| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,978,163 | A→G | 9.5% | V161A (GTG→GCG) | flgH ← | flagellar L‑ring protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,978,163 | 0 | A | G | 9.5% | 325.2 / 18.6 | 116 | V161A (GTG→GCG) | flgH | flagellar L‑ring protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (56/49); new base G (7/4); total (63/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.23e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
GAACCGGTACCGGAGTAGGTGATGCGCGCGTCGGCCACACGGGTGGACGGCACGGTGTTGTCGGTGGCGATATCGTCAGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCACCGA > NC_002947/4978016‑4978307 | ggTACCGGAGTAGGTGATGCGCGCGTCGGCCACACGGGTGGACGGCACGGTGTTGTCGGTGGCGATATCGTCAGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCgat < 2:2381088/150‑1 (MQ=255) gTACCGGAGTAGGTGATGCGCGCGTCGGCCACACGGGTGGACGGCACGGTGTTGTCGGTGGCGATATCGTCAGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGGCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCgatg > 2:1646175/1‑150 (MQ=255) aCCGGAGTAGGTGATGCGCGCGTCGGCCACACGGGTGGACGGCACGGTGTTGTCGGTGGCGATATCGTCAGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCgatgat < 2:1594989/150‑1 (MQ=255) ccGGAGTAGGTGATGCGCGCGTCGGCCACACGGGTGGACGGCACGGTGTTGTCGGTGGCGATATCGTCAGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGatgatg < 1:1094522/150‑1 (MQ=255) cGGAGTAGGTGATGCGCGCGTCGGCCACACGGGTGGACGGCACGGTGTTGTCGGTGGCGATATCGTCAGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGc > 1:346571/1‑150 (MQ=255) tAGGTGATGCGCGCGTCGGCCACACGGGTGGACGGCACGGTGTTGTCGGTGGCGATATCGTCAGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTg < 1:713652/150‑1 (MQ=255) gTGATGCGCGCGTCGGCCACACGGGTGGACGGCACGGTGTTGTCGGTGGCGATATCGTCAGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGc > 1:1116017/1‑150 (MQ=255) gTGATGCGCGCGTCGGCCACACGGGTGGACGGCACGGTGTTGTCGGTGGCGATATCGTCAGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGc > 1:1188944/1‑150 (MQ=255) 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ttCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCg < 1:1220437/150‑1 (MQ=255) tcatcGCCGTGCGCGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTg < 2:1465105/102‑1 (MQ=255) tcatcGCCGTGCGCGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTg > 1:1465105/4‑105 (MQ=255) tcatcGCCGTGCGCGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCa < 2:2215890/133‑1 (MQ=255) tcatcGCCGTGCGCGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCa > 1:2215890/4‑136 (MQ=255) tcatcGCCGTGCGCGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCg > 1:2207275/4‑150 (MQ=255) catcGCCGTGCGCGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGcc < 2:627965/129‑1 (MQ=255) catcGCCGTGCGCGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGcc > 1:627965/3‑131 (MQ=255) atcGCCGTGCGCGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGcc > 1:1914269/2‑150 (MQ=255) tcGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGa > 2:156437/1‑137 (MQ=255) cgcgCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCACCGa > 2:1384777/1‑150 (MQ=255) gcACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGccc < 2:2185693/71‑1 (MQ=255) gcACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGccc > 1:2185693/1‑71 (MQ=255) | GAACCGGTACCGGAGTAGGTGATGCGCGCGTCGGCCACACGGGTGGACGGCACGGTGTTGTCGGTGGCGATATCGTCAGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTTGCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCACCGA > NC_002947/4978016‑4978307 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |