Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,015,960 | A→T | 9.9% | intergenic (‑175/+59) | PP_5679 ← / ← PP_4421 | hypothetical protein/aminotransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,015,960 | 0 | A | T | 9.9% | 220.5 / 14.1 | 82 | intergenic (‑175/+59) | PP_5679/PP_4421 | hypothetical protein/aminotransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/36); new base T (4/4); total (42/40) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.21e-01 |
ATGAATAAGCCCGCACCGGTCTCCGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACT‑AC‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCT‑CATCAAGGACGC‑TCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTCGTGACAAGAGGA > NC_002947/5015816‑5016109 | atgaATAAGCCCGCACCGGTCTCCGGCGCGGGCTGTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTAGCTGATCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGCCATCGTCTTGGCGTTGCTTGTGATAGCGCT‑AC‑GAAAGAAAAAAGCCCCCCTCAAgtc > 1:1088872/1‑148 (MQ=255) tAAGCCCGCACCGGTCTCCGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTAGATTGAGATAGCACT‑AC‑AAAAAAAAAAAAACCGCCCTTAGGGGGGCt > 1:773236/1‑150 (MQ=255) aaGCCCGAACCGTTCTCCGGCGCGGGCTTTTATTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCTTTGTGAACTAATGACAGCGTTTTGGTTTTGATTGTGATAGAATT‑AA‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTTTAGGCGGGCtt < 2:773236/150‑1 (MQ=255) aGCCCGCACCGGTCTCCGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACT‑AC‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTTTAGGCGGGCttt < 2:1455198/150‑2 (MQ=255) gCCCGCACCGGTCTCCGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACT‑AC‑AAAAAAAAAAAGACCGCCTAAAGGCGGGCTTaa > 2:930568/1‑150 (MQ=255) cACCGGTCTCCGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGTACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTAATTGTGATATCACT‑AC‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGa < 1:738910/150‑1 (MQ=255) tcCGGCGCGCGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTACTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACT‑AC‑AAAAAAAAAAAACCCGCACAAACGCGGGCTTTACACGAAGCGGGTa > 1:2276533/1‑150 (MQ=255) cGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACT‑AC‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAAt > 1:908218/1‑150 (MQ=255) gggCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGGTAGCACT‑AC‑‑AAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGGAATTCAGCTg > 1:1969986/1‑150 (MQ=255) tACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACT‑AC‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGc < 1:1103184/114‑1 (MQ=255) tACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACT‑AC‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCCAAAGGc > 2:1103184/1‑114 (MQ=255) gtttCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACT‑AC‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCAtt > 2:1655995/2‑150 (MQ=255) tttCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACT‑AC‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTg > 1:1814152/1‑150 (MQ=255) cGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACT‑AC‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGcc < 1:155610/148‑1 (MQ=255) cGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACT‑AC‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGcc > 2:155610/1‑148 (MQ=255) ttGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACT‑AC‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGa > 2:2107651/1‑150 (MQ=255) tGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACT‑AC‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGAt < 1:930568/150‑1 (MQ=255) tGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACT‑AC‑‑AAAAAAAAAAGCCCGCCTCGATGCGGGCTTAAAACGCAGCGGGTAATTGAGCTGGCATCCTTGCCAACGTTGATg > 1:636001/1‑150 (MQ=255) ggACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACT‑ACAAAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGAt < 1:1434058/150‑1 (MQ=255) 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ccGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACT‑AC‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTTAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGTATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAg > 1:558250/1‑150 (MQ=255) ccGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACT‑AC‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAg < 2:908218/150‑1 (MQ=255) aaGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACT‑AC‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCt‑ca < 1:13538/150‑1 (MQ=255) gTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACT‑AC‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCt‑catc < 1:1554786/150‑1 (MQ=255) gTCCTTGTGAACTGATGACAGCCTCTTGGCTTTGATTGTGAAAAAAAT‑AAAAAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCT‑CATCAAg < 2:33734/150‑1 (MQ=255) 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aaaaGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCT‑CATCAAGGACGC‑TCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTc < 1:795961/150‑1 (MQ=255) aaGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCT‑CATCAAGGACGC‑TCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTCGt < 2:1847155/150‑1 (MQ=255) aGCCCGCCTTTAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCT‑CATCAAGGACGC‑TCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTCGTg > 1:378175/1‑150 (MQ=255) gCCCGCCTTTAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATgg > 2:646169/1‑66 (MQ=39) gCCCGCCTTTAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATgg < 1:646169/66‑1 (MQ=39) ccGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCT‑CATCAAGGACGC‑TCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTCGTGACa > 1:525604/1‑150 (MQ=255) 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aaaGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCT‑CATCAAGGACGC‑TCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTCGTGACAAgagga < 2:1511326/150‑1 (MQ=255) | ATGAATAAGCCCGCACCGGTCTCCGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACT‑AC‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCT‑CATCAAGGACGC‑TCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTCGTGACAAGAGGA > NC_002947/5015816‑5016109 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |