| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,973,319 | C→A | 6.4% | E92* (GAG→TAG) ‡ | flgL ← | flagellar hook‑associated protein FlgL |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,973,319 | 0 | C | A | 6.4% | 351.6 / 3.9 | 113 | E92* (GAG→TAG) ‡ | flgL | flagellar hook‑associated protein FlgL |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (55/49); new base A (5/3); total (61/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
TTGGAGCCGCCAAACATGTAGTCGCCGTTGGCATCGCGCGAGTTCAGCAGACCGAACACGTTGGCTTCGATTTCCTTGATCTCGCTGGCGATCGAGGTACGGTCGGCATCGCTCAGGCCCCCGTTACCCGCCTGGATCGCCAGCTCGCTGGCACGCTGCAGGGCATCGTTGATGGTCGATAGCACGCTCTCTTCCTGCAGCAGGGCGTTCTTGACCGTGGTCATGTTTCCGCTGTACTGCTCCAACAAGGCGCTCTGTTGCTGCAGCACCAGCAGGCGCGCAGCGCCGACCGGG > NC_002947/4973174‑4973467 | ttGGAGCCGCCAAACATGTAGTCGCCGTTGGCATCGCGCGAGTTCAGCAGACCGAACACGTTGGCTTCGATTTCCTTGATCTCGCTGGCGATCGAGGTACGGTCGGCATCGCTCAGGCCCCCGTTACCCGCCTGGATCGCCAGCTCGCTg < 2:1621104/150‑1 (MQ=255) aGCCGCCAAACATGTAGTCGCCGTTGGCATCGCGCGAGTTCAGCAGACCGAACACGTTGGCTTCGATTTCCTTGATCTCGCTGGCGATCGAGGTACGGTCGGCATCGCTCAGGCCCCCGTTACCCGCCTGGATCGCCAGCGAGCTGGcga < 2:1092147/150‑3 (MQ=255) ccAAACATGTAGTCGCCGTTGGCATCGCGCGAGTTCAGCAGACCGAACACGTTGGCTTCGATTTCCTTGATCTCGCTGGCGATCGAGGTACGGTCGGCATCGCTCAGGCCCCCGTTACCCGCCTGGATCGCCAACTCGCTGGCACGCTGc > 2:1152771/1‑150 (MQ=255) agacgtGTACTCGCCGTTGGCATCGCGCGATTTCAGCAGACCGAACACGTTGGCTTCGATTTCCATCATCGCGCTGGCGATCGAGGTACGGTCGGCATCGCTCAGGCCCCCGTTACCCGCCTGGATCGCCAGCTCGCTGGCACGCTGCAg < 1:1731557/145‑1 (MQ=255) aaaCATGTAGTCGCCGTTGGCATCGCGCGAGTTCAGCAGACCGAACACGTTGGCTTCGATTTCCTTGATCTCGCTGGCGATCGAGGTACGGTCGGCATCGCTCAGGCCCCCGTTACCCGCCTGGATCGCCAGCTCGCTGGCACGCTGCAg < 2:697510/150‑1 (MQ=255) gTCGCCGTTGGCATCGCGCGAGTTCAGCAGACCGAACACGTTGGCTTCGATTTCCTTGATCTCGCTGGCGATCGAGGTACGGTCGGCATCGCTCAGGCCCCCGTTACCCGCCTGGATCGCCAGCTCGc < 1:1053072/128‑1 (MQ=255) gTCGCCGTTGGCATCGCGCGAGTTCAGCAGACCGAACACGTTGGCTTCGATTTCCTTGATCTCGCTGGCGATCGAGGTACGGTCGGCATCGCTCAGGCCCCCGTTACCCGCCTGGATCGCCAGCTCGc > 2:1053072/1‑128 (MQ=255) gCCGTTGGCATCGCGCGAGTTCAGCAGACCGAACACGTTGGCTTCGATTTCCTTGATCTCGCTGGCGATCGAGGTACGGTCGGCATCGCTCAGGCCCCCGTTACCCGCCTGGATCGCCAGCTCGCTg < 2:148520/127‑1 (MQ=255) gCCGTTGGCATCGCGCGAGTTCAGCAGACCGAACACGTTGGCTTCGATTTCCTTGATCTCGCTGGCGATCGAGGTACGGTCGGCATCGCTCAGGCCCCCGTTACCCGCCTGGATCGCCAGCTCGCTg > 1:148520/1‑127 (MQ=255) 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ccGCCTGGATCGCCAGCTCGCTGGCACGCTGCAGGGCATCGTTGATGGTCGATAGCACGCTCTCTTCCTGCAGCAGGGCGTTCTTGa > 1:465253/1‑87 (MQ=255) ccGCCTGGATCGCCAGCTCGCTGGCACGCTGCAGGGCATCGTTGATGGTCGATAGCACGCTCTCTTCCTGCAGCAGGGCGTTCTTGACCGTGGTCATGTTTCCGCTGTACTGCTCcaacaa > 2:681595/1‑121 (MQ=255) ccGCCTGGATCGCCAGCTCGCTGGCACGCTGCAGGGCATCGTTGATGGTCGATAGCACGCTCTCTTCCTGCAGCAGGGCGTTCTTGACCGTGGTCATGTTTCCGCTGTACTGCTCCAACAAGGCGCTCTGTTGCTGCAGCACCAGCAGgc > 2:979559/1‑150 (MQ=255) gCCTGGATCGCCAGCTCGCTGGCACGCTGCAGGGCATCGTTGATGGTCGATAGCACGCTCTCTTCCTGCAGCAGGGCGTTCTTGACCGTGGTCATGTTTCCGCTGTAc > 2:1190359/1‑108 (MQ=255) ccTGGATCGCCAGCTGGCTGGCACGCTGCAGGGCATAGTTGAAGGGCGAGAGCACGCAATCTACCTGCAACCGGGCGTACGTTATCGTGGGCATGTTTTCGCTGTACTGCTCCAACAAGGCGATCTGGTGCTGCCGCTCTCGCAGgcgcg > 2:934137/1‑150 (MQ=255) ccTGGATCGCCAGCTCGCTGGCACGCTGCAGGGCATCGTTGATGGTCGATAGCACGCTCTCTTCCTGCAGCAGGGCGTTCTTGACCGTGGTCATGTTTCCGCTGTACTGCTCCAACAAGGCGct > 2:1389308/1‑124 (MQ=255) ccTGGATCGCCAGCTCGCTGGCACGCTGCAGGGCATCGTTGATGGTCGATAGCACGCTCTCTTCCTGCAGCAGGGCGTTCTTGACCGTGGTCATGTTTCCGCTGTACTGCTCCAACAAGGCGct < 1:1389308/124‑1 (MQ=255) ggATCGCCAGCTCGCTGGCACGCTGCAGGGCATCGTTGATGGTCGATAGCACGCTCTCTTCCTGCAGCAGGGCGTTCTTGACCGTGGTCATGTTTCCGCTGTa < 2:728837/103‑1 (MQ=255) ggATCGCCAGCTCGCTGGCACGCTGCAGGGCATCGTTGATGGTCGATAGCACGCTCTCTTCCTGCAGCAGGGCGTTCTTGACCGTGGTCATGTTTCCGCTGTa > 1:728837/1‑103 (MQ=255) gatcgccagcTCGCTGGCACGCTGCAGGGCATCGTTGATGGTCGATAGCACGCTCTCTTCCTGCAGCAGGGCGTTCTTGACCGTGGTCATGTTTCCg > 2:582667‑M2/11‑97 (MQ=255) gatcgccagcTCGCTGGCACGCTGCAGGGCATCGTTGATGGTCGATAGCACGCTCTCTTCCTGCAGCAGGGCGTTCTTGACCGTGGTCATGTTTCCg < 1:582667‑M2/87‑1 (MQ=255) gatcgccagcTCGCTGGCACGCTGCAGGGCATCGTTGATGGTCGATAGCACGCTCTCTTCCTGCAGCAGGGCGTTCTTGACCGTGGTCATGTTTCCCCTGTACTGCTCCAACCCGGTGCTCTGTTGATGCAGCACCCGCAGGCGCgcacc < 2:28147‑M2/140‑3 (MQ=255) tcgccagcTCGCTGGCACGCTGCAGGGCATCGTTGATGGTCGATAGCACGCTCTCTTCCTGCAGCAGGGCGTTCTTGACCGTGGTCATGTTTCCGCTGTACTGCTCCAACAAGGCGCTCTGTTGCTGCAGCACCAGCAGGCGCGCAgcgc < 1:979559‑M2/142‑1 (MQ=255) gtgccagcGAGCTGGCACGCTGCAGGGCATCGTTGATGGTCGATAGCACGCTCTCTTCCTGCAGCAGGGCGTTCTTGACCGTGGt > 2:1709441‑M2/9‑85 (MQ=255) gtgccagcGAGCTGGCACGCTGCAGGGCATCGTTGATGGTCGATAGCACGCTCTCTTCCTGCAGCAGGGCGTTCTTGACCGTGGTCATGTTTCCGCTGTACTGCTCCAACAAGGCGCTCTGTtgctg > 2:93945‑M2/9‑127 (MQ=255) gtgccagcGAGCTGGCACGCTGCAGGGCATCGTTGATGGTCGATAGCACGCTCTCTTCCTGCAGCAGGGCGTTCTTGACCGTGGTCATGTTTCCGCTGTACTGCTCCAACAAGGCGCTCTGTTGCTGCAGCACCAGCAGGCGCGCAgcgc > 2:353306‑M2/9‑150 (MQ=255) gtgccagcGAGCTGGCACGCTGCAGGGCATCGTTGATGGTCGATAGCACGCTCTCTTCCTGCAGCAGGGCGTTCTTGACCGTGGTCATGTTTCCGCTGTACTGCTCCAACAAGGCGCTCTGTTGCTGCAGCACCAGCAGGCGCGCAgcgc > 1:1370840‑M2/9‑150 (MQ=255) gtgccagcGAGCTGGCACGCTGCAGGGCATCGTTGATAGTCGATAGCACGCTCTCTTCCTGCAGCAGGGCGTTCTTGACCGTGGTCATGTTTCCGCTGTACTGCTCCAACAAGGCGCTCTGTtgctgc > 1:2007679‑M2/9‑128 (MQ=255) gtgccagcGAGCTGGCACGCTGCAGGGCATCGTTGATAGTCGATAGCACGCTCTCTTCCTGCAGCAGGGCGTTCTTGACCGTGGTCATGTTTCCGCTGTACTGCTCCAACAAGGCGCTCTGTtgctgc < 2:2007679‑M2/120‑1 (MQ=255) gccagcTCGCTGGCACGCTGCAGGGCATCGTTGATGGTCGATAGCACGCTCTCTTCCTGCAGCAGGGCGTTCTTGACCGTGGTCATGTTTc > 2:411818‑M2/7‑91 (MQ=255) gccagcTCGCTGGCACGCTGCAGGGCATCGTTGATGGTCGATAGCACGCTCTCTTCCTGCAGCAGGGCGTTCTTGACCGTGGTCATGTTTc < 1:411818‑M2/85‑1 (MQ=255) cagcTCGCTGGCACGCTGCAGGGCATCGTTGATGGTCGATAGCACGCTCTCTTCCTGCAGCAGGGCGTTCTTGACCGTGGTCATGTTTCCGCTGTACTGCTCCAACAAGGCGCTCTGTTGCTGCAGCACCAGCAGGCGCGCAGCGCCGAc > 2:1804118‑M2/5‑150 (MQ=255) cTCGCTGGCACGCTGCAGGGCATCGTTGATGGTCGATAGCACGCTCTCTTCCTGCAGCAGGGCGTTCTTGACCGTGGTCATGTTTCCGCTGTACTGCTCCAACAAGGCGCTCTGTTGCTGCAGCACCAGCAGGCGCGCAGCGCCGACCgg > 1:483158‑M2/2‑150 (MQ=255) tCGCTGGCACGCTGCAGGGCATCGTTGATGGTCGATAGCACGCTCTCTTCCTGCAGCAGGGCGTTCTTGACCGTGGTCATGTTTCCGCTGTACTGCTCCAACAAGGCGCTCTGTTGCTGCAGCACCAGCAGGCGCGCAGCGCCGACCggg > 2:2075991/1‑150 (MQ=255) | TTGGAGCCGCCAAACATGTAGTCGCCGTTGGCATCGCGCGAGTTCAGCAGACCGAACACGTTGGCTTCGATTTCCTTGATCTCGCTGGCGATCGAGGTACGGTCGGCATCGCTCAGGCCCCCGTTACCCGCCTGGATCGCCAGCTCGCTGGCACGCTGCAGGGCATCGTTGATGGTCGATAGCACGCTCTCTTCCTGCAGCAGGGCGTTCTTGACCGTGGTCATGTTTCCGCTGTACTGCTCCAACAAGGCGCTCTGTTGCTGCAGCACCAGCAGGCGCGCAGCGCCGACCGGG > NC_002947/4973174‑4973467 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |