Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,902,716 | G→A | 7.2% | V196M (GTG→ATG) ‡ | PP_4310 → | hydantoin racemase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 4,902,716 | 0 | G | A | 7.2% | 328.8 / 11.1 | 111 | V196M (GTG→ATG) ‡ | PP_4310 | hydantoin racemase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (42/61); new base A (4/4); total (46/65) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.16e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 |
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
TGCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAGAAAGTGGTGGGCTGGCCGATGCGCTTCGGCCGCTAGAGA > NC_002947/4902567‑4902862 | tGCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGACGTGGAGGAGATTGTGGAGCATTCCGAGCGCGCCGTGCGCGACGAACCGGCCTGGAAGGTGTGCTTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCAAACGCACCGGCg > 1:1150582/1‑150 (MQ=255) gCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGt < 2:1579857/150‑1 (MQ=255) ctggaaGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCggtg < 1:822583/150‑1 (MQ=255) tggaaGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGc > 1:2096997/1‑144 (MQ=255) tggaaGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGc < 2:2096997/144‑1 (MQ=255) tggaaGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCggtgg < 2:2119951/150‑1 (MQ=255) tggaaGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCggtgg > 1:1609847/1‑150 (MQ=255) ggaaGCGGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGTTTGTCGAGCAGGCCCAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATCGCAGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCggtggt < 1:1041912/150‑1 (MQ=255) ggaaGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCggtggt < 2:321928/150‑1 (MQ=255) ggaaGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCggtggt < 1:2240882/150‑1 (MQ=255) ggaaGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTAAGCTGTCTGGGTTGTGGCGGCAGGGCCGGGCTGGAAGAGAAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCggtggt > 1:43892/1‑150 (MQ=255) aaGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCACGCCggtgcgtt < 2:718135/150‑5 (MQ=255) aaGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCACGCCggtgcgtt < 2:1630890/150‑5 (MQ=255) aGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGa < 1:1572259/150‑1 (MQ=255) gCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGAt > 1:603992/1‑150 (MQ=255) gCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGAt > 1:2080938/1‑150 (MQ=255) ccGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATg < 2:2181856/150‑1 (MQ=255) ccGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGtgtg > 1:763118/1‑150 (MQ=255) 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aTTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAGAAAGTGGTGGGCTGGCCGATgcgc < 1:597382/150‑1 (MQ=255) ccAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAGAAAgtg > 1:1188816/1‑127 (MQ=255) ccAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAGAAAgtg < 2:1188816/127‑1 (MQ=255) atccaccACCGGCACGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAGAAAg > 1:2021509/7‑125 (MQ=255) atccaccACCGGCACGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAGAAAg < 2:2021509/119‑1 (MQ=255) cAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAGAAAGTGGTGGGCTGGCCGATGTGATTCGGc > 1:1443177/1‑150 (MQ=255) accACCGGCACGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTTAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAGAAAgtggt < 1:1044233/123‑1 (MQ=255) accACCGGCACGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAGAAAGTGGTGGGCTGGCCGAt > 1:1591541/3‑137 (MQ=255) accACCGGCACGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAGAAAGTGGTGGGCTGGCCGATGCGCTTCGGCCGc > 1:383086/3‑150 (MQ=255) gCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCa < 2:371731/93‑1 (MQ=255) gCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCa > 1:371731/1‑93 (MQ=255) cACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTTACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAGAAAGTGGTGGGCTGGCCGATGCGCTTCGGCCGCTa < 1:1591501/150‑1 (MQ=255) ggCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAAAAAGTGGTGGGCTGGCCGATGCGCTTCGGCCGCTAgaga > 2:2284015/1‑150 (MQ=255) gCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCgaa < 2:206326/109‑1 (MQ=255) | TGCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCTGCCTGGGTTGTGGCGGCATGGCCGGGCTGGACGAGCAGATTCGCCAACGCACCGGCGTGCCGGTGGTGGATGGTGTGAGTGCAGCGGTGACCATTGCCGAATCGCTGGTGCGCATGGGTTTGAGCACGTCCAAAGTGCGCACCTATGCGACGCCACGGGCGAAGAAAGTGGTGGGCTGGCCGATGCGCTTCGGCCGCTAGAGA > NC_002947/4902567‑4902862 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |