| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,837,325 | C→T | 8.0% | A429A (GCC→GCT) | ccoN‑I → | cbb3‑type cytochrome c oxidase subunit 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,837,325 | 0 | C | T | 8.0% | 242.8 / 9.3 | 87 | A429A (GCC→GCT) | ccoN‑I | cbb3‑type cytochrome c oxidase subunit 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/35); new base T (2/5); total (47/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.91e-01 | |||||||||||
TGATCAATGCGCACTTCTGGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTTGGTGGCCAGCCACCCAGGCTTCGTCGTGCGCTTCGTCGGCGGCGCGATCTTCCTCAGCGGCATGTTCCTGATGGCCTGGAACACCTGGCGCACCGTGCGTTCGCCAGCGCTTGACGTCGCCCCTGCGAACGCCCAGTTGGCTTGAGGAGAAACGC > NC_002947/4837177‑4837473 | tGATCAATGCGCACTTCTGGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTTGGTGgcca < 2:821387/150‑1 (MQ=255) gATCAATGCGCACTTCTGGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACACCGCCTCGGTGTGGGTCAACGGCATCTCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTGGTTCGTGGAAACCTTGGTGgccag > 1:553184/1‑150 (MQ=255) aaTGCGCACTTCTGGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTTGGTGGCCAGCCAc > 1:1386130/1‑150 (MQ=255) cgcACTTCTGGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTTGGTGGCTGGCCACCAAg < 2:201046/150‑1 (MQ=255) cgcACTTCTGGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTTGGTGGCCAGCCACCCAg < 2:893985/150‑1 (MQ=255) gcACTTCTGGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTTGGTGGCTGGCCACCAAgg < 2:1959198/150‑1 (MQ=255) gcACTTCTGGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTTGGTGGCCAGCCACCCAgg > 1:672203/1‑150 (MQ=255) cACTTCTGGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTTGGTGGCTGGCCACCAAggt < 1:2286235/150‑2 (MQ=255) 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ttGGTGGCCAGCCACCCAGGCTTCGTCGTGCGCTTCGTCGGCGGCGCGATCTTCCTCAGCGGCATGTTCCTGATGGCCTGGAACACCTGGCGCACCGTGCGTTCGCCAGCGCTTGACGTCGCCCCTGCGAACGCCCAGTTGGCTTgagga > 1:1702419/1‑150 (MQ=255) ttGGTGGCCAGCCACCCAGGCTTCGTCGTGCGCTTCGTCGGCGGCGCGATCTTCCTCAGCGGCATGTTCCTGATGGCCTGGAACACCTGGCGCACCGTGCGTTCGCCAGCGCTTGACGTCGCCCCTGCGAACGCCCAGTTGGCTTgagga > 2:2354902/1‑150 (MQ=255) ggCCAGCCACCCAGGCTTCGTAGTGCGCTTCGTCGGCGGCGCGATTTTCCTCAGCGGCATGTTCCTGATGGCCTGGAACACCTGGCGCACCGTGCGTTCGCCAGCGCTTGACGTCGCCCCTGCGAACGCCCAGTTGGCTTGAGGAGAAAc < 2:553184/150‑1 (MQ=255) gccagccaCCCAGGCTTCGTCGTGCGCTTCGTCGGCGGCGCGATCTTCCTCAGCGGCATGTTCCTGATGGCCTGGAACACCTGGCGCACCGTGCGTTCGCCAGCGCTTGACGTCGCCCCTGCGAACGCCCAGTTGGCTTGAGGAGAAACg > 1:18037/1‑150 (MQ=255) ccagccaCCCAGGCTTCGTCGTGCGCTTCGTCGGCGGCGCGATCTTCCTCAGCGGCATGTTCCTGATGGCCTGGAACACCTGGCGCACCGTGCGTTCGCCAGCGCTTGACGTCGCCCCTGCGAACGCCCAGTTGGCTTGAGGAGAAACGc < 2:951022/150‑1 (MQ=255) ccagccaCCCAGGCTTCGTCGTGCGCTTCGTCGGCGGCGCGATCTTCCTCAGCGGCATGTTCCTGATGGCCTGGAACACCTGGCGCACCGTGCGTTCGCCAGCGCTTGACGTCGCCCCTGCGAACGCCCAGTTGGCTTGAGGAGAAACGc < 1:2380583/150‑1 (MQ=255) cagccaCCCAGGCTTCGTCGTGCGCTTCGTCGGCGGCGCGATCTTCCTCAGCGGCATGTTCCTGATGGCCTGGAACACCTGGCGCACCGTGCGTTCGCCAGCGCTTGACGTCGCCCCTGCGAACGCCCAGTTGGCtt < 2:2157191/137‑1 (MQ=255) cagccaCCCAGGCTTCGTCGTGCGCTTCGTCGGCGGCGCGATCTTCCTCAGCGGCATGTTCCTGATGGCCTGGAACACCTGGCGCACCGTGCGTTCGCCAGCGCTTGACGTCGCCCCTGCGAACGCCCAGTTGGCtt > 1:2157191/1‑137 (MQ=255) | TGATCAATGCGCACTTCTGGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTTGGTGGCCAGCCACCCAGGCTTCGTCGTGCGCTTCGTCGGCGGCGCGATCTTCCTCAGCGGCATGTTCCTGATGGCCTGGAACACCTGGCGCACCGTGCGTTCGCCAGCGCTTGACGTCGCCCCTGCGAACGCCCAGTTGGCTTGAGGAGAAACGC > NC_002947/4837177‑4837473 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |