Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,970,049 | C→A | 8.4% | G80V (GGC→GTC) | fliC ← | flagellin |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,970,049 | 0 | C | A | 8.4% | 249.5 / 9.7 | 83 | G80V (GGC→GTC) | fliC | flagellin |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (41/35); new base A (4/3); total (45/38) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.87e-01 |
TGGTGTTAGCAATACGGGTGAGCTCGCCCGACAGCGCGGTAAACTCCTGCTGCATGGAGGCGCGGTCGTCATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTCAGACGGTTGGAGATCTGCAGGCCTGCGGCGTCGTCTTTGGCACTGTTGATTTTCAGGCCAGAGGACAGACGA > NC_002947/4969900‑4970198 | tggtgTTAGCAATACGGGTGAGCTCGCCCGACAGCGCGGTAAACTCCTGCTGCATGGAGGCGCGGTCGTCATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGgcgc < 2:510820/150‑1 (MQ=255) ttAGCAATACGGGTGAGCTCGCCCGACAGCGCGGTAAACTCCTGCTGCATGGAGGCGCGGTCGTCATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGGCGCCATGGCGACTTca > 1:561022/1‑150 (MQ=255) tAGCAATACGGGTGAGCTCGCCCGACAGCGCGGTAAACTCCTGCTGCATGGAGGCGCGGTCGTCATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGGCGCCATGGCGACTTcag < 2:561022/150‑1 (MQ=255) tAGCAATACGGGTGAGCTCGCCCGACAGCGCGGTAAACTCCTGCCGCAACATTGCGCGGTCGTCATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGGCGCCATGGCGACTTcag < 1:1352825/150‑1 (MQ=255) aGCAATACGGGTGAGCTCGCCCGACAGCGCGGTAAACTCCTGCTGCATGGAGGCGCGGTCGTCATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTcagc > 2:234903/1‑150 (MQ=255) gCAATACGGGTGAGCTCGCCCGACAGCGCGGTAAACTCCTGCTGCATGGAGGCGCGGTCGTCATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTcagca < 1:998584/150‑1 (MQ=255) aTACGGGTGAGCTCGCCCGACAGCGCGGTAAACTCCTGCTGCATGGAGGCGCGGTCGTCATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGtt > 1:2003517/1‑150 (MQ=255) aTACGGGTGAGCTCGCCCGACAGCGCGGTAAACTCCTGCTGCATGGAGGCGCGGTCGTCATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGtt > 1:1427320/1‑150 (MQ=255) gTGAGCTCGCCCGACAGCGCGGTAAACTCCTGCTGCATGGAGGCGCGGTCGTCATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCa > 2:1700419/1‑150 (MQ=255) aGCTCGCCCGACAGCGCGGTAAACTCCTGCTGCATGGAGGCGCGGTCGTCATCGCTGTCCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATa < 1:338767/150‑1 (MQ=255) gCTCGCCCGACAGCGCGGTAAACTCCTGCTGCATGGAGGCGCGGTCGTCATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATag > 1:2239734/1‑150 (MQ=255) tCGCCCGACAGCGCGGTAAACTCCTGCTGCATGGAGGCGCGGTCGTCATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATagag < 1:1590453/150‑1 (MQ=255) tCGCCCGACAGCGCGGTAAACTCCTGCTGCATGGAGGCGCGGTCGTCATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATagag > 2:1590453/1‑150 (MQ=255) gCCCGACAGCGCGGTAAACTCCTGCTGCATGGAGGCGCGGTCGTCATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGAt > 2:1691236/1‑150 (MQ=255) ccGACAGCGCGGTAAACTCCTGCTGCATGGAGGCGCGGTCGTCATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATa > 2:2082804/1‑143 (MQ=255) ccGACAGCGCGGTAAACTCCTGCTGCATGGAGGCGCGGTCGTCATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATa < 1:2082804/143‑1 (MQ=255) ccGACAGCGCGGTAAACTCCTGCTGCATGGAGGACAGGTACCCATTGACATTGGAGCCGTTCGCGGATGTGGTCGCCAGTTCGCGAATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATAc > 1:45416/1‑150 (MQ=255) gcgcGGTAAACTCCTGCTGCATGGAGGCGCGGTCGTCATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGt > 1:2264316/1‑150 (MQ=255) ggTAAACTCCTGCTGCATGGAGGCGCGGTCGTCATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGc < 1:71029/150‑1 (MQ=255) cTCCTGCTGCATGGAGGCGCGGTCGTCATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGc < 2:1040488/144‑1 (MQ=255) cTCCTGCTGCATGGAGGCGCGGTCGTCATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGc > 1:1040488/1‑144 (MQ=255) cTCCTGCTGCATGGAGGCGCGGTCGTCATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATACAGATACCACCGTTGGCGTTCtt > 2:224376/1‑150 (MQ=255) tCCTGCTGCATGGAGGCGCGGTCGTCATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTg > 2:1228730/1‑150 (MQ=255) ccTGCTGCATGGAGGCGCGGTCGTCATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGa < 1:1228730/150‑1 (MQ=255) ctgctgCATGGAGGCGCGGTCGTCATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGAc > 1:1100598/1‑150 (MQ=255) tgctgcATGGAGGCGCGGTCGTCATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGAcc > 1:1002308/1‑150 (MQ=255) ctgcATGGAGGCGCGGTCGTCATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGGTTTGACCCTTTGCTCCGATGGCTCCTGCAGCAGTTTGTGCAACAGAGATACCATCGCTGGCGTTCTTGACCGc > 1:1252007/1‑150 (MQ=255) ctgcATGGAGGCGCGGTCGTCATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGgggc < 1:696347/101‑1 (MQ=255) ctgcATGGAGGCGCGGTCGTCATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGgcgc > 2:696347/1‑101 (MQ=255) ctgcATGGAGGCGCGGTCGTCATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGc > 2:2398504/1‑150 (MQ=255) gcATGGAGGCGCGGTCGTCATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGa > 2:1238667/1‑144 (MQ=255) gcATGGAGGCGCGGTCGTCATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGa < 1:1238667/144‑1 (MQ=255) cgGTCGTCATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCt < 1:1691236/150‑1 (MQ=255) gtcgtcATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCttt < 2:2003517/150‑1 (MQ=255) tcgtcATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCtttg > 1:1725970/1‑150 (MQ=255) gtcATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAAt > 2:70122/1‑102 (MQ=255) gtcATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAAt < 1:70122/102‑1 (MQ=255) tcATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCtttgatt < 2:1002308/150‑1 (MQ=255) aTCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCtttgatttg > 1:2061471/1‑150 (MQ=255) aTCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGGCGCCATGGCGACTTca < 2:1587802/85‑1 (MQ=255) aTCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGGCGCCATGGCGACTTca > 1:1587802/1‑85 (MQ=255) tCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCtttgatttga < 1:1282702/150‑1 (MQ=255) gCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGt > 1:88305/1‑150 (MQ=255) gCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGt < 2:1722094/150‑1 (MQ=255) gCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGt < 2:2264316/150‑1 (MQ=255) gAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTCAGa < 1:2398504/150‑1 (MQ=255) gTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTCAGACGGtt < 2:2061471/150‑1 (MQ=255) ttCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGAATTGAGTGGTCAGACGGTTg > 2:1588656/1‑150 (MQ=255) cGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTCAGACTGTTGga < 2:1100598/150‑1 (MQ=255) ccGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTCAGACGGTTGgaga > 2:255819/1‑150 (MQ=255) cGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTCAGACGGTTGGAGAt > 1:1042071/1‑150 (MQ=255) gATTGCAGGGCCAGTCCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTCAGACGGTTGGAGATc < 2:657491/150‑1 (MQ=255) aTTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGAAGTTGCCTGAAGTCGCCATTGCGCCTTCACCAGTTTGGGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTGCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTCAGACGGTAAAAGATCt > 2:958722/1‑150 (MQ=255) aTTGAAGGGCCAGGTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTAAGACGGTTGGAGATCt < 2:45416/150‑1 (MQ=255) tGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTCAGACGGTTGGAGATCTGc < 2:1252007/150‑1 (MQ=255) cAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTCAGACGGTTGGAGATCTGCAg < 2:1042071/150‑1 (MQ=255) cAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTCAGACGGTTGGAGATCTGCAg < 2:88305/150‑1 (MQ=255) aGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGc < 1:2013680/89‑1 (MQ=255) aGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGc > 2:2013680/1‑89 (MQ=255) gggCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTCAGACGGTTGGAGATCTGCAGGc < 2:1937304/150‑1 (MQ=255) ttCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTCAGACGGTTGGAGATCTGCAGGCCTgcggc < 1:1588656/150‑1 (MQ=255) ttCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTCAGACGGTTGGAGATCTGCAGGCCTgcggc < 1:255819/150‑1 (MQ=255) aCGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTCAGACGGTTGGAGATCTGCAGGCCTGCGGcgtc > 1:1019225/1‑150 (MQ=255) gCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATaga < 1:1760813/61‑1 (MQ=255) gCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATaga > 2:1760813/1‑61 (MQ=255) gCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTCAGACGGTTGGAGATCTGCAGGCCTGCGGcgtcgt > 2:505968/1‑150 (MQ=255) aTACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTCAGACGGTTGGAGATCTGCAGGCCTGCGGCGTCGTCt > 1:1552107/1‑150 (MQ=255) tACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTCAGACGGTTGGAGATCTGCAGGCCTGCGGCGTCGTCtt > 1:1358863/1‑150 (MQ=255) aCGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTAAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTCAGACGGTTGGAGATCTGCAGGCCTGCGGCGTCGTCttt < 1:224376/150‑1 (MQ=255) gCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTCAGACGGTTGGAGATCTGCAGGCCTGCGGCGTCGTCTTTGGCAc > 1:986845/1‑150 (MQ=255) cATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCAt > 2:2087782/1‑59 (MQ=255) cATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCAt < 1:2087782/59‑1 (MQ=255) tgTTGCTTGAAGTCGCAATGGCGCCTTCAGCAGCTTGCGAAATAGGGGTACCATCGGTGGCGTTCTTGACCGCACCGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTCAGACGGTTGGAGATCTGCAGGCCTGCGGCGTCGTCTTTGGCACTGTTGa < 1:958722/150‑1 (MQ=255) tgTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTCAGACGGTTGGAGATCTGCAGGCCTGCGGCGTCGTCTTTGGCACTGTTGa < 1:1700419/150‑1 (MQ=255) ttGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTCAGACGGTTGGAGATCTGCAGGCCTGCGGCGTCGTCTTTGGCACTGTTGAtt < 1:886831/150‑1 (MQ=255) ccTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTCAGACGGTTGGAGATCTGCAGGCCTGCGGCGTCGTCTTTGGCACTGTTGATTTTc > 2:578689/1‑150 (MQ=255) ccTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGCTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGGCGTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTCAGACGGTTGGAGATCTGCAGGCCTGCGGCGTCGTCTTTGGCACTGTTGATTTTc < 1:636427/150‑1 (MQ=255) cTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTCAGACGGTTGGAGATCTGCAGGCCTGCGGCGTCGTCTTTGGCACTGTTGATTTTCa > 2:320646/1‑150 (MQ=255) cTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTCAGACGGTTGGAGATCTGCAGGCCTGCGGCGTCGTCTTTGGCACTGTTGATTTTCa > 2:1748766/1‑150 (MQ=255) cTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGATCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTCAGACGGTTGGAGATCTGCAGGCCTGCGGCGTCGTCTTTGGCACTGTTGATTTTCa > 2:1559078/1‑150 (MQ=255) tGAAGGCGCCATGGCGACTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTCAGACGGTTGGAGATCTGCAGGCCTGCGGCGTCGTCTTTGGCACTGTTGATTTTCAg > 1:2252029/1‑150 (MQ=255) tGAAGGCGCCATGGCGACTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTCAGACGGTTGGAGATCTGCAGGCCTGCGGCGTCGTCTTTGGCACTGTTGATTTTCAg > 1:780701/1‑150 (MQ=255) gCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTCAGACGGTTGGAGATCTGCAGGCCTGCGTCGTCGTCTTTGCCACTGTTGATTTTCAGGCCagag > 2:906288/1‑150 (MQ=255) ccATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTCAGACGGTTGGAGATCTGCAGGCCTGCGGCGTCGTCTTTGGCACTGTTGATTTTCAGGCCAGAgg > 2:722783/1‑150 (MQ=255) cATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTCAGACGGTTGGAGATCTGCAGGCCTGCGGCGTCGTCTTTGGCACTGTTGATTTTCAGGCCAGAGGa < 2:1552107/150‑1 (MQ=255) aTGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTCAGACGGTTGGAGATCTGCAGGCCTGCGGCGTCGTCTTTGGCACTGTTGATTTTCAGGCCAGAGGAc > 2:1991223/1‑150 (MQ=255) gcgcCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTCAGACGGTTGGAGATCTGCAGGCCTGCGGCGTCGTCTTTGGCACTGTTGATTTTCAGGCCAGAGGACAga > 2:394873/1‑150 (MQ=255) ccTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTCAGACGGTTGGAGATCTGCAGGCCTGCGGCGTCGTCTTTGGCACTGTTGATTTTCAGGCCAGAGGACAgacga < 1:320646/150‑1 (MQ=255) | TGGTGTTAGCAATACGGGTGAGCTCGCCCGACAGCGCGGTAAACTCCTGCTGCATGGAGGCGCGGTCGTCATCGCTGTTCGAGCCGTTCGCCGATTGCAGGGCCAGTTCACGCATACGCTGCATGATGTTGCCTGAAGTCGCCATGGCGCCTTCAGCAGTTTGCGCAATAGAGATACCATCGTTGGCGTTCTTGACCGCAACGCTCAGACCTTTGATTTGAGTGGTCAGACGGTTGGAGATCTGCAGGCCTGCGGCGTCGTCTTTGGCACTGTTGATTTTCAGGCCAGAGGACAGACGA > NC_002947/4969900‑4970198 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |