=255) tgtCAGCCAGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGa < 1:35560/150‑1 (MQ=255) tgtCAGCCAGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGa < 1:256859/150‑1 (MQ=255) aGCCAGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGc < 2:2388732/150‑1 (MQ=255) aGCCAGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGc > 1:2388732/1‑150 (MQ=255) ccAGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCga < 1:842098/150‑1 (MQ=255) gcAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAAcgc < 2:1443254/150‑1 (MQ=255) gATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGt > 1:2036324/1‑150 (MQ=255) gCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGc < 2:2036324/150‑1 (MQ=255) ttAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCt > 1:1899550/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGaaa > 2:956348/1‑130 (MQ=255) ccGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGaaa < 1:956348/130‑1 (MQ=255) 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aaTATGCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGAAAAGGGCCGGGTACCAGCGCTCTCTGTTACCCGGTCTCGCTAATCAGTTAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATATTCTCAtt < 2:74968/150‑1 (MQ=255) cGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATGCACAAg < 2:1899550/150‑1 (MQ=255) tCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCATATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACg > 1:748680/1‑150 (MQ=255) cAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTg > 1:30632/1‑150 (MQ=255) aGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGc > 1:1469752/1‑150 (MQ=255) aGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGc > 1:557532/1‑150 (MQ=255) aGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGAGCGCGCTGGTAccc > 1:1408117/1‑79 (MQ=38) aGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGAGCGCGCTGGTAccc < 2:1408117/79‑1 (MQ=38) cTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGc < 2:1156003/150‑1 (MQ=255) tCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCg > 1:161537/1‑150 (MQ=255) tCGGATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACAAGAACCGGGTACCCGCGCGCACAGGTACCCAGCCTCACTAATCAGATAGGGAGAAACGAGACGAAGACGACTTTGATGTTCGGATTCCCAAGGTTAGGTGCAGct > 2:1038834/1‑149 (MQ=255) tATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCg > 1:1648533/1‑150 (MQ=255) aTCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGa > 2:342822/1‑150 (MQ=255) tCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGaa < 1:1077215/150‑1 (MQ=255) tCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑AGGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGACTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGaa < 2:848730/150‑1 (MQ=255) ccGTCCACGCCGCATTGCTCCTTGACGGTATG‑AGATGACCAGAACGGGGTACCAGCGCGCTCTGGTTCCCGGCCTCGCTAAGCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGaa < 1:1705113/149‑1 (MQ=255) 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aTTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTg > 2:100932/1‑150 (MQ=255) aTTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTg > 2:1824054/1‑150 (MQ=255) tGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGaa < 1:939737/150‑1 (MQ=255) tCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGaa > 1:472144/1‑132 (MQ=255) tCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGaa < 2:472144/132‑1 (MQ=255) 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atgg‑atgCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGt < 2:227971/128‑1 (MQ=255) atgg‑atgCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGt > 1:227971/1‑128 (MQ=255) gg‑atgCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCttgtt < 2:2176563/150‑1 (MQ=255) g‑atgCAGATGACCAGAACCGGGTCCCAGCGCGCTCTGGTTCCCGTCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCttgttg < 1:1038834/150‑1 (MQ=255) gCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGaa > 1:2162199/1‑120 (MQ=255) gCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGaa < 2:2162199/120‑1 (MQ=255) 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ggccGGGTACCAGAGCGCGCTGGTACCCGGTCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGAAGCGCGATAGAc > 2:325056/3‑150 (MQ=255) aaCCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGAAGCGCGATAgcc < 2:1902010/150‑3 (MQ=255) aaCCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGAAGCGCGATAGAc > 2:1597892/1‑150 (MQ=255) gggTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGAAGCGCGATAGACGCgg < 1:600000/150‑1 (MQ=255) gggTACCAGAGCGCGCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGAtc < 2:1097312/72‑1 (MQ=38) gggTACCAGAGCGCGCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGAtc > 1:1097312/1‑72 (MQ=38) cAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGAAGCGCGATAGACGCGGGTagag < 2:2375064/150‑1 (MQ=255) cAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGAAGCGCGATAGACGCGGGTagag < 1:1824054/150‑1 (MQ=255) gcgcgcTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGAAGCGCGATAGACGCGGGTAGAGGt > 2:1048735/1‑150 (MQ=255) | CAAATCTTCCCATGTATCGAGTGTCAGCCAGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGAAGCGCGATAGACGCGGGTAGAGGT > NC_002947/367225‑367513 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |