| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,806,160 | A→T | 5.4% | S593T (TCG→ACG) | PP_4234 ← | bifunctional aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,806,160 | 0 | A | T | 5.4% | 316.5 / 2.6 | 103 | S593T (TCG→ACG) | PP_4234 | bifunctional aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/54); new base T (4/2); total (46/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
GCCGACGATGGCGACGCCAGCTTGCCGACCCAGCGCGGGTTGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATCGCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGAACTCGACACTGGCCATCGGCGCCTCGGAACCTGTACCGAAGTCC > NC_002947/4806012‑4806305 | gcctccgaTGGCGACGCCAGCTTGCCGACCGAGCGCGGGTTGCGTAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGTTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGaa < 1:519935/145‑1 (MQ=255) cgacgaTGGCGACGCCAGCTTGCCGACCGAGCGCGGGTTGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACg > 1:1643288/1‑150 (MQ=255) acgaTGGCGACGCCAGCTTGCCGACCCAGCGCGGGTTGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGc < 2:1358011/150‑1 (MQ=255) acgaTGGCGACGCCAGCTTGCCGACCCAGCGCGGGTTGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGc < 1:1717834/150‑1 (MQ=255) gaTGGCGACGCCAGCTTGCCGACCCAGCGCGGGTTGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGCCg > 2:269189/1‑150 (MQ=255) aTGGCGACGCCAGCTTGCCGACCCAGCGCGGGTTGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGCCGa < 2:2095160/150‑1 (MQ=255) aTGGCGACGCCAGCTTGCCGACCCAGCGCGGGTTGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGCCGa < 1:1542428/150‑1 (MQ=255) tGGCGACGCCAGCTTGCCGACCCAGCGCGGGTTGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAg < 2:2228859/150‑1 (MQ=255) gggCGACGCCAGCTTGCCGACCCAGCGCGGGTTGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAg < 1:1970982/149‑1 (MQ=255) gCGACGCCAGCTTGCCGACCCAGCGCGGGTTGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGTTCGGCcgacga < 1:1137310/150‑1 (MQ=255) cGACGCCAGCTTGCCGACCCAGCGCGGGTTGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTCGTGCTCAATTCCAGCTCTGCGAAGTCGTTGACGGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGaa > 2:149012/1‑150 (MQ=255) gACGCCAGCTTGCCGACCCAGCGCGGGTTGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAg > 2:2256487/1‑146 (MQ=255) gACGCCAGCTTGCCGACCCAGCGCGGGTTGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAg < 1:2256487/146‑1 (MQ=255) aCGCCAGCTTGCCGACCCAGCGCGGGTTGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAAt > 1:942181/1‑150 (MQ=255) cAGCTTGCCGACCCAGCGCGGGTTGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGATGTCGTTCAATTGCAGGTTGGTCGATTCTGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATCGCt < 1:2099984/150‑1 (MQ=255) aGCTTGCCGACCCAGCGCGGGTTGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGaaacccgta < 2:1709070/150‑7 (MQ=255) gCCGACCCAGCGCGGGTTGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATCGCTGaccac > 1:1598592/1‑150 (MQ=255) gCCGACCCAGCGCGGGTTGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATCGCTGaccac < 2:942181/150‑1 (MQ=255) 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cgGGTTGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGTAAATCGCTGACCACCAAAGCCTGGGa < 1:1873680/150‑1 (MQ=255) gTTGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATCGCTGACCACCAAAGCCTg > 2:785970/1‑144 (MQ=255) gTTGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATCGCTGACCACCAAAGCCTg < 1:785970/144‑1 (MQ=255) gTTGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATCGCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGt < 1:1493425/150‑1 (MQ=255) ttGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑TACCTTGTCGGCTGAACGGCGTAGGAAATCGCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTg < 1:421039/150‑1 (MQ=255) ttGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATCGCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTg < 2:1819597/150‑1 (MQ=255) ttGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATCGCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTg < 1:143511/150‑1 (MQ=255) ttGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATCGCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTg < 2:1643288/150‑1 (MQ=255) gcgcAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATCGCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGa < 2:1406398/150‑1 (MQ=255) ctcgacgcgGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGCAGAGGAAATCGCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGAc > 1:84089/6‑150 (MQ=255) cgcAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATCGCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGAc < 1:1545725/150‑1 (MQ=255) gcAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATCGCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACa > 1:1908294/1‑150 (MQ=255) gTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATCGCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGcc < 2:1898550/150‑1 (MQ=255) tCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGaaa < 2:679498/108‑1 (MQ=255) tCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCAGTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGaaa > 1:679498/1‑108 (MQ=255) tCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTCCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATCGCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGccc < 1:149012/150‑1 (MQ=255) cTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATCGCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGt > 2:578218/1‑132 (MQ=255) cTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATCGCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGt < 1:578218/132‑1 (MQ=255) tGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATCGCTGACCACCAAAGCCTGGGa < 2:341342/128‑1 (MQ=255) tGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATCGCTGACCACCAAAGCCTGGGa > 1:341342/1‑128 (MQ=255) cTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGc > 2:1875927/1‑95 (MQ=255) cTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGc < 1:1875927/95‑1 (MQ=255) 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1:782340/1‑150 (MQ=255) tCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATCGCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGAACTCGACACTGGCCATCGGCGCCTCGGAAc < 1:925494/150‑1 (MQ=255) ccTT‑CACCTCGTCGGCCACGATGTCGAGGGAATCGCTGACCACCCAAGCATGGGAGGTGCACACGACGGTGCCAAGCTTGCTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGAACTCGACACTGGCCATCGGCGCCTCGGAAc < 1:1932370/149‑1 (MQ=255) tt‑CACCTCGTCGGCCGAACGGCCGCGGAAATCGCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTAGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGAACTCGACACTGGCCATCGGCGCCTCGGAAccc > 2:384561/1‑149 (MQ=255) tt‑CACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATCGCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGAACTCGACACTGGCCATCGGCGCCTCGGAACCt > 2:802091/1‑150 (MQ=255) cACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATCGCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGAACTCGACACTGGCCATCGGCGCCTCGGAACCTGt > 1:2245488/1‑150 (MQ=255) aCCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATCGCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATTCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGAACTCGACACTGGCCATCGGCGCCTCGGAACCTGTa > 2:1076425/1‑150 (MQ=255) cctcgGCCGTTCGGCCGAGGAAATCGCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGAACTCGACACTGGCCATCGGCGCCTCGGAACCTGTACCGa > 2:906487/3‑150 (MQ=255) cctcgGCCGTTCGGCCGAGGAAATCGCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGAACTCGACACTGGCCATCGGCGCCTCGGAACCTGTACCGa > 2:2105951/3‑150 (MQ=255) gtcgGCCGAACGGCCGAGGAAATCGCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGAACTCGa > 1:524368/1‑116 (MQ=255) gtcgGCCGAACGGCCGAGGAAATCGCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGAACTCGa < 2:524368/116‑1 (MQ=255) gtcgGCCGAACGGCCGAGGAAATCGCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGAACTCGACACTGGCCATCGGCGCCTCGGAACCTGTACCGaa < 1:138269/150‑1 (MQ=255) ctcgGCCGTTCGGCCGAGGAAATCGCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGAACTCGACACTGGCCATCGGCGCCTCGGAACCTGTACCGaa > 1:615275/2‑150 (MQ=255) ctcgGCCGTTCGGCCGAGGAAATCGCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGAACTCGACACTGGCCATCGGCGCCTCGGAACCTGTACCGaa < 2:615275/149‑1 (MQ=255) cgGCCGAACGGCCGAGGAAATCGCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGAACTCGACACTGGCCATCGGCGCCTCGGAACCTGTACCGAAGt < 1:1847500/150‑1 (MQ=255) gCCAAACGGCCGAGGAAACCGCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGAACTCGACACTGGCCATCGGCGCCTCGGAACCTGTACCGAAGTcc > 1:627924/1‑150 (MQ=255) | GCCGACGATGGCGACGCCAGCTTGCCGACCCAGCGCGGGTTGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTT‑CACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATCGCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGAACTCGACACTGGCCATCGGCGCCTCGGAACCTGTACCGAAGTCC > NC_002947/4806012‑4806305 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |