| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,824,317 | G→C | 5.1% | S2306R (AGC→AGG) | pvdL ← | non‑ribosomal peptide synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,824,317 | 0 | G | C | 5.1% | 382.4 / 8.6 | 117 | S2306R (AGC→AGG) | pvdL | non‑ribosomal peptide synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (52/59); new base C (4/2); total (56/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
CGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTG‑TAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTGCAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTAGCGCAGGCGGTCGAGCGGGTACTCGGGGTCGAG > NC_002947/4824169‑4824466 | cgATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTG‑TAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGc < 2:1205902/150‑1 (MQ=255) tCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTG‑TAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTgg < 1:1754471/150‑1 (MQ=255) cACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTG‑TAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTggc < 2:462600/150‑1 (MQ=255) aCCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTG‑TAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTggcg < 1:96011/150‑1 (MQ=255) aCCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTG‑TAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTggcg > 2:2000812/1‑150 (MQ=255) cTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTG‑TAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATc > 1:33712/1‑150 (MQ=255) cAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTG‑TAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCt < 1:1200977/150‑1 (MQ=255) gCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGCAAGCAGAAGACGGCATACGAGATACAGAAAG‑ATGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCa < 1:891232/150‑1 (MQ=255) 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ggCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTG‑TAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCTCGCCGGGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCt > 2:675099/1‑150 (MQ=255) gCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTG‑TAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGCCGTGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTc > 1:1353008/1‑150 (MQ=255) aCTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTG‑TAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGc < 1:1656379/150‑1 (MQ=255) ggCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTG‑TAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGTCTCCAGCTGGCCACGc < 1:2000812/150‑1 (MQ=255) ggCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTG‑TAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGc < 1:1925869/150‑1 (MQ=255) 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2:1009589/1‑129 (MQ=255) aTCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTGCAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTAGCGCAGGCGGTCGAg > 2:854938/1‑150 (MQ=255) gCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTGCAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTTTTCTGTCATGTAGCGCAGGCGGTCGAGCgg < 1:675099/150‑1 (MQ=255) gCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTGCAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTAGCGCAGGCGGTCGAGCgg < 2:501147/150‑1 (MQ=255) gCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTGCAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTAGCGCAGGCGGTCGAGCgg < 1:2262131/150‑1 (MQ=255) gatgccgccAGCCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTGCAGCAGCGCACGCTGGCTGa < 1:871167/91‑1 (MQ=255) atgccgccAGCCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTGCAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTAGCGCAGGCGGTCGAGCGGGTACt > 2:1679588/3‑150 (MQ=255) tgccgccAGCCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTGCAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTAGCGCAGGCGGTCGAGCGGGTACTc > 2:262498/2‑150 (MQ=255) gccgccAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTGCAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTAGCGCAGGCGGTCGAGCGGGTACTCg > 2:2111739/1‑150 (MQ=255) cgccAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTGCAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTAGCGCAGGCGGTCGAGCGGGTACTCggg < 1:310908/150‑1 (MQ=255) gccAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTGCAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTAGCGCAGGCGGTCGAGCGGGTACTCgggg > 1:2243182/1‑150 (MQ=255) ccAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTGCAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTAGCGCAGGCGGTCGAGCGGGTACTCgg < 2:2245866/147‑1 (MQ=255) ccAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTGCAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTAGCGCAGGCGGTCGAGCGGGTACTCgg > 1:2245866/1‑147 (MQ=255) gCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTGCAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTAGCGCAGGCGGTCGAGCGGGTACTCGGGGTCGAg < 2:1669533/150‑1 (MQ=255) | CGATCACCGCCTGGCAGTGCATGGCGAACTCGCCATGGCTGACCACCACGCCCTTGGGTTTGCCGGTGGAGCCTGAGGTG‑TAGATCAGGTAAGCCTGGTGCTGCGGCAGGCTGAGGTTGTCCAGCGGTGCATCGCTGTAGGCCGCCAGGCTGGCGGCATCGTCTTCCAGGCTCCAGCTGGCCACGCCTTCAGGCAGCTCGCCCAGGGTGTGCAGCAGCGCACGCTGGCTGAGCAGCAAGCCGATGCGGCTGTCTTCGATCATGTAGCGCAGGCGGTCGAGCGGGTACTCGGGGTCGAG > NC_002947/4824169‑4824466 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |