| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,958,644 | C→T | 5.0% | R34Q (CGG→CAG) | fliG ← | flagellar motor switch protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,958,644 | 0 | C | T | 5.0% | 298.4 / 3.4 | 99 | R34Q (CGG→CAG) | fliG | flagellar motor switch protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/49); new base T (3/2); total (48/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 | |||||||||||
ACGCATCAGAACCGACGCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGCCACACGGCCCGG > NC_002947/4958498‑4958787 | aCGCATCAGAACCGACGCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCgcc > 2:1425958/1‑149 (MQ=255) tCAGAACCGACGCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCAcc > 1:1592610/1‑150 (MQ=255) gAACCGACGCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCTCATGTGCCGCAGCACCTgg > 2:387294/1‑150 (MQ=255) aCCGACGCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGc < 2:1082297/150‑1 (MQ=255) ccGACGCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGcc < 2:1420488/150‑1 (MQ=255) gACGCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGc < 1:479650/150‑1 (MQ=255) aCGCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCg < 2:2154369/134‑1 (MQ=255) aCGCCCAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCg > 1:2154369/1‑134 (MQ=255) cccAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCg > 1:1767804/1‑150 (MQ=255) cAGGCTGGTCTGGTCGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGt < 2:564385/150‑1 (MQ=255) tggcctggtcGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGc > 2:1080749/1‑150 (MQ=255) tctggtcGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCa > 1:2188347/1‑150 (MQ=255) tggtcGCCGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGc > 1:818501/1‑150 (MQ=255) gtcgatgacgaTGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCga > 2:609434/7‑150 (MQ=255) cgatgacgaTGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCgaga < 1:609434/146‑1 (MQ=255) ccGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCAc > 2:578902/1‑119 (MQ=255) ccGACGATGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCAc < 1:578902/119‑1 (MQ=255) cgaTGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCagga < 1:1618381/150‑1 (MQ=255) cgaTGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCagga < 2:2314813/150‑1 (MQ=255) cgaTGTCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCagga < 2:2017582/150‑1 (MQ=255) tCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACCCCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATc < 2:1771846/150‑1 (MQ=255) tCGACGAACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATc < 2:1312629/150‑1 (MQ=255) gacgaACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATcgc > 2:1503151/1‑150 (MQ=255) gacgaACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATcgc > 2:1499887/1‑150 (MQ=255) gaACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATcgccgc < 2:818501/150‑1 (MQ=255) gaACTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATcgccgc > 1:1491588/1‑150 (MQ=255) aCTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCt > 2:1917155/1‑150 (MQ=255) aCTCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCt > 1:468508/1‑150 (MQ=255) tCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTg > 1:1121095/1‑150 (MQ=255) tCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTg > 2:689899/1‑150 (MQ=255) tCGCTCATCACCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGACGATGTGCCGCAGCTCCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTg > 1:893021/1‑150 (MQ=255) tcagcaCCTGCTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTTCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGTACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGa < 1:2165318/150‑1 (MQ=255) atcaCCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATc < 2:821582/107‑1 (MQ=255) atcaCCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATc > 1:821582/1‑107 (MQ=255) aCCTGTTCGACCTGGTCACGGTGCACATGGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCATCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGAcgcgt < 1:652763/150‑2 (MQ=255) 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aCGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAAc > 1:327205/1‑150 (MQ=255) aCGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACA‑CAACCTGTCTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAAc < 1:1933487/150‑1 (MQ=255) cGGTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACg < 1:1425958/150‑1 (MQ=255) ggTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACgg > 2:2219100/1‑150 (MQ=255) gTGCACATTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGc < 1:1503151/150‑1 (MQ=255) aTTGCCCATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGtt < 2:2188347/150‑1 (MQ=255) cccATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAAGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCa < 2:1935328/150‑1 (MQ=255) ccATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCt < 2:16046/108‑1 (MQ=255) ccATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCt > 1:16046/1‑108 (MQ=255) ccATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCAc > 2:1140708/1‑150 (MQ=255) ccATCTGCGCCATGGCCACACCCACCCG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCAc > 2:2076002/1‑150 (MQ=255) 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acccG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCttt < 2:913367/150‑1 (MQ=255) cccG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTc < 2:1592610/150‑1 (MQ=255) ccG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCa < 2:468508/150‑1 (MQ=255) ccG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACCCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCa < 1:1203236/150‑1 (MQ=255) cG‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCAc < 2:77900/150‑1 (MQ=255) g‑CTGCACTTCCTTCGGGCCCATGTAACGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACg > 1:1530479/1‑150 (MQ=255) aCTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTg > 1:13855/1‑150 (MQ=255) aCTTCCTTCGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTg > 2:538896/1‑150 (MQ=255) cttccttcGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGa < 2:1491588/150‑1 (MQ=255) cttccttcGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGa < 2:893021/150‑1 (MQ=255) cttccttcGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGa < 2:2366967/150‑1 (MQ=255) cgtccttcGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGa < 1:137314/148‑1 (MQ=255) tccttcGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGc < 2:1985676/150‑1 (MQ=255) tccttcGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATCGCCGCCTTGTCGACGCGGCTCAGCTTGGCGGTAACGGCTCGGTTATCACTCATCGGCGTTGATCCAGTCTTTCACGACCTGAGc < 1:1917155/150‑1 (MQ=255) ttcGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATcgccg < 2:1947037/67‑1 (MQ=255) ttcGGGCCCATGTGCCGCAGCACCTGGGCCGCATCGGTCTCGCCCAGCGAGAGCAGGAGGATcgccg > 1:1947037/1‑67 (MQ=255) 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NC_002947/4958498‑4958787 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |