| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 390,996 | G→T | 6.5% | G423C (GGT→TGT) | soxA → | sarcosine oxidase subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 390,996 | 0 | G | T | 6.5% | 449.8 / 12.3 | 137 | G423C (GGT→TGT) | soxA | sarcosine oxidase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (73/55); new base T (3/6); total (76/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
GCATACTCACCTCCAGCGCCGTGATCGAGGCCAAAGGCAGCAAGCACGTCACCGGCGCCCGTGTGGCGGCGATCGATGTGCAGGCGCACAAAGTCACCAGCCCAGGCGAAGTCCTTGAGTGCGACCTGATCGCCTCCTCGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCCCGGTATGGCGTGACGACATCCTTGGCTTCGTGCCGGGCGATGCGCCGCAGAAGCGTGAGTGCGTCGGTGGTATCAACGGCGTGTATGCCTTGGGCGATGTC > NC_002947/390853‑391142 | gCATACTCACCTCCAGCGCCGTGATCGAGGCCAAAGGCAGCAAGCACGTCACCGGCGCCCGTGTGGCGGCGATCGATGTGCAGGCGCACAAAGTCACCAGCCCAGGCGAAGTCCTTGAGTGCGACCTGATCGCCTCCTCGGGCGGTTACa > 2:1974383/1‑150 (MQ=255)gCATACTCACCTCCAGCGCCGTGATCGAGGCCAAAGGCAGCAAGCACGTCACCGGCGCCCGTGTGGCGGCGATCGATGTGCAGGCGCACAAAGTCACCAGCCCAGGCGAAGTCCTTGAGTGCGACCTGATCGCCTCCTCGGGCGGTTACa < 1:556692/150‑1 (MQ=255) tACTCACCTCCAGCGCCGTGATCGAGGCCAAAGGCAGCAAGCACGTCACCGGCGCCCGTGTGGCGGCGATCGATGTGCAGGCGCACAAAGTCACCAGCCCAGGCGAAGTCCTTGAGTGCGACCTGATCGCCTCCTCGGGCGGTTACAGcc < 1:2133531/150‑1 (MQ=255) tCACCTCCAGCGCCGTGATCGAGGCCAAAGGCAGCAAGCACGTCACCGGCGCCCGTGTGGCGGCGATCGATGTGCAGGCGCACAAAGTCACCAGCCCAGGCGAAGTCCTTGAGTGCGACCTGATCGCCTCCTCGGGCTGTAACCGCCCGa < 2:1312289/150‑1 (MQ=255) tCACCTCCAGCGCCGTGATCGAGGCCAAAGGCAGCAAGCACGTCACCGGCGCCCGTGTGGCGGCGATCGATGTGCAGGCGCACAAAGTCACCAGCCCAGGCGAAGTCCTTGAGTGCGACCTGATCGCCTCCTCGGGCGGt > 2:1505995/1‑140 (MQ=255) tCACCTCCAGCGCCGTGATCGAGGCCAAAGGCAGCAAGCACGTCACCGGCGCCCGTGTGGCGGCGATCGATGTGCAGGCGCACAAAGTCACCAGCCCAGGCGAAGTCCTTGAGTGCGACCTGATCGCCTCCTCGGGCGGt < 1:1505995/140‑1 (MQ=255) tCACCTCCAGCGCCGTGATCGAGGCCAAAGGCAGCAAGCACGTCACCGGCGCCCGTGTGGCGGCGATCGATGTGCAGGCGCACAAAGTCACCAGCCCAGGCGAAGTCCTTGAGTGCGACCTGATCGCCTCCTCGGGCGGTTACAGCCCGa > 1:1188672/1‑150 (MQ=255) aCCTCCAGCGCCGTGATCGAGGCCAAAGGCAGCAAGCTGGCCACCGGCGCCCGTGTGGCGGCGATCGATGTGCAGGCGCACAAAGTCACCAGCCCAGGCGAAGTCCTTGAGTGCGACCTGATCGCCTCCTCGGGCGGTTACAGCCCGATc < 1:1330573/150‑1 (MQ=255) 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gAGGCCAAAGGCAGCAAGCACATCACCGGCGCCCGTGTGACGACGATCGATGTGCAGGCGCACAAAGTCACCAGCCCAGGCGAAGTCCTTGAGTGCGACCTGATCGCCTCCTCAGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCAc > 2:130189/1‑150 (MQ=255) gCCAAAGGCAGCAAGCACGTCACCGGCGCCCGTGTGGCGGCGATCGATGTGCAGGCGCACAAAGTCACCAGCCCAGGCGAAGTCCTTGAGTGCGACCTGATCGCCTCCTCGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTg > 1:1776263/1‑150 (MQ=255) cAAAGGCAGCAAGCACGTCACCGGCGCCCGTGTGGCGGCGATCGATGTGCAGGCGCACAAAGTCACCAGCCCAGGCGAAGTCCTTGAGTGCGCCCTGATCGCCGCCTCGGGCTGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTggg > 1:1142897/1‑150 (MQ=255) cAAAGGCAGCAAGCACGTCACCGGCGCCCGTGTGGCGGCGATCGATGTGCAGGCGCACAAAGTCACCAGCCCAGGCGAAGTCCTTGAGTGCGACCTGATCGCCTCCTCGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCCCCTGGCTTCGCACCTggg > 1:1112569/1‑150 (MQ=255) cAAAGGCAGCAAGCACGTCACCGGCGCCCGTGTGGCGGCGATCGATGTGCAGGCGCACAAAGTCACCAGCCCAGGCGAAGTCCTTGAGTGCGACCTGATCGCCTCCTCGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTggg > 2:2106505/1‑150 (MQ=255) 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> 2:552238/1‑150 (MQ=255) aaGGCAGCAAGCACGTCACCGGCGCCCGTGTGGCGGCGATCGATGTGCAGGCGCACAAAGTCACCAGCCCAGGCGAAGTCCTTGAGTGCGACCTGATCGCCTCCTCGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCg > 2:510642/1‑150 (MQ=255) gcagcaAGCACGTCACCGGCGCCCGTGTGGCGGCGATCGATGTGCAGGCGCACAAAGTCACCAGCCCAGGCGAAGTCCTTGAGTGCGACCTGATCGCCTCCTCGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCAc > 2:558566/1‑128 (MQ=255) agcaagcaCGTCACCGGCGCCCGTGTGGCGGCGATCGATGTGCAGGCGCACAAAGTCACCAGCCCAGGCGAAGTCCTTGAGTGCGACCTGATCGCCTCCTCGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGc > 2:1411861/1‑150 (MQ=255) agcaagcaCGTCACCGGCGCCCGTGTGGCGGCGATCGATGTGCAGGCGCACAAAGTCACCAGCCCAGGCGAAGTCCTTGAGTGCGACCTGATCGCCTCCTCGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGc > 2:1080805/1‑150 (MQ=255) aCGTCACCGGCGCCCGTGTGGCGGCGATCGATGTGCAGGCGCACAAAGTCACCAGCCCAGGCGAAGTCCTTGAGTGCGACCTGATCGCCTCCTCGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCCCGGTAt > 2:1071555/1‑150 (MQ=255) 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gatcgatGTGCAGGCGCACAAAGTCACCAGCCCAGGCGAAGTCCTTGAGTGCGACCTGATCGCCTCCTCGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCCCGGTATGGCGTGACGACATCCTTGGCTTCGt > 2:776082/1‑150 (MQ=255) gatcgatGTGCAGGCGCACAAAGTCACCAACCCAGGCGAAGTCCTTGAGTGCGACCTGATCGCCTCCTCGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCCCGGTATGGCGTGACGACATCCTTGGCTTCGt > 1:1872407/1‑150 (MQ=255) atGTGCAGGCGCACAAAGTCACCAGCCCAGGCGAAGTCCTTGAGTGCGACCTGATCGCCTCCTCGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCCCGGTATGGCGTGACGACATCCTTGGCTTCGTGCCgg < 1:1411861/150‑1 (MQ=255) gCAGGCGCACAAAGTCACCAGCCCAGGCGAAGTCCTTGAGTGCGACCTGATCGCCTCCTCGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCCCGGTATGGCGTGACGACATCCTTGGCTTCGTGCCGGGCGa < 2:1137268/150‑1 (MQ=255) aGGCGCACAAAGTCACCAGCCCAGGCGAAGTCCTTGAGTGCGACCTGATCGCCTCCTCGGGCTGTAACCGCCCGagga < 2:1723218/78‑4 (MQ=38) gcgcACAAAGTCACCAGCCCAGGCGAAGTCCTTGAGTGCGACCTGATCGCCTCCTCGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCCCGGTATGGCGTGACGACATCCTTGGCTTCGTGCCGGGCGATgcg > 2:2172151/1‑150 (MQ=255) 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ctcctcGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCCCGGTATgg < 1:1675933/64‑1 (MQ=255) ctcctcGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCCCGGTATGGCGTGACGACATCCTTGGCTTCGTGCCGGGCGa < 1:719989/96‑1 (MQ=255) ctcctcGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCCCGGTATGGCGTGACGACATCCTTGGCTTCGTGCCGGGCGa > 2:719989/1‑96 (MQ=255) ctcctcGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCCCGGTATGGCGTGACGACATCCTTGGCTTCGTGCCGGGCGATGCGCCGCAGAAGCGTGAGTGCGTCGGTGGTATCAACGGCGTGTATGCCTTggg > 1:338470/1‑150 (MQ=255) tcctcGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCTCGGTATGGCGTGACGACATCCTTGGCTTCGTGCCGGGCGATGCGCCGCAGAAGCGTGAGTGCGTCGGTGGTATCAACGGCGTGTATGCCTTGGGc > 2:88706/1‑150 (MQ=255) tcctcGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCCCGGTATGGCGTGACGACATCCTTGGCTTCGTGCCGGGCGATGCGCCGCAGAAGCGTGAGTGCGTCGGTGGTATCAACGGCGTGTATGCCTTGGGc > 1:1506733/1‑150 (MQ=255) ctcGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTc < 1:537523/50‑1 (MQ=255) ctcGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTc > 2:537523/1‑50 (MQ=255) ctcGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCCCGGTATGGCGTGACGACATCCTTGGCTTCGTGCCGGGCGATGCGCCGCAGAAGCGTGAGTGCGTCGGTGGTATCAACGGCGTGTATGCCTTGGGCGa > 1:1837392/1‑150 (MQ=255) ctcGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCCCGGTATGGCGTGACGACATCCTTGGCTTCGTGCCGGGCGATGCGCCGCAGAAGCGTGAGTGCGTCGGTGGTATCAACGGCGTGTATGCCTTGGGCGa > 1:1526037/1‑150 (MQ=255) ctcGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCCCGGTATGGCGTGACGACATCCTTGGCTTCGTGCCGGGCGATGCGCCGCAGAAGCGTGAGTGCGTCGGTGGTATCAACGGCGTGTATGCCTTGGGCGa > 1:1386084/1‑150 (MQ=255) tcGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCCCGGTATGGCGTGACGACATCCTTGGCTTCGTGCCGGGCGATGCGCCGCAGAAGCGTGAGTGCGTCGGTGGTATCAACGGCGTGTATGCCTTGGGCGAt < 2:2012982/150‑1 (MQ=255) cGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCCCGGTATGGCGTGACGACATCCTTGGCTTCGTGCCGGGCGATGCGCCGCAGAAGCGTGAGTGCGTCGGTGGTATCAACGGCGTGTATGCCTTGGGCGATg < 2:2328755/150‑1 (MQ=255) ggCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCCTCGCACGTGGGCGGTCGCCCGGTATGGCGTGACGACATCCTTGGCTTCGTGCCGGGCGATGCGCCGCAGAAGCGTGAGTGCGTCGGTGGTATCAACGGCGTGTATGCCTTGGGCGATGTc < 2:1112569/150‑1 (MQ=255) gCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCCCGGTATGGCGTGACGACATCCTTGGCTTCGTGCCGGGCGATGCGCCGCAGAAGCGTGa > 1:1785185/1‑106 (MQ=255) gCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCCCGGTATGGCGTGACGACATCCTTGGCTTCGTGCCGGGCGATGCGCCGCAGAAGCGTGa < 2:1785185/106‑1 (MQ=255) | GCATACTCACCTCCAGCGCCGTGATCGAGGCCAAAGGCAGCAAGCACGTCACCGGCGCCCGTGTGGCGGCGATCGATGTGCAGGCGCACAAAGTCACCAGCCCAGGCGAAGTCCTTGAGTGCGACCTGATCGCCTCCTCGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCCCGGTATGGCGTGACGACATCCTTGGCTTCGTGCCGGGCGATGCGCCGCAGAAGCGTGAGTGCGTCGGTGGTATCAACGGCGTGTATGCCTTGGGCGATGTC > NC_002947/390853‑391142 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |