| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,986,096 | C→G | 7.2% | P97R (CCG→CGG) | flgA → | flagella basal body P‑ring formation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,986,096 | 0 | C | G | 7.2% | 345.9 / 13.8 | 113 | P97R (CCG→CGG) | flgA | flagella basal body P‑ring formation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (54/50); new base G (6/2); total (60/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
TTGAATTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGA‑TACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGCCACCGTGCGACTTTTCCGCGACGTGGTGGTGGTGACCCGCCCGCTCAAGCGCGACAACACGGTCGGCGAAGGTGACGTGG > NC_002947/4985955‑4986242 | ttGAATTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCGGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGcc > 2:1735485/1‑150 (MQ=255) tGAATTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCg > 1:996972/1‑150 (MQ=255) gAATTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCATCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCgg < 2:2034825/150‑2 (MQ=255) 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aCCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTg > 2:1656174/1‑138 (MQ=255) aCCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTg < 1:1656174/138‑1 (MQ=255) aCCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGGCg > 2:48317/1‑150 (MQ=255) aCCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACg > 2:589822/1‑150 (MQ=255) gAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACgg < 1:1628864/150‑1 (MQ=255) gATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGA‑Ta > 2:1032724/1‑150 (MQ=255) gATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGA‑Ta > 1:50598/1‑150 (MQ=255) gATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGA‑Ta > 2:483691/1‑150 (MQ=255) aTTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGA‑TAc < 1:483691/150‑1 (MQ=255) tATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGA‑TACGc > 1:1004486/1‑150 (MQ=255) 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tCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGA‑TACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCgg > 1:575625/1‑150 (MQ=255) tCCAGGTCAACACGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCTTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGA‑TACGCTGCAACGgc > 2:1192534/1‑122 (MQ=255) cAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGA‑TACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGcc > 2:388285/1‑150 (MQ=255) ggTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGA‑TACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGCCAc > 1:386186/1‑150 (MQ=255) gTCAACCCGCTGGCCCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGACGTGTGACGG‑GCGGAGTACGCTCCAGCGTCGTGGTATCATGGATGGTATGCTTTCCTGCCAcc > 2:1129933/1‑150 (MQ=255) 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> 1:1670779/1‑150 (MQ=255) cTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGA‑TACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGCCACCGTGCGACTTTTCCGCGACgtg > 1:873723/1‑115 (MQ=255) cTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGA‑TACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGCCACCGTGCGACTTTTCCGCGACgtg < 2:873723/115‑1 (MQ=255) tCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGA‑TACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGCCACCGTGCGACTTTTCCGCGACGTGGTGGTGGTGACCCGCCCGCTCAAGCGCGACAACACg > 2:325057/1‑150 (MQ=255) tCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGA‑TACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGCCACCGTGCGACTTTTCCGCGACGTGGTGGTGGTGACCCGCCCGCTCAAGCGCGACAACACg > 2:844855/1‑150 (MQ=255) gAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGA‑TACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGCCACCGTGc > 1:1719191/1‑91 (MQ=255) gAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGA‑TACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGCCACCGTGc < 2:1719191/91‑1 (MQ=255) 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gCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGA‑TACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGCCACCGTGCGACTTTTCCGCGACGTGGTGGTGGTGACCCGCCCGCTCAAGCGCGACAACACGGTCGGCGAAg > 1:2373672/1‑150 (MQ=255) acacGGCCCAGCGGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGA‑TACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGCCACCGTGCGACTTTTCCGCGACGTGGTGGTGGTGACCCGCCCGCTCAAGCGCGACAACACGGTCGGCGAAg < 1:1122555/147‑1 (MQ=255) ccgggCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGA‑TACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGCCACCGTGCGACTTTTCCGCGACGTGGTGGTGGTGACCCGCCCGCTCAAGCGCGACAACACGGTCGGCGAAgg > 1:2402049/4‑150 (MQ=255) cacGGCCCAGCGGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGA‑TACGCTGCACCGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGCCACCGTGCGACTTTTCCGCGACGTGGTGGTGGTGACCCGCCCAATCCCGCGCGGCAACACGGTCGGCGAAgg > 2:1122555/3‑150 (MQ=255) cacGGCCCAGCGGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGA‑TACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGCCACCGTGCGACTTTTCCGCGACGTGGTGGTGGTGACCCGCCCGCTCAAGCGCGACAACACGGTCGGCGAAgg > 2:2126734/3‑150 (MQ=255) ccGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGA‑TACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGCCACCGTGCGACTTTTCCGCGACGTGGTGGTGGTGACCCGCCCGCTCAAGCGCGACAACACGGTCGGCGAAGGt > 1:2128217/1‑150 (MQ=255) ccGGCACAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGA‑TACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGCCACGGTGCGACTTTTCCGCGTCGTGGTGGTGGTGACCCGCCCGCTCAAGCGCGACAACACGGTCGGCGAAGGt < 1:821777/150‑1 (MQ=255) acGGCCCAGCGGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGA‑TACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGCCACCGTGCGACTTTTCCGCGACGTGGTGGTGGTGACCCGCCCGCTCAAGCGCGACAACACGGTCGGCGAAGGt > 2:2281566/2‑150 (MQ=255) acGGCCCAGCGGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGA‑TACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGCCACCGTGCGACTTTTCCGCGACGTGGTGGTGGTGACCCGCCCGCTCAAGCGCGACAACACGGTCGGCGAAGGt > 1:1115987/2‑150 (MQ=255) acGGCCCAGCGGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGA‑TACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGCCACCGTGCGACTTTTCCGCGACGTGGTGGTGGTGACCCGCCCGCTCAAGCGCGACAACACGGTCGGCGAAGGt > 1:1751711/2‑150 (MQ=255) ggCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGA‑TACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGCCACCGTGCGACTTTTCCGCGACGTGGTGGTGGTGACCCGCCCGCTCAAGCGCGACAACACGGTCGGCGAAGCTGa < 2:34411/150‑1 (MQ=255) ccAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGA‑TACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGCCACCGTGCGACTTTTCCGCGACGTGGTGGTGGTGAccc > 1:1092827/1‑110 (MQ=255) ccAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGA‑TACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGCCACCGTGCGACTTTTCCGCGACGTGGTGGTGGTGAccc < 2:1092827/110‑1 (MQ=255) cAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGA‑TACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGCCACCGTGCGACTTTTCCGCGACGTGGTGGTGGTGACCCGCCCGCTCAAGCGCGacaaca > 1:2088749/1‑130 (MQ=255) cAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGA‑TACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGCCACCGTGCGACTTTTCCGCGACGTGGTGGTGGTGACCCGCCCGCTCAAGCGCGacaaca < 2:2088749/130‑1 (MQ=255) aGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGA‑TACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGCCACCGTGCGACTTTTCCGCGACGTGGTGGTGGTGACCCGCCCGCTCAAGCGCGACAACACGGTCGGCGAAGGTGACGTgg < 1:1735485/150‑1 (MQ=255) | TTGAATTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGA‑TACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGCCACCGTGCGACTTTTCCGCGACGTGGTGGTGGTGACCCGCCCGCTCAAGCGCGACAACACGGTCGGCGAAGGTGACGTGG > NC_002947/4985955‑4986242 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |