| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 367,370 | T→G | 8.7% | intergenic (‑53/+21) | PP_5442 ← / ← PP_0306 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 367,370 | 0 | T | G | 8.7% | 247.7 / 15.6 | 94 | intergenic (‑53/+21) | PP_5442/PP_0306 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (43/42); new base G (3/5); total (47/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.63e-02 | |||||||||||
CAAATCTTCCCATGTATCGAGTGTCAGCCAGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGAAGCGCGATAGACGCGGGTAGAGGTTTTGTC > NC_002947/367225‑367519 | cAAATCTTCCCATGTATCGAGTGTCAGCCAGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTgg > 2:2350381/1‑150 (MQ=255) aTCTTCCCATGTATCGAGTGTCAGCCAGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGAGCGCGCTGGTAc < 1:1305974/150‑1 (MQ=255) cTTCCCATGTATCGAGTGTCAGCCAGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGAGCGCGCTGGTAccc < 1:1862344/150‑1 (MQ=255) tCCCATGTATAGAGTGTCAGCCAGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGAGCGCGCTGGTACCCgg < 1:496355/150‑1 (MQ=255) tGTATCGAGTGTCAGCCAGTGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCg < 1:1205693/150‑1 (MQ=255) tCGAGTGTCAGCCAGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑TTGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTaa > 2:338325/1‑150 (MQ=255) gtgtCAGCCAGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAg > 1:1156003/1‑150 (MQ=255) tgtCAGCCAGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGa < 1:256859/150‑1 (MQ=255) tgtCAGCCAGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGa < 1:35560/150‑1 (MQ=255) aGCCAGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGc < 2:2388732/150‑1 (MQ=255) aGCCAGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGc > 1:2388732/1‑150 (MQ=255) ccAGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCga < 1:842098/150‑1 (MQ=255) gcAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAAcgc < 2:1443254/150‑1 (MQ=255) gATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGt > 1:2036324/1‑150 (MQ=255) gCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGc < 2:2036324/150‑1 (MQ=255) ttAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCt > 1:1899550/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGaaa < 1:956348/130‑1 (MQ=255) ccGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGaaa > 2:956348/1‑130 (MQ=255) 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1:342822/150‑1 (MQ=255) | CAAATCTTCCCATGTATCGAGTGTCAGCCAGGGCGCAGGCTTGATGCTTAGCCGCTCCTCGAATATTCGGGTGTCCAGGCTCGTATCGTCCATGTGGCATTGCTCCTTGATGG‑ATGCAGATGACCAGAACCGGGTACCAGCGCGCTCTGGTACCCGGCCTCGCTAATCAGATAGCGAGAAACGCGCCGAGGTCGCCTTTGATCTTCTCATTCACAAGGTCACGTGCAGCGTCGAAGTGACGAACGCTGAACGTGCCTTGTTGCGAAGCGCGATAGACGCGGGTAGAGGTTTTGTC > NC_002947/367225‑367519 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |