| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,918,219 | C→G | 5.3% | L191L (CTC→CTG) | PP_4328 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,918,219 | 0 | C | G | 5.3% | 361.9 / 8.7 | 114 | L191L (CTC→CTG) | PP_4328 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (56/52); new base G (2/4); total (58/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.69e-01 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
ACCGGCCGTGTACCGGGCGCTGGTCAGCCTGCTCAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAGCTCACCCGCGACCCAGGCGTCGATGGCGACCTGCGCGCCAGCGCCGAACGCC > NC_002947/4918072‑4918367 | aCCGGCCGTGTACCGGGCGCTGGTCAGCCTGCTCAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAg > 2:2223169/1‑150 (MQ=255) ggCCGTGTACCGGGCGCTGGTCAGCCTGCTCAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCgg > 2:570113/1‑150 (MQ=255) cttgcaCCGGGCGCTGACCAAGCTGCTCAACCGCAACCAGGCCGGGCCGCCACTGAGAATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCAATGCCCCTCGCGCCGCTGAGCggcac < 2:284990/145‑2 (MQ=255) gtgtACCGGGCGCTGGTCAGCCTGCTCAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCggcagg > 1:1666231/1‑150 (MQ=255) gtgtACCGGGCGCTGGTCAGCCTGCTCAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGAGCCCTGGTGCAGTGTGATCAGGCATTGCGCTTCGTGCCGCTCACCggcaga > 2:1000440/1‑149 (MQ=255) gtACCGGGCGCTGGTCAGCCTGCTCAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCggcaggca < 1:67527/150‑1 (MQ=255) tACCGGGCGCTGGTCAGCCTGCTCAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGgcaggcag < 2:428868/150‑1 (MQ=255) tACCGGGCGCTGGTCAGCCTGCTCAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCACGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGgcaggcag < 2:53679/150‑1 (MQ=255) cGGGCGCTGGTCAGCCTGCTCAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGAc < 1:2116205/150‑1 (MQ=255) cGGGCGCTGGTCAGCCTGCTCAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGAc < 1:1650968/150‑1 (MQ=255) gggCGCTGGTCAGCCTGCTCAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCggca > 1:37713/1‑141 (MQ=255) gggCGCTGGTCAGCCTGCTCAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCggca < 2:37713/141‑1 (MQ=255) ggCGCTGGTCAGCCTGCTCAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCa > 1:1447792/1‑150 (MQ=255) gcgcTGGTCAGCCTGCTCAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCaa < 2:330253/150‑1 (MQ=255) tGGTCAGCCTGCTCAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCCCAGCGGCACGCAGGACCAACTCa > 2:843612/1‑150 (MQ=255) tgaGCCTGATCAACAGGAACCAGTCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCa < 2:138327/148‑1 (MQ=255) tCAGCCTGCTCAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCa > 1:649845/1‑150 (MQ=255) cAGCCTGCTCAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTGAGCggcacgaa < 2:219815/135‑5 (MQ=255) cAGCCTGCTCAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTGAGCggcacgaa > 1:219815/1‑131 (MQ=255) aGCCTGCTCAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCAtt < 2:1666231/150‑1 (MQ=255) gCCTGCTCAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCAttt > 2:2190839/1‑149 (MQ=255) ccTGCTCAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGc > 2:1341049/1‑150 (MQ=255) ccTGCTCAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGc < 1:786276/150‑1 (MQ=255) tGCTCAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGccc < 2:1456079/150‑1 (MQ=255) cAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCATCa < 1:2406424/150‑1 (MQ=255) cAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACa < 2:1252166/150‑1 (MQ=255) aaCAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCggcagg > 1:356314/1‑123 (MQ=255) aaCCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGa < 2:1828352/122‑1 (MQ=255) aaCCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGa > 1:1828352/1‑122 (MQ=255) 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aTTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTg > 1:580595/1‑150 (MQ=255) ttGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGAAAAGTAATTGCGCTTCGTGCCACTCCGCGGGAAGCAGGACCAACGCAGCATTGCCCAACATCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGc > 2:2079986/1‑150 (MQ=255) gCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGAcc < 1:594030/101‑1 (MQ=255) gCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCg < 2:251520/122‑1 (MQ=255) gCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCg > 1:251520/1‑122 (MQ=255) gCAGCCTGCTCAGCGACCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGAcc > 2:594030/1‑101 (MQ=255) 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tGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAGCTCACCCGCGACCCAgg > 1:1296820/1‑148 (MQ=255) cAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAGCTCACCCGCGACCCAGGCGTc < 1:1173213/150‑1 (MQ=255) cAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAGCTCACCCGCGACCCAGGCGTc < 1:1000440/150‑1 (MQ=255) cAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAGCTCACCCGCGACCCAGGCGTc < 1:615484/150‑1 (MQ=255) cAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAGCTCACCCGCGACCCAGGCGTc < 2:1778814/150‑1 (MQ=255) gTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAg < 1:740302/125‑1 (MQ=255) gTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAg > 2:740302/1‑125 (MQ=255) gATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGATACACGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAGCTCACCCGCGACCCAGGCGTCGATGGc > 2:2245680/1‑150 (MQ=255) tCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAGCTCACCCGCGACCCAGGCGTCGAt > 1:112237/1‑145 (MQ=255) tCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAGCTCACCCGCGACCCAGGCGTCGAt < 2:112237/145‑1 (MQ=255) aGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACa > 2:216154/1‑118 (MQ=255) aGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACa < 1:216154/118‑1 (MQ=255) gTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAACCCACCAAGGCGGGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAGCTCACCCGCGACCCAGGCGTCGATGGCGACCt > 1:2097262/1‑150 (MQ=255) gTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAGCTCACCCGCGACCCAGGCGTCGATGGCGACCt > 1:2016358/1‑150 (MQ=255) tCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAGCTCACCCGCGACCCAGGCGTCGATGGCGACCTg > 2:312964/1‑150 (MQ=255) tCATTGCGCTTAGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAGCTCACCCGCGACCCAGGCGTCGATGGCGACCTg > 2:349538/1‑150 (MQ=255) ttGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCCACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAGCTCACCCGCGACCCAGGCGTCGATGGCGACCTgcgc > 2:825893/1‑150 (MQ=255) tGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAGCTCACCCGCGACCCAGGCGTCGATGGCGACCTgcgcg > 1:1178896/1‑150 (MQ=255) ttCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCATCGCTACGCAGCGGGCTGAACGCCCTGCAACAGCTCACCCGCGACCCAGGCGTCGATGGCGACCTGCGCGCCAgc > 1:549490/1‑150 (MQ=255) gCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAGCTCACCCGCGACCCAGGCGTCGATGGCGACCTGCGCGCCAGCGCCGa > 1:1802881/1‑150 (MQ=255) ccGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAGCTCACCCGCGACCCAGGCGTCGATGGCGACCTGCGCGCCAGCGCCGaa > 1:601571/1‑150 (MQ=255) ccGCCCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAGCTCACCCGCGACCCAGGCGTCGATGGCGACCTGCGCGCCAGCGCCGaa < 1:843612/150‑1 (MQ=255) cGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAGCTCACCCGCGACCCAGGCGTCGATGGCGACCTGCGCGCCAGCGCCGAAc < 2:1802881/150‑1 (MQ=255) tCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAGCTCACCCGCGACCCAGGCGTCGATGGCGACCTGCGCGCCAGCGCCGAACGcc > 1:1284382/1‑150 (MQ=255) | ACCGGCCGTGTACCGGGCGCTGGTCAGCCTGCTCAACAGCAACCAGGCCGGTGCCACACTGAGCATCGACAGCCCGCGCCCGCTGGTCATTGGCAGCCTGCTCAGCGCCCTGGTGCAGGGTGATCAGTCATTGCGCTTCGTGCCGCTCAGCGGCAGGCAGGACCAACTCAGCATTGCCCAACAGCTGCTGACCCAGCAAAACCGCCAAGCCTCGCTACCCGGCCTGCTCAACGCCCTGCAACAGCTCACCCGCGACCCAGGCGTCGATGGCGACCTGCGCGCCAGCGCCGAACGCC > NC_002947/4918072‑4918367 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |