Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 391,002 | A→C | 6.4% | S425R (AGC→CGC) | soxA → | sarcosine oxidase subunit alpha |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 391,002 | 0 | A | C | 6.4% | 413.4 / 14.5 | 135 | S425R (AGC→CGC) | soxA | sarcosine oxidase subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (71/55); new base C (3/6); total (74/61) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.18e-01 |
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
GCATACTCACCTCCAGCGCCGTGATCGAGGCCAAAGGCAGCAAGCACGTCACCGGCGCCCGTGTGGCGGCGATCGATGTGCAGGCGCACAAAGTCACCAGCCCAGGCGAAGTCCTTGAGTGCGACCTGATCGCCTCCTCGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCCCGGTATGGCGTGACGACATCCTTGGCTTCGTGCCGGGCGATGCGCCGCAGAAGCGTGAGTGCGTCGGTGGTATCAACGGCGTGTATGCCTTGGGCGATGTCATTGCCGAT > NC_002947/390853‑391151 | gCATACTCACCTCCAGCGCCGTGATCGAGGCCAAAGGCAGCAAGCACGTCACCGGCGCCCGTGTGGCGGCGATCGATGTGCAGGCGCACAAAGTCACCAGCCCAGGCGAAGTCCTTGAGTGCGACCTGATCGCCTCCTCGGGCGGTTACa > 2:1974383/1‑150 (MQ=255) gCATACTCACCTCCAGCGCCGTGATCGAGGCCAAAGGCAGCAAGCACGTCACCGGCGCCCGTGTGGCGGCGATCGATGTGCAGGCGCACAAAGTCACCAGCCCAGGCGAAGTCCTTGAGTGCGACCTGATCGCCTCCTCGGGCGGTTACa < 1:556692/150‑1 (MQ=255) tACTCACCTCCAGCGCCGTGATCGAGGCCAAAGGCAGCAAGCACGTCACCGGCGCCCGTGTGGCGGCGATCGATGTGCAGGCGCACAAAGTCACCAGCCCAGGCGAAGTCCTTGAGTGCGACCTGATCGCCTCCTCGGGCGGTTACAGcc < 1:2133531/150‑1 (MQ=255) tCACCTCCAGCGCCGTGATCGAGGCCAAAGGCAGCAAGCACGTCACCGGCGCCCGTGTGGCGGCGATCGATGTGCAGGCGCACAAAGTCACCAGCCCAGGCGAAGTCCTTGAGTGCGACCTGATCGCCTCCTCGGGCTGTAACCGCCCGa < 1:715777/150‑1 (MQ=255) tCACCTCCAGCGCCGTGATCGAGGCCAAAGGCAGCAAGCACGTCACCGGCGCCCGTGTGGCGGCGATCGATGTGCAGGCGCACAAAGTCACCAGCCCAGGCGAAGTCCTTGAGTGCGACCTGATCGCCTCCTCGGGCGGTTACAGCCCGa > 1:1188672/1‑150 (MQ=255) aCCTCCAGCGCCGTGATCGAGGCCAAAGGCAGCAAGCTGGCCACCGGCGCCCGTGTGGCGGCGATCGATGTGCAGGCGCACAAAGTCACCAGCCCAGGCGAAGTCCTTGAGTGCGACCTGATCGCCTCCTCGGGCGGTTACAGCCCGATc < 1:1330573/150‑1 (MQ=255) ccTCCAGCGCCGTGATCGAGGCCAAAGGCAGCAAGCACGTCACCGGCGCCCGTGTGGCGGCGATCGATGTGCAGGCGCACAAAGTCACCAGCCCAGGCGAAGTCCTTGAGTGCGACCTGATCGCCTCCTCGGGCTGTAACCGCCCGagga < 2:606971/150‑4 (MQ=255) tCCAGCGCCGTGATCGAGGCCAAAGGCAGCAAGCACGTCACCGGCGCCCGTGTGGCGGCGATCGATGTGCAGGCGCACAAAGTCACCAGCCCAGGCGAAGTCCTTGAGTGCGACCTGATCGCCTCCTCGGGCTGTAACCGCCCGaggagg < 1:1540409/150‑6 (MQ=255) 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cacgatcGGGCTGTAACCGCCCGATCGTGCGCCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCCCGGTATGGCGTGACGACATCCTTGGCTTCGTGCCGGGCGATGCGCCGCAGAAGCGTGAGTGCGTCGGTGGTATCAACGGCGTGTATGCCTTg > 2:1278807/6‑149 (MQ=255) cacgatcGGGCTGTAACCGCCCGATCGTGCGCCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCCCGGTATGGCGTGACGACATCCTTGGCTTCGTGCCGGGCGATGCGCCGCAGAAGCGTGAGTGCGTCGGTGGTATCAACGGCGTGTATGCCTTg < 1:1278807/144‑1 (MQ=255) ctcctcGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCCCGGTATgg > 2:1675933/1‑64 (MQ=255) ctcctcGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCCCGGTATgg < 1:1675933/64‑1 (MQ=255) ctcctcGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCCCGGTATGGCGTGACGACATCCTTGGCTTCGTGCCGGGCGa > 2:719989/1‑96 (MQ=255) tcctcGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCTCGGTATGGCGTGACGACATCCTTGGCTTCGTGCCGGGCGATGCGCCGCAGAAGCGTGAGTGCGTCGGTGGTATCAACGGCGTGTATGCCTTGGGc > 2:88706/1‑150 (MQ=255) tcctcGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCCCGGTATGGCGTGACGACATCCTTGGCTTCGTGCCGGGCGATGCGCCGCAGAAGCGTGAGTGCGTCGGTGGTATCAACGGCGTGTATGCCTTGGGc > 1:1506733/1‑150 (MQ=255) ctcGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCCCGGTATGGCGTGACGACATCCTTGGCTTCGTGCCGGGCGATGCGCCGCAGAAGCGTGAGTGCGTCGGTGGTATCAACGGCGTGTATGCCTTGGGCGa > 1:1837392/1‑150 (MQ=255) ctcGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCCCGGTATGGCGTGACGACATCCTTGGCTTCGTGCCGGGCGATGCGCCGCAGAAGCGTGAGTGCGTCGGTGGTATCAACGGCGTGTATGCCTTGGGCGa > 1:1526037/1‑150 (MQ=255) ctcGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCCCGGTATGGCGTGACGACATCCTTGGCTTCGTGCCGGGCGATGCGCCGCAGAAGCGTGAGTGCGTCGGTGGTATCAACGGCGTGTATGCCTTGGGCGa > 1:1386084/1‑150 (MQ=255) tcGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCCCGGTATGGCGTGACGACATCCTTGGCTTCGTGCCGGGCGATGCGCCGCAGAAGCGTGAGTGCGTCGGTGGTATCAACGGCGTGTATGCCTTGGGCGAt < 2:2012982/150‑1 (MQ=255) cGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCCCGGTATGGCGTGACGACATCCTTGGCTTCGTGCCGGGCGATGCGCCGCAGAAGCGTGAGTGCGTCGGTGGTATCAACGGCGTGTATGCCTTGGGCGATg < 2:1143673/150‑1 (MQ=255) cGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCCCGGTATGGCGTGACGACATCCTTGGCTTCGTGCCGGGCGATGCGCCGCAGAAGCGTGAGTGCGTCGGTGGTATCAACGGCGTGTATGCCTTGGGCGATg < 2:2328755/150‑1 (MQ=255) ggCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCCTCGCACGTGGGCGGTCGCCCGGTATGGCGTGACGACATCCTTGGCTTCGTGCCGGGCGATGCGCCGCAGAAGCGTGAGTGCGTCGGTGGTATCAACGGCGTGTATGCCTTGGGCGATGTc < 2:1112569/150‑1 (MQ=255) gCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCCCGGTATGGCGTGACGACATCCTTGGCTTCGTGCCGGGCGATGCGCCGCAGAAGCGTGa < 2:1785185/106‑1 (MQ=255) gCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCCCGGTATGGCGTGACGACATCCTTGGCTTCGTGCCGGGCGATGCGCCGCAGAAGCGTGa > 1:1785185/1‑106 (MQ=255) | GCATACTCACCTCCAGCGCCGTGATCGAGGCCAAAGGCAGCAAGCACGTCACCGGCGCCCGTGTGGCGGCGATCGATGTGCAGGCGCACAAAGTCACCAGCCCAGGCGAAGTCCTTGAGTGCGACCTGATCGCCTCCTCGGGCGGTTACAGCCCGATCGTGCACCTGGCTTCGCACCTGGGCGGTCGCCCGGTATGGCGTGACGACATCCTTGGCTTCGTGCCGGGCGATGCGCCGCAGAAGCGTGAGTGCGTCGGTGGTATCAACGGCGTGTATGCCTTGGGCGATGTCATTGCCGAT > NC_002947/390853‑391151 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |